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标题: 非正常二面角参数应该怎么去拟合？ [打印本页]

作者
Author: VincenzoChen 时间: 2021-10-14 20:47
标题: 非正常二面角参数应该怎么去拟合？
二面角的参数拟合需要先用QM扫描二面角的能量，然后用MM的能量去拟合。但是对于非正常二面角不知道应该怎么去进行能量扫描，所以想请问老师拟合力场非正常二面角参数的一般步骤大概是怎么样的？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-15 05:11
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“非正常二面角参数拟合”改了，以后务必注意。

说清楚什么叫非正常二面角，举个例子，各个图

作者
Author: VincenzoChen 时间: 2021-10-15 10:13

如图，理论上四个原子应该处于同一个平面，但是在MD的过程中j原子会和另外三个原子形成的平面有角度，这时候需要引入improper dihedral项使得在模拟的过程中这四个原子在同一平面

作者
Author: VincenzoChen 时间: 2021-10-15 10:18
[ dihedraltypes ]
; 'improper' dihedrals
; i j k l func phi0 kphi
O CP1 NH2 CC 2 0.000000 376.560000
这是charmm力场中对酰胺的非正常二面角参数，其他参数都好给，主要是需要拟合kphi

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-16 02:38

VincenzoChen 发表于 2021-10-15 10:13
如图，理论上四个原子应该处于同一个平面，但是在MD的过程中j原子会和另外三个原子形成的平面有角度，这 ...

描述问题时一些关键英文术语不要用有广泛共识的中文，说非正常二面角会带来严重歧义，而说improper内行人都明白

improper二面角主要目的是维持平面性，达到目的就够了，对于力常数不需要太讲究，随便猜一个够大的（但又不能太大，否则造成高频振荡）通常就能满足目的。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-16 02:40
如果必须明确地柔性扫描phi角，恐怕只能用Gaussian 16的GIC，靠比如n-i-j和k-i-j角基于几何关系定义phi变量并扫它
看下文相关部分
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

作者
Author: VincenzoChen 时间: 2021-10-18 15:38

sobereva 发表于 2021-10-16 02:40
如果必须明确地柔性扫描phi角，恐怕只能用Gaussian 16的GIC，靠比如n-i-j和k-i-j角基于几何关系定义phi变量 ...

好的，谢谢sob老师

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