计算化学公社

标题: VEDA4中显示的频率与Gaussian计算得到频率完全不一样，但简正振动模式数量一样。 [打印本页]

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2021-10-25 15:51
标题: VEDA4中显示的频率与Gaussian计算得到频率完全不一样，但简正振动模式数量一样。
各位老师好，我想问一下关于VEDA4的问题。我在Linux服务器上使用Gaussian计算得到.chk文件，并使用formchk转化为fchk文件，然后下载到本机Windows系统使用VEDA4进行分析。发现VEDA4中.vd文件显示的频率与使用Gaussian计算得到的频率不同。并且.vd中的频率很奇怪。左图中红色框中是使用Gaussian16计算的得到的频率，黄框中是VEDA4文件中显示的频率。星号表示Gaussian计算的频率与VEDA4计算的频率差别大于0.5cm-1。但如果是在本机Windows系统下使用Gaussian09进行计算并使用VEDA4进行分析，就不会出现这个问题。如右图所示，Gaussian09和VEDA4计算的结果基本一致。请问这是什么原因造成的呢？有没有办法解决？
使用的泛函和基组： #p opt freq b3lyp/6-311g(d,p) scal=0.9688 em=GD3BJ

作者
Author: dantevinsky 时间: 2021-12-20 09:18
你的分子是不是多环/比较复杂，导致VEDA的PED分析没有找到很好的一组内坐标？

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2021-12-20 09:36

dantevinsky 发表于 2021-12-20 09:18
你的分子是不是多环/比较复杂，导致VEDA的PED分析没有找到很好的一组内坐标？

是的，这个分子里面有三个苯环。我感觉与计算环境也有关，我用CH4，H2O试过，在本机Windows系统下计算后，用VEDA4分析，两列频率一样，用服务器算完之后，两列频率就不一样。最近算的两个100多个原子的体系，fchk有200多兆，然后转换成fmu就直接导入不进去。

作者
Author: dantevinsky 时间: 2021-12-20 14:39

小庄师弟发表于 2021-12-20 09:36
是的，这个分子里面有三个苯环。我感觉与计算环境也有关，我用CH4，H2O试过，在本机Windows系统下计算后 ...

啊这，我没用过VEDA，但是感觉不应该啊，为啥会跟计算环境有关，这就很不鲁棒了

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2021-12-20 15:51

dantevinsky 发表于 2021-12-20 14:39
啊这，我没用过VEDA，但是感觉不应该啊，为啥会跟计算环境有关，这就很不鲁棒了

这个问题很棘手，在服务器上的计算结果都会出现0.01，-0.01类似的频率。

作者
Author: ZeeWong 时间: 2022-2-17 23:15
试试在计算关键词中只用freq，而不是使用opt freq。按我的经验，opt freq会出现如您所述的问题。把opt和freq分开成两个任务计算则不会。

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2022-2-18 22:01

ZeeWong 发表于 2022-2-17 23:15
试试在计算关键词中只用freq，而不是使用opt freq。按我的经验，opt freq会出现如您所述的问题。把opt和fre ...

好的，谢谢，我去试一下。还有一个问题想请教一下，当分子体系比较大时（100个原子左右），使用.fmu文件导入失败，您遇到过这个问题吗？

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2022-2-18 22:03

小庄师弟发表于 2022-2-18 22:01
好的，谢谢，我去试一下。还有一个问题想请教一下，当分子体系比较大时（100个原子左右），使用.fmu文件 ...

具体报错请看
求助：VEDA4软件打开.fmu文件失败，显示文件中缺少返回值
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=30674
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: ZeeWong 时间: 2022-2-19 15:27

小庄师弟发表于 2022-2-18 22:01
好的，谢谢，我去试一下。还有一个问题想请教一下，当分子体系比较大时（100个原子左右），使用.fmu文件 ...

您好，这个问题我没遇到过，但我看veda的官网上有一个专门的版本，上面写着veda version for up tp 480 atoms。或许那个版本能解决您的问题。
veda官网：smmg.pl/software/veda

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2022-2-19 17:39

ZeeWong 发表于 2022-2-19 15:27
您好，这个问题我没遇到过，但我看veda的官网上有一个专门的版本，上面写着veda version for up tp 480 a ...

好的，我去官网找一下其他版本。我试了一下，把opt和freq分开计算解决了频率不同的问题，非常感谢。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)