计算化学公社

标题: 求助：C2H6与N2的气相体系的NVT模拟总是崩溃 [打印本页]

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Author: tomato 时间: 2021-10-19 11:50
标题: 求助：C2H6与N2的气相体系的NVT模拟总是崩溃
各位老师好，我正在尝试模拟一个300个C2H6分子与3000个N2分子混合的气相体系。温度为500K，压力为 1atm。但是NVT模拟基本上进行几ps之后体系就崩溃了，温度控制不住。采用的流程如下：
① 采用理想气体状态方程大致计算box大小，经计算得到立方盒子的边长大致为60nm。采用packmol构建体系。packmol的inp文件见附件
② 采用gromacs对体系进行能量最小化。mdp文件中的设置：
integrator = steep
emtol = 20.0
emstep = 0.01
nsteps = -1
; output frequency
nstxout = 10
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog = 50
nstenergy = 50
nstxtcout = 0
xtc_grps = system
;
nstlist = 10
pbc = xyz
rlist = 1.2
cutoff-scheme = group
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.2
vdwtype = cut-off
rvdw = 1.2
DispCorr = EnerPres
;
constraints = none
constraint_algorithm = LINCS
implicit_solvent = no

③找到能量最小化任务完成后获得的gro文件，开始进行NVT模拟。mdp文件设置见附件grom_ethane.mdp。

不知道是哪里出了问题。不知道老师们有没有什么建议？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-20 02:55
不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社员必读贴。群里我都回复过了

作者
Author: tomato 时间: 2021-10-20 13:37
本帖最后由 tomato 于 2021-10-20 13:43 编辑

sobereva 发表于 2021-10-20 02:55
不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社 ...

好的，不好意思，我记错了，以为是24小时之内不能在同一个地方问两遍。sob老师，我在mdp文件中设置了nose-hoover的热浴，不太明白您说的“pr部分根本都没用控温”是什么意思，可以麻烦您再详细解释一下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-21 01:07

tomato 发表于 2021-10-20 13:37
好的，不好意思，我记错了，以为是24小时之内不能在同一个地方问两遍。sob老师，我在mdp文件中设置了nose ...

你之前群里发的你说的做pr.mdp的截图里根本就没有热浴设置

作者
Author: tomato 时间: 2021-10-21 13:53

sobereva 发表于 2021-10-21 01:07
你之前群里发的你说的做pr.mdp的截图里根本就没有热浴设置

噢噢sob老师，那个mdp文件比较长，一张截图没放下，所以截了两次图。群里我放的第一张第二图合起来才是完整的mdp文件，也就是我这个帖子里面附件上传的grom_ethane.mdp文件

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-22 03:08
若无特殊理由绝对不要用constraints = all-bonds

群里我说了，当前情况静电作用建议改用cutoff，否则速度极慢

体系没达到平衡时不要用nose-hoover热浴。一律用v-rescale。而且最好从0K开始缓慢升温，别一下子设很高的参考温度

gen_vel = yes结合500K是危险的，容易初速度太大引起强烈碰撞导致崩溃

作者
Author: tomato 时间: 2021-10-22 17:07

sobereva 发表于 2021-10-22 03:08
若无特殊理由绝对不要用constraints = all-bonds

群里我说了，当前情况静电作用建议改用cutoff ...

好的，我尝试一下，非常感谢sob老师！

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