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标题: VMD中怎么把AdNDP轨道合并一起绘制? [打印本页]

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wy标点人生    时间: 2021-10-14 14:17
标题: VMD中怎么把AdNDP轨道合并一起绘制?
看了卢老师的博文《使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键》,绘制出了单个的AdNDP轨道,在VMD中使用Multiwfn程序包里的examples\AdNDP\plotAdNDP.vmd是写的VMD脚本,但是我没有将一批AdNDP轨道的cube文件的等值面图一下都作出来,VMD出现“未响应”的情况,图没有作出来。
我的操作如下:我修改了istart和iend格点文件编号始末,set name命令的路径改成了我的所有AdNDPorb××××.cub所在的实际保存路径(其实这个路径我不太明白),老师写的是set name "D:\\CM\\my_program\\Multiwfn\\AdNDPorb$idx.cub",我写的是set name "D:\\Software\\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\AdNDPorb$idx.cub"。但是我复制到VMD后出现了如下情况:? set idx [format %04d $i]
? set name "D:\\Software\\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\AdNDPorb$idx.cub"
? puts Loading\ $name
? mol new $name type {cube}
? mol modstyle 0 $idinit Isosurface $isoval 0 0 0 1 1
? mol modcolor 0 $idinit ColorID $posclr
? mol modmaterial 0 $idinit Transparent
? mol addrep $idinit
? mol modstyle 1 $idinit Isosurface -$isoval 0 0 0 1 1
? mol modcolor 1 $idinit ColorID $negclr
? mol modmaterial 1 $idinit Transparent
? incr idinit 1
? }
不知道什么原因。
老师,除了修改istart和iend、路径,还需要修改什么吗?
希望老师能为学生解答一下!谢谢老师!




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sobereva    时间: 2021-10-14 20:16
所有该做的操作步骤博文都说了,没有遗漏
先一次只绘制两个轨道看看
确保用的是VMD 1.9.3
帖的时候最好贴截图,避免描述时忽略重要信息

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wy标点人生    时间: 2021-10-14 21:37
sobereva 发表于 2021-10-14 20:16
所有该做的操作步骤博文都说了,没有遗漏
先一次只绘制两个轨道看看
确保用的是VMD 1.9.3

老师,我试了一下可以绘制出两个轨道,但是是有时候能绘制,有时候VMD绘制两个轨道也会闪退,还有多了之后VMD也会闪退,版本是1.9.3。
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sobereva    时间: 2021-10-15 05:15
wy标点人生 发表于 2021-10-14 21:37
老师,我试了一下可以绘制出两个轨道,但是是有时候能绘制,有时候VMD绘制两个轨道也会闪退,还有多了之后 ...

换个VMD 1.9.3的非官方64bit版本再试,论坛里有人分享,搜论坛
格点数据太大的时候可能会造成32bit版VMD由于内存限制没法载入
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wy标点人生    时间: 2021-10-15 10:12
sobereva 发表于 2021-10-15 05:15
换个VMD 1.9.3的非官方64bit版本再试,论坛里有人分享,搜论坛
格点数据太大的时候可能会造成32bit版VMD ...

好,我试试,谢谢老师!
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hhxx    时间: 2023-6-12 15:30
我想请教一下,我也遇到了相同的情况,出现好多问好,然后我自己一行一行打上去以后还是不行,请问您是怎么解决的呀

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sobereva    时间: 2023-6-12 15:33
hhxx 发表于 2023-6-12 15:30
我想请教一下,我也遇到了相同的情况,出现好多问好,然后我自己一行一行打上去以后还是不行,请问您是怎么 ...

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