计算化学公社

标题: 求助，AMBER氢键热图怎么做 [打印本页]

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Author: 知黑守白 时间: 2021-10-26 20:46
标题: 求助，AMBER氢键热图怎么做
如题，最近用AMBER分析氢键，没有找到类似下面的随时间变化的氢键热图怎么做

翻遍手册，找到氢键分析模块可以做到分析每个氢键在每一帧是否存在，存在记为1，不存在记为0

在后续翻手册时【lifetime】这个分析模块貌似也是统计效果，并不能达成想要的作图效果

求助各位大佬，是否能指点一下，这个热图怎么做出来的？

ps：脚本基础太差，可能python可以很轻易的实现这个功能，意思大概就是从【*.dat】文件中读取第一列时间做横坐标，后续的列依次作为一行向上叠加，遇到1则染颜色，遇到0则染白色这种...
或者AMBER内嵌的模块里有这个功能吗？求指点，感谢各位大佬（附了一个dat文件仅供参考做输入文件）

作者
Author: rpestana94 时间: 2021-10-26 22:26
Using cpptraj alone I think you can't get the same graph, you need to use another software or python to do it, with matplot or seaborn you can get that kind of graph

作者
Author: chenbq18 时间: 2021-10-27 09:04
请问，你这个dat数据怎么生成的，能贴个cpptraj 命令吗，看着好像不是很规律，python不一定能读出来

作者
Author: lyj714 时间: 2021-10-27 13:28
你这个数据只能做成红白的图，无法做成你发的图片中的百分比形式，不太清楚你这个百分比指的是什么。

作者
Author: 知黑守白 时间: 2021-10-27 14:12

chenbq18 发表于 2021-10-27 09:04
请问，你这个dat数据怎么生成的，能贴个cpptraj 命令吗，看着好像不是很规律，python不一定能读出来

您好！
cpptraj指令如下：hbond HB out hbond_do.dat donormask :1 series uuseries 1_do.dat avgout hbavg_do.dat printatomnum

从发帖到现在我也一直在自己研究python脚本怎么写，刚好研究到读取数据出来，用readlines()就可以了，在研究后续的作图指令，我实在程序语言太差了，不太会...

作者
Author: 知黑守白 时间: 2021-10-27 14:13

lyj714 发表于 2021-10-27 13:28
你这个数据只能做成红白的图，无法做成你发的图片中的百分比形式，不太清楚你这个百分比指的是什么。

是的！求教，红白的图怎么做？python如何实现？

百分比无所谓，是一段统计的结果，那个不太重要的！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-28 03:56
轨迹拉到VMD里不就能做嘛

作者
Author: 知黑守白 时间: 2021-10-28 18:03

喵星大佬发表于 2021-10-28 03:56
轨迹拉到VMD里不就能做嘛

您好！您指的是VMD-Extensions-Analysis-Hydrogen Bonds吗？

我试过拖进VMD里面，得到的是一对残基之间形成氢键的数目随着时间的变化，这个“数目”并没有分散到残基的细节，是我的1.9.3版本VMD太低了吗？

作者
Author: lyj714 时间: 2021-10-28 19:51
本帖最后由 lyj714 于 2021-10-28 20:06 编辑

知黑守白发表于 2021-10-27 14:13
是的！求教，红白的图怎么做？python如何实现？

百分比无所谓，是一段统计的结果，那个不太重要的！ ...

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仿gromacs写的。图和gromacs工具得到的类似：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: 知黑守白 时间: 2021-12-29 15:12

lyj714 发表于 2021-10-28 19:51
仿gromacs写的。图和gromacs工具得到的类似：

多谢您的热心解答！

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