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标题: 磁盘空间不足报错 [打印本页]

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Author: zzk 时间: 2021-10-24 23:13
标题: 磁盘空间不足报错
我用B3LYP结构优化以及频率优化后想做高精度的能量计算，但是出现了磁盘空间不足报错的问题。大概是两百多个原子CHONS元素。服务器系统存储有30多TB，磁盘空间肯定是足够的。g09这个临时文件夹tmp已经清空了，还是出现相同的报错，请问老师有什么办法可以解决这个问题吗？

作者
Author: snljty 时间: 2021-10-24 23:41
本帖最后由 snljty 于 2021-10-25 09:03 编辑

肯定算不动，不用想了，100个都算不动。换ORCA。

作者
Author: shalene 时间: 2021-10-25 08:33
用orca的ri-做双杂化，你的硬盘应该够了，内存不够。放弃吧

作者
Author: biogon 时间: 2021-10-25 09:13
甭拿高斯算这玩意了
你得确定tmp文件夹下单个文件大小的上限是多少，这一算就会产生几TB一个的文件，你那文件系统不一定支持这么大的单个文件

作者
Author: scf 时间: 2021-10-25 09:36
mp2不用density fitting/ri局限性太大了

作者
Author: paramecium86 时间: 2021-10-25 10:02
以前在G16上试过 B2PLYPD3/def2tzvp 有机分子 100个左右的原子 2000个基函数左右，需要大概8TB的硬盘空间。(计算给了48核心180GB内存，单点能算了24小时）因为内存不够基本只达到了最低限（2OVN），硬盘就会占的很多。高斯官方给的是MP2 Direct算法下硬盘空间跟基函数的平方成正比。那么我觉得你的体系30TB不够也属于正常现象。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-25 11:28
Gaussian做MP2/双杂化结合def2-TZVPP这种档次的基组计算，50原子以上就根本甭考虑。再多就用ORCA

作者
Author: zzk 时间: 2021-10-26 20:40
那请问我这个三百个原子的分子如果想算溶质的自由能要采用什么方法呢？

作者
Author: zzk 时间: 2021-10-26 20:40
只能用第一种无法高精度计算那个吗

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-10-26 20:52

sobereva 发表于 2021-10-25 11:28
Gaussian做MP2/双杂化结合def2-TZVPP这种档次的基组计算，50原子以上就根本甭考虑。再多就用ORCA

请问一下高斯和ORCA算出来的能量差别大吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-26 21:23
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-10-26 21:25 编辑

mfdsrax2 发表于 2021-10-26 20:52
请问一下高斯和ORCA算出来的能量差别大吗？

取决于你的关键词如何写；以及你想问绝对能量还是相对能量。

绝对能量：在合理关键词的情况下，例如气相下的HF, MP2, CCSD等可以严格几乎一样。各种泛函那影响因素就多了，积分格点、泛函定义的细节、SCF收敛限、积分精度、隐式溶剂模型的差异等等都有影响。所以这种问题意义不大。

相对能量（例如反应能垒）：在合理关键词的情况下，所有软件算出来都趋势一致。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-26 21:38

mfdsrax2 发表于 2021-10-26 13:52
请问一下高斯和ORCA算出来的能量差别大吗？

补充一下，HF, MP2, CCSD的差别做到10^-6 Hartree以内问题不大，但是从orca 5开始会默认开RIJCOSX，RIJCOSX会加速计算，但是和高斯的差别会扩大到10^-4 Hartree量级。
DFT的差别一般只能保证做到10^-4 Hartree量级，如果是不用RI、RIJCOSX的计算，差别可以缩小到10^-5 Hartree左右。
以上是假设用户已经知道了诸如B3LYP用VWN3和VWN5的区别、6-31G*用球谐基函数还是笛卡尔基函数的区别等等，把这些因素都控制成一样的情况下，才有以上的结论。否则差多少都有可能。具体参见http://sobereva.com/573

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-26 21:54

zzk 发表于 2021-10-26 13:40
那请问我这个三百个原子的分子如果想算溶质的自由能要采用什么方法呢？

如果一定要完全用高斯的话：用“讲究的人”的算法，但是把单点能的理论级别降低到比如说M06-2X/def2TZVP。注意有一点是你截图里没有明确写出来的，就是不管是结构优化还是单点能，如果用B3LYP必须加色散校正，如果用M06-2X则可加可不加。“讲究的人”的算法相比“本科生”算法只慢在单点能计算这一步，Shermo只费几分钟人力加几秒钟机时，没理由不用Shermo。假设你算反应自由能的话，计算结果误差在5kcal/mol量级。
但是建议下载一个orca，反正对学术界免费的，已经用高斯做的opt freq不需要重算，只用orca在高斯优化的结构的基础上算单点能，用PWPB95-D3/def2-TZVPP，开DLPNO加速，估计比你高斯做opt freq的时间要短，计算结果误差可以做到1.5kcal/mol量级。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-27 12:59

mfdsrax2 发表于 2021-10-26 20:52
请问一下高斯和ORCA算出来的能量差别大吗？

谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573（http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html）

作者
Author: zzk 时间: 2021-10-28 16:37

wzkchem5 发表于 2021-10-26 21:54
如果一定要完全用高斯的话：用“讲究的人”的算法，但是把单点能的理论级别降低到比如说M06-2X/def2TZVP ...

您好，请问DLPNO加速怎么开啊

作者
Author: zzk 时间: 2021-10-28 16:51

zzk 发表于 2021-10-28 16:37
您好，请问DLPNO加速怎么开啊

只需要在！后加DLPNO-CCSD(T) 就可以吗

作者
Author: snljty 时间: 2021-10-28 16:57

zzk 发表于 2021-10-28 16:51
只需要在！后加DLPNO-CCSD(T) 就可以吗

看卢老师博文《详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能》http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html，在里面搜DLPNO。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-28 17:11

zzk 发表于 2021-10-28 09:37
您好，请问DLPNO加速怎么开啊

%mp2
dlpno true
end

具体看orca说明书的双杂化泛函章节

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