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标题: 求助：Gromacs如何将特定位置的谷氨酸在模拟的时候保持质子化 [打印本页]

作者
Author: geralt14 时间: 2021-10-19 18:10
标题: 求助：Gromacs如何将特定位置的谷氨酸在模拟的时候保持质子化
如题，Gromacs如何将特定位置的谷氨酸在模拟的时候保持质子化

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-20 02:45
中性条件下谷氨酸应当是非质子化的。如果就是要当做质子化状态来模拟，需要在rtp里把[ GLU ]复制一份叫做别的名字，恰当修改内容以建立一个对应质子化状态的非标准残基（原子电荷需要重新算，可以用比如Multiwfn算RESP电荷http://sobereva.com/441，具体视使用的力场而定），相应地pdb里被质子化的谷氨酸的残基名也得改从而匹配

作者
Author: 拯救节操希灵宅 时间: 2021-10-22 10:34
查了一下，ffG43A1里是有质子化谷氨酸GLUH的力场参数，没法换力场的就走非标准残基的流程

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