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标题: 求助，关于水+油+剂乳化情况建模问题 [打印本页]

作者
Author: qq1020935287 时间: 2021-10-20 17:20
标题: 求助，关于水+油+剂乳化情况建模问题
各位老师好，因小弟最近要研究生开题，乳化情况建模遇到了困难特发帖，模拟的体系是柴油萃取工艺中乳化的破乳现象，现在将乳化剂设成了球形，里面加代表油的物质，乳化剂外面全部为水，乳化剂的亲油基朝向油球，亲水基朝向水，如图一所示，以此来模拟实际情况中的水包油情况。但是实际在能量极小化后出现了如下的情况，油球都散到了盒子的四角
想要问的问题：1，如何避免能量极小化后保持液滴情况不变，是否要对乳化剂分子做冻结
2，这样能否通过加入破乳剂后，体系达到平衡状态的时间说明破乳效果
谢谢各位老师！

作者
Author: naoki 时间: 2021-10-20 19:01
你这是周期性边界条件，其实他们并没有散开，你可以vmd里多显示几个周期看看就知道了。可视化结果如此估计是因为你packmol建模的时候刻意让这个盒子关于坐标轴对称，比如给定了负的xyz坐标。虽然em如此，但之后跑md也不影响，就是显示上的问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-21 00:26
1 如果你想让gromacs做em之后看起来和之前大致一样，初始坐标就不要有负数的。本来gromacs的习俗就是从0,0,0作为起点，有负值的会被自动根据盒子平移

2 可以

作者
Author: qq1020935287 时间: 2021-10-21 14:41

naoki 发表于 2021-10-20 19:01
你这是周期性边界条件，其实他们并没有散开，你可以vmd里多显示几个周期看看就知道了。可视化结果如此估计 ...

太感谢您了！

作者
Author: qq1020935287 时间: 2021-10-21 14:42

sobereva 发表于 2021-10-21 00:26
1 如果你想让gromacs做em之后看起来和之前大致一样，初始坐标就不要有负数的。本来gromacs的习俗就是从0,0, ...

收到，谢谢社长！

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