计算化学公社
标题: 求助两性离子聚合物模拟建模和力场的选择 [打印本页]
作者Author: wangdefa28 时间: 2021-10-21 22:58
标题: 求助两性离子聚合物模拟建模和力场的选择
大家好，我想用gromacs来研究两性离子聚合物作为表面和蛋白质之间的相互作用。已经查找过以下的问题，无奈没有想到答案。
1.聚合物建模之后如何结构优化：
想构建两性离子聚合物的表面，用gaussview构建好包含5个两性离子单元的聚合物（如图1）之后，用gaussian进行几何优化吗？有200个原子，同时是柔性分子，应该特别贵。
还是说在用packmol将聚合物刷均匀地设置在方格之后（如图2），然后在gromacs里能量最小化。
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图1 两性离子聚合物
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图2 参考文献的示意图
2.RESP拟合静电势应该在哪一步求：应该在多条聚合物链构建好之后再求，还是一条链的时候求呢。
3.力场的选择：
我想做两性离子聚合物作为表面和蛋白质之间的相互作用。这个体系下opls-aa可不可以？查阅过文献，看到两性离子聚合物很多都用opls-aa，不知道能不能同时兼容蛋白质。charmm力场可不可以？已经有charmm力场下聚合物的力场参数（如图3），这个参数可以对于所有的charmm力场都适用吗？
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图3 力场参数
刚刚接触分子模拟，问的问题很没有深度，希望各位能提供一点帮助，也乐意接受各位的批评。谢谢大家了。
作者Author: sobereva 时间: 2021-10-22 06:35
1 用半经验或GFN-xTB优化没多贵。由于目的只是之后跑动力学，并没必要得到准确的单分子结构，用分子力场凑合优化一下也可以
2 一条。而且最好是对边缘封端的一个聚合单元来算RESP电荷，整体的原子电荷通过单体的原子电荷拼接得到
3 推荐GAFF。产生小分子拓扑文件的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）用着极其方便，而且和模拟蛋白质的AMBER力场完全兼容，而且RESP电荷本身就是GAFF/AMBER御用的，而且原子类型命名比较舒服。
作者Author: naoki 时间: 2021-10-22 10:41
Sob老师好，我想请教一下您边缘封端的结构单元计算RESP电荷具体怎么操作呢，比如用两端用氢或甲基封端，需要约束除封端基团外，结构单元总电荷为0吗，谢谢~
作者Author: sobereva 时间: 2021-10-23 03:59
约束实际聚合物中重复单元那部分的总电荷为整数
参看下文里3.4节拟合氨基酸残基RESP电荷的过程
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
作者Author: naoki 时间: 2021-10-23 11:18
好的，谢谢Sob老师
作者Author: 邱美佳 时间: 2021-10-26 08:17
卢老师，请问GAFF力场不是只适用于小分子吗？聚合物也能用GAFF力场吗？
作者Author: linziwin 时间: 2021-10-26 11:16
我看到几篇文章聚合物做MD都是用的GAFF力场，也比较迷惑，求解
作者Author: sobereva 时间: 2021-10-26 14:57
从来就没有GAFF只适合小分子一说
有机聚合物的成键特征和有机分子没有太大差异，显然能合理描述有机分子的力场也能用来描述有机聚合物
作者Author: 一条君 时间: 2023-12-24 01:52
老师，对于第2点
为了简化体系，把聚合物限制在200个原子以内，通过优化整条链得到resp电荷 和您说的【最好是对边缘封端的一个聚合单元来算RESP电荷，通过单体的原子电荷 拼接得到整体的原子电荷】会有多大差别呢，误差可以接受吗？
（整条链优化确实出现了单条链内的氢键）
作者Author: sobereva 时间: 2023-12-24 02:04
最好用模型体系来产生每个重复单元的信息
直接用整条链的话，结果会明显受构象影响
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