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标题: VASP中关于 MAGMOM的设置问题，以及离子之间距离太小的warming该如何解决 [打印本页]

作者
Author: xilemiki 时间: 2021-10-14 21:10
标题: VASP中关于 MAGMOM的设置问题，以及离子之间距离太小的warming该如何解决
各位老师，最近在算一个铱基催化剂，具体结构如下
在进行表面吸附（吸附物为糠醇）结构优化的时候ISPIN=2时运算无法进行，OUTCAR没有出现error，但是出现了warming，大概是说没有设置MAGMOM。
此时INCAR如下
########################################    INFORMATION ########################################
SYSTEM  = Adsorption

########################################    OUTPUT    ########################################
LCHARG  = .TRUE.
LWAVE = .FALSE.
LAECHG = .T.
########################################    PRECISION    ########################################
ENCUT = 400
EDIFF = 1.0E-5
EDIFFG  = -1.0E-2

########################################    ALGORITHMS    ########################################
ALGO = Fast
IBRION  = 2
ISIF = 2
ISMEAR  = 1
ISPIN = 2
ISYM = 2
LREAL = Auto

########################################    CORRECTIONS ########################################
! ADDGRID = .TRUE.
IDIPOL  = 3
LCORR = .TRUE.
IVDW = 11

########################################    LIMITS    ########################################
NELM = 200
NSW    = 300
GGA = PE
######################################## MISCELLANEOUS ########################################
SIGMA = 0.1
NPAR = 8

当ISPIN=1时，运算能正常进行

后来我按照其他帖子设置了MAGMOM
INCAR如下
########################################    INFORMATION ########################################
SYSTEM  = Adsorption

########################################    OUTPUT    ########################################
LCHARG  = .TRUE.
LWAVE = .FALSE.
LAECHG = .T.
########################################    PRECISION    ########################################
ENCUT = 400
EDIFF = 1.0E-5
EDIFFG  = -1.0E-2

########################################    ALGORITHMS    ########################################
ALGO = Fast
IBRION  = 2
ISIF = 2
ISMEAR  = 1
ISPIN = 2
MAGMOM =45*0 8*0 2*5 6*0 2*0
ISYM = 2
LREAL = Auto

########################################    CORRECTIONS ########################################
! ADDGRID = .TRUE.
IDIPOL  = 3
LCORR = .TRUE.
IVDW = 11

########################################    LIMITS    ########################################
NELM = 200
NSW    = 300
GGA = PE
######################################## MISCELLANEOUS ########################################
SIGMA = 0.1
NPAR = 8

但是出现了新的warming

各位老师，有的人说MAGMOM并不是一定要设置，那么为什么在不设置的情况下会出现上述情况呢？
MAGMOM应该如何设置？
关于离子之间距离太小，我看过我的输入的cif文件和POSCAR，是没有问题的，设置完MAGMOM 上述问题产生的原因是什么呢？

作者
Author: xilemiki 时间: 2021-10-14 21:14
以下是吸附构型的POSCAR
Ir-FAL
  1.0000000000000000
12.3000001907348633  0.0000000000000000  0.0000000000000000
-6.1500000965676200 10.6521126310369016  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.0000000000000000 20.0000000000000000
  45 8 2 6 2
Selective Dynamics
Direct
0.80725  0.82533  0.06383 T T T ! C 1 1
0.61256  0.82493  0.08221 T T T ! C 2 2
0.87454  0.75583  0.06204 T T T ! C 3 3
0.67213  0.95543  0.07079 T T T ! C 4 4
0.87106  0.95542  0.05661 T T T ! C 5 5
0.80306  0.02156  0.06123 T T T ! C 6 6
0.00636  0.81852  0.05945 T T T ! C 7 7
0.60287  0.01940  0.07536 T T T ! C 8 8
0.86605  0.55682  0.07343 T T T ! C 9 9
0.86561  0.15373  0.06203 T T T ! C 10 10
0.00334  0.01811  0.05406 T T T ! C 11 11
0.07217  0.74978  0.06649 T T T ! C 12 12
0.47023  0.94762  0.07910 T T T ! C 13 13
0.00107  0.61742  0.07042 T T T ! C 14 14
0.07000  0.95036  0.05709 T T T ! C 15 15
0.79818  0.22050  0.06989 T T T ! C 16 16
0.66574  0.15287  0.07499 T T T ! C 17 17
0.79242  0.42202  0.07922 T T T ! C 18 18
0.41070  0.81434  0.08574 T T T ! C 19 19
0.86102  0.35405  0.07271 T T T ! C 20 20
0.20612  0.81179  0.07185 T T T ! C 21 21
0.65634  0.35131  0.08694 T T T ! C 22 22
0.27465  0.74421  0.07980 T T T ! C 23 23
0.40105  0.01283  0.07627 T T T ! C 24 24
-0.00225  0.21619  0.06049 T T T ! C 25 25
0.26881  0.94546  0.07100 T T T ! C 26 26
0.06664  0.54881  0.07271 T T T ! C 27 27
0.59683  0.21780  0.08150 T T T ! C 28 28
0.99542  0.41631  0.07014 T T T ! C 29 29
0.06532  0.14961  0.05773 T T T ! C 30 30
0.20138  0.01249  0.06473 T T T ! C 31 31
0.20176  0.60900  0.07676 T T T ! C 32 32
0.46393  0.14631  0.07985 T T T ! C 33 33
0.06142  0.34747  0.06694 T T T ! C 34 34
0.26300  0.14396  0.07068 T T T ! C 35 35
0.19642  0.21168  0.06757 T T T ! C 36 36
0.39325  0.20937  0.08106 T T T ! C 37 37
0.19293  0.41001  0.07419 T T T ! C 38 38
0.45265  0.33907  0.09442 T T T ! C 39 39
0.25893  0.34014  0.08075 T T T ! C 40 40
0.82795  0.69483  0.21907 T T T ! C 41 41
0.60363  0.50482  0.23734 T T T ! C 42 42
0.68856  0.62712  0.20380 T T T ! C 43 43
0.49268  0.49990  0.24649 T T T ! C 44 44
0.50566  0.61778  0.21766 T T T ! C 45 45
0.87542  0.78466  0.19158 T T T ! H 1 46
0.86904  0.63747  0.20353 T T T ! H 2 47
0.62853  0.43295  0.24688 T T T ! H 3 48
0.40538  0.42262  0.26568 T T T ! H 4 49
0.45597  0.65980  0.24314 T T T ! H 5 50
0.79891  0.75078  0.30498 T T T ! H 6 51
0.63599  0.58824  0.09969 T T T ! H 7 52
0.43073  0.58054  0.12090 T T T ! H 8 53
0.68176  0.76433  0.07990 T T T ! Ir 1 54
0.80878  0.62862  0.07161 T T T ! Ir 2 55
0.48598  0.75941  0.09783 T T T ! N 1 56
0.58136  0.40623  0.09805 T T T ! N 2 57
0.25911  0.53766  0.07824 T T T ! N 3 58
0.38248  0.39976  0.10176 T T T ! N 4 59
0.63886  0.70558  0.22094 T T T ! N 5 60
0.84967  0.71512  0.28939 T T T ! N 6 61
0.46779  0.48212  0.16802 T T T ! O 1 62
0.53645  0.50344  0.16505 T T T ! O 2 63

作者
Author: wsz 时间: 2021-10-15 10:46
这两个O原子只有0.75Å

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-10-15 10:47
本帖最后由卡开发发于 2021-10-19 11:25 编辑

xilemiki 发表于 2021-10-14 21:14
以下是吸附构型的POSCAR
Ir-FAL
1.0000000000000000

写了一段python判断了一下，看上去可能是O-O之间的距离比较短，但可能不是这个原因。

#FILE:min_bond_len.py
import re
import numpy as np
from io import StringIO
import ase.io
#读取POSCAR文本。
f=open('POSCAR')
txt=f.read()
f.close()
#获取元素种类。
lines=re.findall('Direct\n(.*)\n',txt,re.S)
lines=np.array([line.split()[-3] for line in lines[0].split('\n')])
name=np.unique(lines)
#将元素种类添加到POSCAR的5~6行。
lines=txt.split('\n')
part1='\n'.join(lines[:5])
part2=' '.join(name)
part3='\n'.join(lines[5:])
txt='\n'.join([part1,part2,part3])
#将上述字符串作为文件用ase.io读取。
poscar=StringIO(txt)
s=ase.io.read(poscar,format='vasp')
#获得全部（周期性边界）最短键长。
dist=s.get_all_distances(mic=True)
#找到最短键长对应的原子。
dx=[]
idx=[]
for i in range(len(s)):
for j in range(i):
if i!=j:
idx.append((i+1,j+1))
dx.append(dist[i,j])
i=np.argmin(dx)
print('最近的两个原子为%d和%d，其距离为%8.4f'%(idx[i][0],idx[i][1],dx[i]))

复制代码

$ python3 min_bond_len.py
$ 最近的两个原子为63和62，其距离为 0.7510

复制代码

作者
Author: xilemiki 时间: 2021-10-16 11:22

wsz 发表于 2021-10-15 10:46
这两个O原子只有0.75Å

谢谢老师解答，通过您的可视图我才发现我的POSCAR输出的结构和我的cif文件不太一样，为什么我的VESTA打开时黑白的呀？[img][/img]还有一个问题就是这是一个初态，下一步准备计算过渡态，为了使原子一一对应所以用了neb-pos命令，结果结构就乱了...

作者
Author: xilemiki 时间: 2021-10-16 11:24

卡开发发发表于 2021-10-15 10:47
写了一段python判断了一下，看上去可能是O-O之间的距离比较短，但可能不是这个原因。

谢谢卡老师解答，这个POSCAR是使用neb-pos后从cif中生成的POSCAR，但是为什么和cif文件结构不一样呢？

作者
Author: xilemiki 时间: 2021-10-16 11:37
以下就是neb-pos的脚本，这个是我老师给我的，目的是使原子一一对应
#!/bin/bash
nline=`grep -n Direct POSCAR | cut -c 1`
head -$nline POSCAR > tmp-1
natom=`awk 'NR=='$nline-2'' POSCAR | awk '{for(i=1;i<=NF;++i) printf $i " "}' | echo $[ $(tr ' ' '+' ) 0 ]`
awk 'NR==25,NR=='$natom+24'' *.cif | awk '{print $3 " " $4 " " $5 " "}' > tmp-2
awk 'NR=='$nline+1',NR=='$natom+$nline'' POSCAR | awk '{for(i=4;i<=NF;++i) printf $i " ";printf "\n"}' > tmp-3
paste tmp-2 tmp-3 -d " ">> tmp-1
rm tmp-2 tmp-3
mv POSCAR POSCAR.bak
mv tmp-1 POSCAR

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-10-17 01:02

xilemiki 发表于 2021-10-16 11:37
以下就是neb-pos的脚本，这个是我老师给我的，目的是使原子一一对应
#!/bin/bash
nline=`grep -n Direct ...

我不知道你指的不一样是在哪？

作者
Author: xilemiki 时间: 2021-10-19 11:05

卡开发发发表于 2021-10-17 01:02
我不知道你指的不一样是在哪？

卡老师，问题已经解决啦，离子之间距离太小是因为POSCAR和CIF两个文件结构不一样，是我自己在运算时末态结构用的不是初态的arc改的，应该是初态优化后在初态的arc文件的基础上生成末态的cif文件，此时neb-pos才能正常运行。谢谢卡老师。

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