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标题: 求助：计算配体周围5 Å内的残基的Cα原子的RMSD [打印本页]

作者
Author: liuxu 时间: 2021-10-26 11:22
标题: 求助：计算配体周围5 Å内的残基的Cα原子的RMSD
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如图，蓝色为配体，红色为蛋白配体复合物，请问怎么计算配体周围5 Å内的残基的Cα原子的RMSD。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-26 13:37
把配体周围5 Å内的残基的Cα原子设成索引组，gmx rms计算时候选这个组就行了
可以用我的VMD脚本基于灵活的VMD选择语句创建索引文件：http://bbs.keinsci.com/thread-22211-1-1.html
VMD的选择语句语法见
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504

作者
Author: liuxu 时间: 2021-10-26 14:56

sobereva 发表于 2021-10-26 13:37
把配体周围5 Å内的残基的Cα原子设成索引组，gmx rms计算时候选这个组就行了
可以用我的VMD脚本基于 ...

感谢sobereva大大！

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