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标题: 如何用分子动力学模拟水+乳化剂+油的乳化现象 [打印本页]

作者
Author: qq1020935287 时间: 2021-10-17 21:52
标题: 如何用分子动力学模拟水+乳化剂+油的乳化现象
各位老师好，我想用GMX模拟实验中油品乳化的情况，也即水包油的情况。模拟尝试中在5nm盒子随机加入了1500个水分子和30个菲分子以及60个二甲亚砜分子，这个组成在常温下实验现象是乳化的，但是在模拟中出现了二甲亚砜和水分子混溶，菲分子自己组成了一相的现象。
想问的是：1，乳化现象本身是热力学不稳定状态，这个现象能否用分子动力学来模拟？
2，如果可以的话，应该对体系设置做怎样的规定

作者
Author: naoki 时间: 2021-10-17 23:30
可以先按乳化的结构建模，然后跑md，跑到平衡应该是破乳的，可以分析破乳过程中结构、组分相互作、氢键用之类随时间的变化

作者
Author: qq1020935287 时间: 2021-10-18 12:52

naoki 发表于 2021-10-17 23:30
可以先按乳化的结构建模，然后跑md，跑到平衡应该是破乳的，可以分析破乳过程中结构、组分相互作、氢键用之 ...

谢谢您！请问如果在在我这个体系中是有机小分子的情况下，我按代表油的分子在中间，然后乳化剂分子包围油相分子，然后在外层加水，观察油分子周围的结构、组分变化可以吗

作者
Author: naoki 时间: 2021-10-18 13:58

qq1020935287 发表于 2021-10-18 12:52
谢谢您！请问如果在在我这个体系中是有机小分子的情况下，我按代表油的分子在中间，然后乳化剂分子包围油 ...

这样做应该可以得到你想要研究的过程变化，建模看《分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用》 (http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html)

作者
Author: qq1020935287 时间: 2021-10-18 19:53

naoki 发表于 2021-10-18 13:58
这样做应该可以得到你想要研究的过程变化，建模看《分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用》 (http:// ...

收到，谢谢老师！

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