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标题: 求助：模拟退火时，如何实现热退火和压力退火结合？ [打印本页]

作者
Author: woller 时间: 2021-10-16 09:15
标题: 求助：模拟退火时，如何实现热退火和压力退火结合？
高分子盒子平衡，退火过程参考J. Phys. Chem. C 2007, 111, 2759-2769。本文同时进行热退火（300-600 K）和压力退火(预期密度ρ0 的0.5-1.1倍之间)。步骤如下：1.数条分子链随机插入盒子；
2.50ps内，盒子逐渐膨胀到初始大小的1.5倍，同时温度从300K 提高到 600K；
3.固定密度为 0.5倍ρ0，600K NVT 平衡50ps；
4.将系统逐渐压缩到 1.1倍ρ0 （>50 ps），同时降温到目标温度300K；
5.重复2~4步 5次；
6.在原始的目标密度ρ0和300 K，NVT 平衡100 ps；
7. 1 atm和目标温度下，NPT 5ns，使密度和结构完全平衡。

只做过热退火，本文提到的压力退火不知道如何实现。求助sob老师和各位大神：
请问2、3、4步中，如何在脚本中设置目标密度呢？
直接修改盒子大小吗？（无法“逐渐”变化）
还是设置压力呢？（不确定压力和目标密度的对应关系）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-17 05:45
你先说清楚你用的是什么程序

作者
Author: woller 时间: 2021-10-17 14:24
用的MS forcite，pl脚本，以前做过梯度热退火。不过感觉MS灵活度太低，正在学习用gromacs

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-10-18 09:42
密度的话其实可以用脚本使盒子体积随时间阶段性降低，如果间隔比较小就粗略当成线性那种考虑

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