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标题: 采用CGenFF产生str文件，施加力场时为什么出现add_node() 的错误？ [打印本页]

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2021-10-22 20:44
标题: 采用CGenFF产生str文件，施加力场时为什么出现add_node() 的错误？
具体提示如下：
NOTE1: Code tested with python 2.7.3. Your version: 2.7.5 (default, Oct 30 2018, 23:45:53)
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-36)]

NOTE2: Please be sure to use the same version of CGenFF in your simulations that was used during parameter generation:
--Version of CGenFF detected in  ANP_2.str : 4.5
--Version of CGenFF detected in  charmm36.ff/forcefield.doc : 4.4

WARNING: CGenFF versions are not equivalent!

NOTE3: In order to avoid duplicated parameters, do NOT select the 'Include parameters that are already in CGenFF' option when uploading a molecule into CGenFF.
Traceback (most recent call last):
  File "cgenff_charmm2gmx_2.py", line 799, in <module>
m.read_charmm_rtp(rtplines,atomtypes)
  File "cgenff_charmm2gmx_2.py", line 540, in read_charmm_rtp
self.G.add_node(self.natoms, atm[self.natoms])
TypeError: add_node() takes exactly 2 arguments (3 given)

作者
Author: hymn 时间: 2022-3-15 18:52
楼主解决了吗我也遇到了这个问题？

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2022-3-16 10:23

hymn 发表于 2022-3-15 18:52
楼主解决了吗我也遇到了这个问题？

没有解决，我现在用ATB生成小分子力场文件

作者
Author: hymn 时间: 2022-3-19 14:41

wangdafeixh 发表于 2022-3-16 10:23
没有解决，我现在用ATB生成小分子力场文件

我解决了换了python3版本的脚本然后用pip install networkx==2.3 把networkx换到的对应的版本
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml（脚本下载地址）

你可以尝试一下

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2022-3-21 10:01

hymn 发表于 2022-3-19 14:41
我解决了换了python3版本的脚本然后用pip install networkx==2.3 把networkx换到的对应的版本
http:// ...

感谢感谢！

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