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标题: 集群上CP2K OMP跨节点并行出错 [打印本页]

作者
Author: zhou9527 时间: 2021-10-21 09:48
标题: 集群上CP2K OMP跨节点并行出错
各位老师、同学，大家好！我在集群上编译好了CP2K-7.1，因为之前编译的6.1版本在使用杂化泛函计算一直会报错，提示libint的问题，在google group上发现别人也有类似的问题，然后并没有有效的解决方案。但是，用7.1可以顺利计算（ps: 在自己本地的机器有安装好的7.1版本），所以新编译了7.1版本。然后CP2K用得是GNU+OMP版本，在集群上不跨节点的时候任务能正常运行，请求多节点并行运算就会报错。以前用得是intel编译的6.1，可以正常的跨节点运算，但是新编译的OMP跨节点却不行。集群的管理员也不清楚，所以希望能够请教各位老师、同学，十分感谢。任务提交上去后，并不会被kill掉，只是out文件一直没有输出，然后在error文件中提示如图信息：

(, 下载次数 Times of downloads: 20)

我以为是线程的问题，也切换过psmp的版本，然后用和节点一样的线程，发现也会报相应的错误。这里，附上我的任务提交脚本：（ps: popt的时候OMP_THREADS_NUM=1,我用psmp版本的时候1和2都试过，报错信息都是一致的）

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

最后，真心希望各位老师能够不吝赐教，谢谢哦！！！！

作者
Author: abin 时间: 2021-10-21 11:04
集群是100G IB网。
你当前的设定是，在以太网模式下使用IB，
结论是，带宽高，但是延时和以太网一样，十分慢。

我应该可以搞定……
通过签名联系我。

不是修改一两行脚本就能搞定的。

作者
Author: zhou9527 时间: 2021-10-21 11:22

abin 发表于 2021-10-21 11:04
集群是100G IB网。
你当前的设定是，在以太网模式下使用IB，
结论是，带宽高，但是延时和以太网一样，十 ...

嗯嗯，您说的这些，我都不懂0.0，方便私聊您吗

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