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标题: CP2K动力学随机初始速度设置求助 [打印本页]

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Author: wuyeyangguang 时间: 2021-10-14 16:35
标题: CP2K动力学随机初始速度设置求助
想利用gfn1方法跑下团簇在电场当中的多条动力学轨迹来判断稳定性，由于xtb不支持加电场，遂想到用CP2K。同一个团簇跑了多条轨迹之后发现其轨迹坐标完全是一致的，并没有体现随机运动。xtb动力学过程貌似不用管初始速度分布，跑出来的轨迹就是不一致的，而经典动力学轨迹如lammps，gromacs能对体系初始速度也能设定一个随机种子数产生初速度分布就能产生不同的轨迹。求教下cp2k中怎么实现相同目的，谢谢啦。（自己也仔细翻过手册，SUBSYS中的velocity关键词貌似是给体系整体的一个初始速度，不能达到想要的目的。）

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Author: 惠成功QUB 时间: 2021-10-15 04:31
https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS.html
如果你用的是Langevin的NVT，那么这个应该是的

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Author: sobereva 时间: 2021-10-15 05:21
见https://manual.cp2k.org/cp2k-8_1-branch/CP2K_INPUT/MOTION/MD.html#INITIALIZATION_METHOD

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Author: wuyeyangguang 时间: 2021-10-15 12:47
本帖最后由 wuyeyangguang 于 2021-10-15 12:50 编辑

sobereva 发表于 2021-10-15 05:21
见https://manual.cp2k.org/cp2k-8_1-branch/CP2K_INPUT/MOTION/MD.html#INITIALIZATION_METHOD

谢谢社长。看Initialization_method的说法，不用设，默认就是产生随机速度。对于相同的case跑多次，其产生的初始速度理应是随机不一致的，但我查看速度文件却是精确一致的。难道是对于不同的case，随机初始速度才会不一致吗

作者
Author: wuyeyangguang 时间: 2021-10-15 13:01

惠成功QUB 发表于 2021-10-15 04:31
https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS.html
如果你用的是Langevin的NVT，那么这个 ...

我用的是CSVR. 感觉cp2k确实复杂些，在不同的模块里混杂着信息，新手的话确实不好搞

作者
Author: 丁越 时间: 2021-10-15 13:07

sobereva 发表于 2021-10-15 05:21
见https://manual.cp2k.org/cp2k-8_1-branch/CP2K_INPUT/MOTION/MD.html#INITIALIZATION_METHOD

请问一下sob老师，我看这里初始化随机速度一种方式是依靠温度，还有一种是利用振动模式产生。那么在哪些地方需要用后者去产生初始随机速度呢？这两者分别有什么优缺点么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-16 03:11

丁越发表于 2021-10-15 13:07
请问一下sob老师，我看这里初始化随机速度一种方式是依靠温度，还有一种是利用振动模式产生。那么在哪些 ...

一般没必要利用振动模式产生，否则你还得做很昂贵的振动分析。利用振动模式初始化初速度主要适合跑准量子动力学的情况，跟你当前研究没关系

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-16 03:12

wuyeyangguang 发表于 2021-10-15 12:47
谢谢社长。看Initialization_method的说法，不用设，默认就是产生随机速度。对于相同的case跑多次，其产 ...

temperature设了没？

作者
Author: wuyeyangguang 时间: 2021-10-16 13:38

sobereva 发表于 2021-10-16 03:12
temperature设了没？

温度设了，社长。然后我也换了控温方法，按照2楼的方法设各种seed，还是不起作用，对于同样的体系跑出来的轨迹是精确一致的。最后，我将inp文件中任意两行原子位置顺序颠倒一下，就能产生不同初始速度分布，跑出来的轨迹也有所不同，不知道是不是程序bug

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