计算化学公社

标题: IRC产物拿出来OPT，结构变形 [打印本页]

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-21 10:26
标题: IRC产物拿出来OPT，结构变形
本帖最后由小书童于 2016-1-24 17:20 编辑

对算好的过渡态进行IRC路径分析，得到的了反应物和产物，与振动趋势相同。将产物（中间体）拿出来OPT，结构优化的结果结构扭曲了。
想请问老师这个是为什么呢？怎么产物优化后会变化这么大呢？可能是哪里出了问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-21 12:22
优化后的结构有虚频没有？没虚频说明极小点就是那样

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-22 10:40

sobereva 发表于 2016-1-21 12:22
优化后的结构有虚频没有？没虚频说明极小点就是那样

优化过的结构没有虚频。那么老师出现这个现象（IRC的结构和IRC拿出来优化的结构相差较多）的原因可能是什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-22 18:01

小书童发表于 2016-1-22 10:40
优化过的结构没有虚频。那么老师出现这个现象（IRC的结构和IRC拿出来优化的结构相差较多）的原因可能是什 ...

优化时候步长上限设小一点看看。
或许平面翻转过程是一个过渡态，优化的时候跑到的是那个极小点。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-24 17:23

sobereva 发表于 2016-1-22 18:01
优化时候步长上限设小一点看看。
或许平面翻转过程是一个过渡态，优化的时候跑到的是那个极小点。

老师，问题还是没有解决。我把我找过渡态的ts输入输出文件以及IRC和OPT的输入输出文件都上传上来了，您看看这里面会有什么问题吗？求您指点一下，思索了很久还是解决不了。IRC两段应该连的是产物和中间体（产物），这两个都是局部极小值，是较稳定的，结构优化应该没问题，不会偏差太大。而且我看了过渡态的虚频振动方向指向产物和反应物，不应该出现现在从IRC里面拿出来结构优化变形的问题的。还是求老师帮帮忙！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-24 17:50
有的用B3LYP，有的用B3PW91，别混用，都用B3LYP。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-24 18:50
本帖最后由小书童于 2016-1-24 18:52 编辑

sobereva 发表于 2016-1-24 17:50
有的用B3LYP，有的用B3PW91，别混用，都用B3LYP。

之前统一用B3PW91出现这个问题，后来自己瞎猜是不是B3LYP找IRC会好点，然后改成B3LYP的。求老师再看看是不是其他的地方有问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-25 07:53

小书童发表于 2016-1-24 18:50
之前统一用B3PW91出现这个问题，后来自己瞎猜是不是B3LYP找IRC会好点，然后改成B3LYP的。求老师再看看是 ...

先全都用B3LYP算算再说

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-25 11:09

sobereva 发表于 2016-1-25 07:53
先全都用B3LYP算算再说

好的，我试试，有消息了告诉您。谢谢老师的指导！

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-29 17:21

sobereva 发表于 2016-1-25 07:53
先全都用B3LYP算算再说

老师，我全用B3LYP做了，过渡态和IRC分析以及OPT都是每一步都计算力矩阵了，但是优化中间体的时候还是变形了，和IRC拿出来的结构具有较大的差异。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-1-29 18:00

小书童发表于 2016-1-29 17:21
老师，我全用B3LYP做了，过渡态和IRC分析以及OPT都是每一步都计算力矩阵了，但是优化中间体的时候还是变 ...

计算不是很耗时的话，IRC用maxpoints跑的长一点，比如maxpoints=50，可以只跑你关心的那一边，观察路径中的变化趋势，如果有变形，那变形结构就是对的。实验上的平面可能是平均化的结果（类比H2O2实验上没有手性）。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-29 19:24

liyuanhe211 发表于 2016-1-29 18:00
计算不是很耗时的话，IRC用maxpoints跑的长一点，比如maxpoints=50，可以只跑你关心的那一边，观察路径中 ...

Li老师，IRC是自动停的正常结束，两边都到极小值点才会结束计算。我非常不理解的是我观察了TS的虚频振动方式，就是两个N原子有相互吸引的运动趋势，不涉及整体的变形，那么为什么将IRC曲线中拿出来的结构进行优化会变形了呢？这说明我找的过渡态不对吗，可是明明已经指向了反应的路径了。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-1-29 19:37

小书童发表于 2016-1-29 19:24
Li老师，IRC是自动停的正常结束，两边都到极小值点才会结束计算。我非常不理解的是我观察了TS的虚频振动 ...

IRC到Maxpoints和极小点都会结束。一般的设置都跑到极小点的不多。确认一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-29 20:29
如果IRC点数设得很多，跑到程序提示找到极小点时结构还是平的，那就拿那个结构直接做振动分析，看看有无虚频。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-30 10:02
本帖最后由小书童于 2016-1-30 10:08 编辑

sobereva 发表于 2016-1-29 20:29
如果IRC点数设得很多，跑到程序提示找到极小点时结构还是平的，那就拿那个结构直接做振动分析，看看有无虚 ...

老师结构频率分析完成了，有虚频，而且虚频正是变形的方向。那么，对于这个问题可能的原因是什么呢？我的过渡态不对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-30 12:20

小书童发表于 2016-1-30 10:02
老师结构频率分析完成了，有虚频，而且虚频正是变形的方向。那么，对于这个问题可能的原因是什么呢？我的 ...

这样看来，过渡态有一个虚频，是顺着反应方向的；IRC末端也有一个虚频，是对应于平面扭曲的。
有可能是反应路径发生了分叉，类似下图，在平面上下扭曲的两个结构各是一个分叉后的极小点
(, 下载次数 Times of downloads: 85)

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-30 13:30

sobereva 发表于 2016-1-30 12:20
这样看来，过渡态有一个虚频，是顺着反应方向的；IRC末端也有一个虚频，是对应于平面扭曲的。
有可能是 ...

哦哦，原来是这样子啊。那么VRI Point是什么意思呢？VRI point是假的中间体的意思吗？目前对于我这样的情况，我该如何继续向下找寻过渡态呢？我该怎样找到第二个图中cs和c1呢？麻烦老师继续老师指教一下。非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-30 16:15

小书童发表于 2016-1-30 13:30
哦哦，原来是这样子啊。那么VRI Point是什么意思呢？VRI point是假的中间体的意思吗？目前对于我这样的情 ...

VRI就是分叉点，之后得到一对儿对映异构体。你之前优化已经得到了其中一个了，另一个你做一下镜面翻转就得到了。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-30 17:29
本帖最后由小书童于 2016-1-30 19:12 编辑

sobereva 发表于 2016-1-30 16:15
VRI就是分叉点，之后得到一对儿对映异构体。你之前优化已经得到了其中一个了，另一个你做一下镜面翻转就 ...

老师，您说的镜面翻转具体该如何操作呢？我接触量化不久，底子比较薄，辛苦老师多指点一下！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-30 20:05

小书童发表于 2016-1-30 17:29
老师，您说的镜面翻转具体该如何操作呢？我接触量化不久，底子比较薄，辛苦老师多指点一下！

gaussview里edit-mirror invert

作者
Author: 小书童 时间: 2016-1-30 20:20

sobereva 发表于 2016-1-30 20:05
gaussview里edit-mirror invert

谢谢老师指点，提前祝您春节快乐！

作者
Author: 小书童 时间: 2016-2-22 10:25

sobereva 发表于 2016-1-30 12:20
这样看来，过渡态有一个虚频，是顺着反应方向的；IRC末端也有一个虚频，是对应于平面扭曲的。
有可能是 ...

老师，对于这种情况我该如何找到TS2呢？还是对生成的一对儿对映异构体进行过渡态的猜寻？请老师指点一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-22 12:11

小书童发表于 2016-2-22 10:25
老师，对于这种情况我该如何找到TS2呢？还是对生成的一对儿对映异构体进行过渡态的猜寻？请老师指点一下 ...

拿对映异构体作为QST2的反应物和产物，尝试找到过渡态，然后产生IRC验证

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-22 12:37

小书童发表于 2016-1-30 10:02
老师结构频率分析完成了，有虚频，而且虚频正是变形的方向。那么，对于这个问题可能的原因是什么呢？我的 ...

这个结构本身就不应该是平面的。稍微破坏平面性之后优化。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-2-22 19:36

sobereva 发表于 2016-2-22 12:11
拿对映异构体作为QST2的反应物和产物，尝试找到过渡态，然后产生IRC验证

好的，我试试。还有老师，过渡态会不会就是那个平面的机构呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-22 19:45

小书童发表于 2016-2-22 19:36
好的，我试试。还有老师，过渡态会不会就是那个平面的机构呢？

有可能，但是我记得你说过没虚频

作者
Author: 小书童 时间: 2016-2-23 08:53

sobereva 发表于 2016-2-22 19:45
有可能，但是我记得你说过没虚频

不是啊，那个平面结构是从IRC末端取出来的，您告诉我对其直接进行振动分析，结果发现这个点有一个虚频，您才说可能是分叉了的。如果是我刚才说的那样的话，ts2就相当与直接找到了？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-23 14:37

小书童发表于 2016-2-23 08:53
不是啊，那个平面结构是从IRC末端取出来的，您告诉我对其直接进行振动分析，结果发现这个点有一个虚频， ...

我记错了。
如果这样，你就直接拿这个点搜索过渡态再走IRC就好了，应该会连接两个对映异构体

作者
Author: 小书童 时间: 2016-2-24 08:38

sobereva 发表于 2016-2-23 14:37
我记错了。
如果这样，你就直接拿这个点搜索过渡态再走IRC就好了，应该会连接两个对映异构体

老师，如果这样的话，这个反应就算找完了吧？其实我想得到的是如图所示的产物，HCN将吸附在碳基表面的NO还原，形成了N2。但是目前从您给我发的势能面的那个图来说，好像不会有后续的反应了。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-24 16:00
你当前的反应就是个N-N键变成N-O键。如果你想脱出N2来，那还得尝试另外找对应的过渡态，但看起来难度很大。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-2-24 21:48

sobereva 发表于 2016-2-24 16:00
你当前的反应就是个N-N键变成N-O键。如果你想脱出N2来，那还得尝试另外找对应的过渡态，但看起来难度很大。

那老师咱们这个反应路径的搜索就到此为止了吧，不能够在往下找了对吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-24 23:19

小书童发表于 2016-2-24 21:48
那老师咱们这个反应路径的搜索就到此为止了吧，不能够在往下找了对吧？

作者
Author: 小书童 时间: 2016-2-25 08:46

sobereva 发表于 2016-2-24 23:19
y

恩恩，好的，谢谢老师的指点！

作者
Author: 小李子赛 时间: 2020-4-20 20:46

sobereva 发表于 2016-1-21 12:22
优化后的结构有虚频没有？没虚频说明极小点就是那样

老师，如果IRC端点结构优化后有虚频，意味着什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-22 04:17

小李子赛发表于 2020-4-20 20:46
老师，如果IRC端点结构优化后有虚频，意味着什么呢？

不意味什么，单纯是优化不充分而已，参看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

作者
Author: 小李子赛 时间: 2020-4-22 11:43

sobereva 发表于 2020-4-22 04:17
不意味什么，单纯是优化不充分而已，参看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法 ...

嗯嗯，谢谢老师。

作者
Author: abcd401 时间: 2023-9-24 16:17

小书童发表于 2016-1-30 10:02
老师结构频率分析完成了，有虚频，而且虚频正是变形的方向。那么，对于这个问题可能的原因是什么呢？我的 ...

你好，请问你这个问题解决了吗？我跟你遇到了同样的问题，IRC左端的产物结构和opt优化出来的不一样，你是怎么解决的？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)