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标题: 请教gromacs执行gmx energy后的选项的含义 [打印本页]

作者
Author: Jerryluo 时间: 2021-10-22 23:25
标题: 请教gromacs执行gmx energy后的选项的含义
本帖最后由 Jerryluo 于 2021-10-22 23:30 编辑

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1.请问静电相互作用能是指选项5，范德华相互作用能是指选项6吗
2.静电相互作用能是指选项7+选项8；范德华相互作用能是指选项9+选项10吗
3.选项13 = 7+8+9+10+11+12？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-23 01:37
1 显然不是。搞清楚什么叫1-4作用、程序怎么处理的

2 显然不是。LJ势描述的是范德华作用。9+10才是静电作用

3 显然不是。总能量等于动能加势能，势能里显然要把bond、angle等也得纳入进去

作者
Author: Jerryluo 时间: 2021-10-23 09:35

sobereva 发表于 2021-10-23 01:37
1 显然不是。搞清楚什么叫1-4作用、程序怎么处理的

2 显然不是。LJ势描述的是范德华作用。9+10才是静电 ...

谢谢老师，那就是说9+10是静电作用，7+8是范德华作用，总能量是11+12。如果要两项相加的结果作图需要怎样处理，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-24 02:48

Jerryluo 发表于 2021-10-23 09:35
谢谢老师，那就是说9+10是静电作用，7+8是范德华作用，总能量是11+12。如果要两项相加的结果作图需要怎样 ...

注意9+10不算是全部的静电作用，因为1-4原子之间还有静电作用，只不过被特殊处理，体现在6中
同理，1-4原子间的范德华作用体现在5中

作图自己用origin新定义一列设成二者加和就完了

作者
Author: Jerryluo 时间: 2021-10-24 16:43

sobereva 发表于 2021-10-24 02:48
注意9+10不算是全部的静电作用，因为1-4原子之间还有静电作用，只不过被特殊处理，体现在6中
同理，1-4 ...

好的谢谢老师

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