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标题: 求助在用gromacs模拟时，气体跑出了盒子，到了盒子上方 [打印本页]

作者
Author: zll 时间: 2021-10-26 08:37
标题: 求助在用gromacs模拟时，气体跑出了盒子，到了盒子上方
我想做的是带孔的氧化石墨烯分离二氧化碳的模拟，首先我想验证这个孔能不能使二氧化碳通过，跑完nvt以后，二氧化碳没有到盒子下方，反而从盒子上方出去了，该怎么解决呢？
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这是nvt.mdp文件
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这是min.mdp文件
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这是初始构型的状态
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这是跑完nvt模型状态，气体从上方出去了，请问各位老师，这是什么原因呢，应该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-26 14:19
标题里别随便写叹号，很有攻击性，给你去了，以后注意

检查模拟轨迹，如果粒子直接从盒子上面跑走了，检查、调整wall设置

作者
Author: zll 时间: 2021-10-27 14:47

sobereva 发表于 2021-10-26 14:19
标题里别随便写叹号，很有攻击性，给你去了，以后注意

检查模拟轨迹，如果粒子直接从盒子上面跑走了，检 ...

好的，谢谢老师

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