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标题: Gold对接后的一个现象 [打印本页]

作者
Author: ct_2015 时间: 2016-1-18 22:57
标题: Gold对接后的一个现象
我使用Gold对接，配体和受体对接之前都没有做过处理（其他软件处理过），按照Gold Setup过程设置走了一遍，对接后发现配体分子周围一定范围内的氧原子都有两个“小角”，有人说是孤对电子，如图，我想知道这是普遍现象还是我个人才出现的情况？谢谢

作者
Author: ct_2015 时间: 2016-1-18 23:03
@sobereva Sob老师被这个问题困扰好久了，希望您能解答下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-19 01:02
你的图看不太清楚。
如果是实际中本不应该有那个弯曲，要么是二面角势函数有问题（我没用过gold不清楚具体情况），要么是受到周围环境影响被极化。

作者
Author: ct_2015 时间: 2016-1-19 10:00

sobereva 发表于 2016-1-19 01:02
你的图看不太清楚。
如果是实际中本不应该有那个弯曲，要么是二面角势函数有问题（我没用过gold不清楚具体 ...

不好意识，图是我随便截的，有一个硫原子的绿色分子是配体，下面的那个分子是辅因子。从图片中可以看出，有的红色的氧原子有两个小弯曲，好像是连接了两个氢原子一样。

作者
Author: ct_2015 时间: 2016-1-19 10:02
@fatcharm 版主帮我看看呗！

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-1-20 12:14
也并不是所有的氧原子都这样吧。我看有小角的都是羧基的氧, 小角是两个氢原子吧？我也不十分确定。
你这随意的图是截取的对接之前的，还是对接之后的呢？
你这样，你先给蛋白和配体都加上氢原子，配体处理一下，指定一下bond type，存为mol2格式。然后对接看看。
还有你这gold是什么版本？

作者
Author: ct_2015 时间: 2016-1-21 13:16

greatzdk 发表于 2016-1-20 12:14
也并不是所有的氧原子都这样吧。我看有小角的都是羧基的氧, 小角是两个氢原子吧？我也不十分确定。
你这随 ...

谢谢您的回复！
我这图是对接之后的截图！
对的，在配体的一定范围了，基本是羧基的氧原子有两个小角。小角可能不是氢原子，因为我在删除体系中所有氢时，那小角还是存在的。
我的受体蛋白就是用Gold简单处理的，包括加氢，除去水分子。配体我是用LigPrep处理的，也是保存为mol2格式。打算随便找个体系对接下，看还会出现这样的情况不！
Gold版本是V5.2.2

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