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标题: 想请教一下大家怎么用高斯软件计算块状金属的能量以及单个金属的原子的能量 [打印本页]

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Author: 吴双 时间: 2021-10-15 21:01
标题: 想请教一下大家怎么用高斯软件计算块状金属的能量以及单个金属的原子的能量
(, 下载次数 Times of downloads: 29) 想请问一下大家怎么用高斯软件计算单个原子的能量，以及块状金属的能量，我从帖子上看到了这个计算单个原子能量的输入文件，但是计算出来不对，一直报错， (, 下载次数 Times of downloads: 29)

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-15 21:47
电荷、自旋多重度那行和原子坐标之间不能有空行。可能输入文件在粘贴的时候多粘了空行。
此外高斯不适合计算块状金属（准确的说法是体相金属），因为高斯不适合算周期性体系，虽然原则上可以用团簇模型算，但是对于纯金属等晶胞很小的体系而言，团簇模型性价比很低，白白浪费计算时间，结果也不准确。应该改用第一性原理软件，如VASP等。
此外关于计算的理论级别，体相金属应该用PBE等泛函，B3LYP的结果不可靠。但PBE对于原子的精度比较差，如果要兼顾原子的精度，可以考虑HSE、SCAN等

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-16 03:00
别写maxcyc=几百、gfinput、noraman、CPCM这些垃圾关键词，都是从哪学来的？绝对不要抄网上低水平地方的输入文件，只严重被坑
好好看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

B3LYP不适合算纯金属，此文明确提了
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

lanl2DZ早就过时了，仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

0 1后头干嘛空行？空了一行等于根本没读入坐标，Gaussian读取字段碰到空行就认为字段结束了

算块状金属需要用Gaussian做PBC计算，不过速度非常慢

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Author: 吴双 时间: 2021-10-16 09:41

wzkchem5 发表于 2021-10-15 21:47
电荷、自旋多重度那行和原子坐标之间不能有空行。可能输入文件在粘贴的时候多粘了空行。
此外高斯不适合计 ...

老师我想用Ec=-(E(m-bulk)/N-Em)这个公式来计算体系的内聚能，计算金属团簇的时候，是用HF能量值除以原子个数，再减去之前计算的单个过渡金属原子的HF能量就可以么

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Author: 吴双 时间: 2021-10-16 10:09

wzkchem5 发表于 2021-10-15 21:47
电荷、自旋多重度那行和原子坐标之间不能有空行。可能输入文件在粘贴的时候多粘了空行。
此外高斯不适合计 ...

还想跟您请教一下，我想算过渡金属比如Fe Co Ni Cu Zn 这类团簇应该怎么建立比较合适呢

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Author: zjxitcc 时间: 2021-10-16 10:32

吴双发表于 2021-10-16 10:09
还想跟您请教一下，我想算过渡金属比如Fe Co Ni Cu Zn 这类团簇应该怎么建立比较合适呢

要算晶体就直接用第一性原理软件（如QE,CP2K,VASP）算；想把纯过渡金属晶体近似为团簇算是不现实的，SCF收敛问题和多解问题根本解决不了。我见过一些没有计算经验或远离实际计算多年的老师，指导学生做计算，以为任何体系计算都很简单，结果学生压根算不出来。

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Author: 吴双 时间: 2021-10-16 10:41

zjxitcc 发表于 2021-10-16 10:32
要算晶体就直接用第一性原理软件（如QE,CP2K,VASP）算；想把纯过渡金属晶体近似为团簇算是不现实的，SCF ...

老师我之前采用VASP计算，因为计算的整体结构是一个过渡金属锚定在一个分子结构上，用VASP优化过程中收敛困难，但是采用高斯计算收敛很快，后期想通过计算过渡金属原子的内聚能和过渡金属原子锚定在分子上的结合能比较，判断过渡金属能否在分子表面形成单原子，老师那团簇节后不行的话，只能用高斯里面的PBC计算么

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Author: zjxitcc 时间: 2021-10-16 10:44

吴双发表于 2021-10-16 10:41
老师我之前采用VASP计算，因为计算的整体结构是一个过渡金属锚定在一个分子结构上，用VASP优化过程中收 ...

放弃高斯

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-16 15:27

吴双发表于 2021-10-16 03:41
老师我之前采用VASP计算，因为计算的整体结构是一个过渡金属锚定在一个分子结构上，用VASP优化过程中收 ...

你有没有把VASP的所有收敛选项都试一遍？如果有遗漏的，那么先试完，如果所有收敛选项都没用再放弃VASP。再者即便放弃VASP，第二选项也不是高斯，应该考虑其他的第一性原理软件（哪怕你其他的软件都不会也是如此，宁可花时间学一个新软件也不要用高斯做PBC）。高斯的PBC基本只有教学功能，老师讲量化课用高斯演示孤立体系的计算，最后用20分钟时间提一下说周期性边界条件是怎么回事，然后拿高斯演示一下，然后告诉大家说不要模仿我用高斯做PBC计算，正规做PBC计算请报xx老师的VASP课。最多也就是这样了，没法拿来做可以发表文章的计算。
另外注意，不是说收敛了的结果就可以用，这是新手的一个很大的误区，认为软件A收敛有困难，软件B可以收敛，所以就用软件B的结果，这完全是瞎扯，因为软件A和软件B的理论级别完全不一致，软件B算出来的结果很有可能是极其不准的，达不到发表标准的，而软件A经过努力和查阅收敛关键词，最终其实可以收敛，且结果可以发表，此时放弃软件A而用软件B就是典型的舍本逐末。

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-16 15:36

吴双发表于 2021-10-16 02:41
老师我想用Ec=-(E(m-bulk)/N-Em)这个公式来计算体系的内聚能，计算金属团簇的时候，是用HF能量值除以原 ...

对，但是注意，HF=后面的那个能量值不能叫做“HF能量值”。不要把输出文件的用词和这个量的名字搞混淆了。高斯最开始只支持HF而不支持DFT，所以输出文件里那个地方写的是HF=。后来支持了DFT，DFT计算需要在同一个地方输出DFT能量，但是怕那些已经用高斯用习惯了的人找不到地方看结果，所以HF=没有变成DFT=。但是此时能量的叫法是有区别的，只有HF计算出来的能量可以叫做HF能量，DFT计算出来的能量不能叫HF能量，即便是在HF=后面读的。
尤其是这个论坛上可能有只用过VASP，或者只用过其他某些软件，而完全没有用过高斯的人，其他软件大部分输出DFT能量的时候，输出文件前面不是写HF=，而是写其他的什么名字，此时你讲HF能量必然会被喷没常识，怎么能用HF算金属？你还不能怪人家没学过高斯，因为确实是你的用词不对。应当始终清楚，一个词的正规名称叫什么，不要因为输出文件写HF就叫HF能量。

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Author: 吴双 时间: 2021-10-16 19:30

wzkchem5 发表于 2021-10-16 15:36
对，但是注意，HF=后面的那个能量值不能叫做“HF能量值”。不要把输出文件的用词和这个量的名字搞混淆了 ...

好的老师谢谢您的解答我下次注意

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Author: sobereva 时间: 2021-10-16 19:36

吴双发表于 2021-10-16 09:41
老师我想用Ec=-(E(m-bulk)/N-Em)这个公式来计算体系的内聚能，计算金属团簇的时候，是用HF能量值除以原 ...

好好把此文看了
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488（http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html）

说清楚实际目的，如果用团簇代替周期性金属，根本就不可能，边界原子的电子结构和周期性体系中完全不同。如果就是算团簇本身，那叫原子化能，周期性体系才用内聚能这词。

如果你的晶胞里就几个原子，用Gaussian的PBC勉强算得动。但是记住，Gaussian的PBC算10个原子的耗时甚至比CP2K里算1000个原子的耗时都多，除了对非常小的原胞算能量和优化外没有其它实用性。

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