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标题: 在AutuDuck中进行小分子和蛋白的对接，出现了错误。问下下各位老师，这是什么原因呢？ [打印本页]

作者
Author: CMMCMM 时间: 2021-10-19 13:36
标题: 在AutuDuck中进行小分子和蛋白的对接，出现了错误。问下下各位老师，这是什么原因呢？
1、小分子含有176个原子，进行分子对接，出现了图片中的错误情况，看不懂是什么原因？
2、请问各位老师，AutoDuck软件对配体小分子有什么氨基酸数目或者原子数限制吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-19 13:38
AutoDock拼错了好多处

作者
Author: MolAICal 时间: 2021-10-19 14:17
你可以试一下这个对接，看看效果怎么样： http://bbs.keinsci.com/thread-25776-1-1.html

作者
Author: CMMCMM 时间: 2021-10-19 14:44
好的，非常感谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-20 02:59
提示里说了，torsions（可旋转的二面角）太多了，Autodock不适合这种情况。不是原子数的限制。如果你把小分子结构贴出来，或许有人能给你更多建议。如果小分子本身是个小肽，有很多其它更好选择。

作者
Author: CMMCMM 时间: 2021-12-23 16:07

sobereva 发表于 2021-10-20 02:59
提示里说了，torsions（可旋转的二面角）太多了，Autodock不适合这种情况。不是原子数的限制。如果你把小分 ...

好的，非常感谢

作者
Author: CMMCMM 时间: 2021-12-23 16:08

MolAICal 发表于 2021-10-19 14:17
你可以试一下这个对接，看看效果怎么样： http://bbs.keinsci.com/thread-25776-1-1.html

好的好的，非常感谢

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