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标题: 如何用高斯09做弱相互作用体系的势能曲线的柔性扫描 [打印本页]

作者
Author: luckylife 时间: 2021-10-20 21:09
标题: 如何用高斯09做弱相互作用体系的势能曲线的柔性扫描
各位老师好，我做的弱相互作用体系类似以下两个分子，图中一个分子为吡啶，另一个为HCl。现在想将HCl中的氢原子投影到虚线上，让这个投影点沿虚线慢慢移动。以投影点距氮原子的距离长度为变量，考察当这个距离变化时能量是如何变化的。（其中HCl分子中氢原子距平面的高度会发生微小变化）
想问一下老师：1.我该如何绘制呢或者该怎么书写输入文件呢？
2.不知道这个变量的变化该如何让它体现出来。麻烦各位老师了。C:\Users\JingJing\Desktop\柔性扫描\4.tif

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Author: sobereva 时间: 2021-10-20 22:07
顶多是让HCl按照你画的路径刚性地平移，没法同时还让HCl高度自发地变化。高度自发变化需要柔性扫描，这会导致HCl朝向也会改变。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-20 22:37
在虚线上面加一个dummy atom，限制它在虚线上（N-Du-C限制为180度），限制N-Du-H(Cl)为90度，再限制体系符合Cs对称性，然后柔性扫描N-Du键长，应该就行了。如果要求HCl朝向不变，可以再限制Du-H-Cl键角

作者
Author: luckylife 时间: 2021-10-21 14:40

sobereva 发表于 2021-10-20 22:07
顶多是让HCl按照你画的路径刚性地平移，没法同时还让HCl高度自发地变化。高度自发变化需要柔性扫描，这会导 ...

老师，HCl分子朝向和高度发生变化没关系，因为它确实需要发生变化，所以我觉得这种情况适合柔性扫描，但是不知道该如何体现出我想要的这个变量的变化。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-22 02:53

wzkchem5 发表于 2021-10-20 22:37
在虚线上面加一个dummy atom，限制它在虚线上（N-Du-C限制为180度），限制N-Du-H(Cl)为90度，再限制体系符 ...

ORCA能不能这么干我不确定，如果是Gaussian，没法把虚原子用在被扫描/冻结坐标的指定上

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-22 05:02

sobereva 发表于 2021-10-21 19:53
ORCA能不能这么干我不确定，如果是Gaussian，没法把虚原子用在被扫描/冻结坐标的指定上

那样的话可以扫C-N-H(Cl)键角，因为C-N-H(Cl)键角和投影点的位置是一一对应的。只不过那样画出来的扫描图，各个数据点的x坐标不是等间距的

作者
Author: luckylife 时间: 2021-10-22 09:18

wzkchem5 发表于 2021-10-22 05:02
那样的话可以扫C-N-H(Cl)键角，因为C-N-H(Cl)键角和投影点的位置是一一对应的。只不过那样画出来的扫描图 ...

谢谢您的回答，不过只扫描C-N-H(Cl)键角不能确定氢原子的投影是沿虚线移动，是不是还得给氢原子加上坐标限定，比如以虚线为X轴的话，以垂直虚线为Z轴，限定氢原子的y坐标为0。

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-22 14:33

luckylife 发表于 2021-10-22 02:18
谢谢您的回答，不过只扫描C-N-H(Cl)键角不能确定氢原子的投影是沿虚线移动，是不是还得给氢原子加上坐标 ...

对，或者限定整个分子属于Cs点群

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Author: luckylife 时间: 2021-10-22 20:37

wzkchem5 发表于 2021-10-22 14:33
对，或者限定整个分子属于Cs点群

那麻烦在问您一下，像您说的这些限定条件，我该输入怎样的关键词呢？

作者
Author: luckylife 时间: 2021-10-23 15:52
本帖最后由 luckylife 于 2021-10-23 15:53 编辑

sobereva 发表于 2021-10-22 02:53
ORCA能不能这么干我不确定，如果是Gaussian，没法把虚原子用在被扫描/冻结坐标的指定上

老师，请问您对解决此问题有什么高见？或者该如何解决我的问题

作者
Author: luckylife 时间: 2021-12-27 14:48
标题: 用高斯做较复杂的柔性扫描求助
各位老师好，图中一个分子为吡啶，另一个为HCl。现在想将HCl中的氢原子投影到虚线上，让这个投影点沿虚线慢慢移动。以投影点距氮原子的距离长度为变量，考察当这个距离变化时能量是如何变化的。（其中HCl分子中氢原子距平面的高度可以发生变化，以及HCl分子的朝向也可以发生变化）
想问一下老师：这个变量的变化该如何让它体现出来。（上次的疑问仍然存在，方便的话大佬们帮忙解答一下）

作者
Author: joeson 时间: 2021-12-27 15:00
我感觉通过G16的新功能GIC应该可以实现。

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