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标题: 求助：如何计算盒子中几种物质中的一种物质的总能量 [打印本页]

作者
Author: huangjin 时间: 2021-10-20 22:44
标题: 求助：如何计算盒子中几种物质中的一种物质的总能量
盒子中有几种物质，现在想要计算其中的一种物质的总能量，请问需要如何处理？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-21 00:18
如果要得到特定部分总能量中的非键相互作用能量，设置能量组为感兴趣的部分，然后对轨迹做rerun，用gmx energy从edr里提取（包括这个组内，以及这个组和其它组之间的，然后加和）
如果要得到特定部分的bond/angle/dihedral势能，gmx trjconv转换轨迹的时候只保留感兴趣的部分，并且重新产生只对应该兴趣部分的tpr文件，然后rerun再提取bond/angle/dihedral势能

作者
Author: huangjin 时间: 2021-10-21 15:10
谢谢！我试一下，看看具体如何处理。

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