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标题: 安装GAMESS时编译ddi这里一直报错怎么解决 [打印本页]

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-10-27 09:52
标题: 安装GAMESS时编译ddi这里一直报错怎么解决
在学校的超算上安装的，前面的都是按照流程输入。但是在ddi编译这里没能通过，不知道是不是前面的设置有问题？
当前的环境变量为：1) gaussian/g16/C01/AVX2 2) anaconda3 3) python/3.6.1 4) mkl/2019.update1 5) intel/2019.update1
执行./config进行配置的选择为：linux64....ifort...19....mkl..../opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl.....proceed.....sockets....no
对linux编译这些不太懂，都是按照教程来的（GAMESS简易编译教程 (qq.com)，GAMESS编译教程 (qq.com)，GAMESS-US 2013-May、2014-Dec、2016-Aug版编译方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)），不知道问题出在哪里，有没有人可以指导下？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-27 15:50
展示一下你的gcc版本是啥，即运行如下两行
which gcc
gcc --version

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-10-27 17:20

zjxitcc 发表于 2021-10-27 15:50
展示一下你的gcc版本是啥，即运行如下两行
which gcc
gcc --version

老师您好，按这个输入得到的结果是：
[theochem@tc4600v4 ldg]$ which gcc
/usr/bin/gcc
[theochem@tc4600v4 ldg]$ gcc --version
gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)
Copyright (C) 2015 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

请您看下有没有问题~

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-27 17:34

Kikyou 发表于 2021-10-27 17:20
老师您好，按这个输入得到的结果是：
[theochem@tc4600v4 ldg]$ which gcc
/usr/bin/gcc

你想编译的GAMESS版本是？另外，再展示一下你机器上的intel编译器的环境变量咋写的（不懂的话问机器管理员）。

作者
Author: abin 时间: 2021-10-27 18:02
(, 下载次数 Times of downloads: 39)
你要那一个?

前提是, 机器有singularity.

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-10-27 18:34
本帖最后由 Kikyou 于 2021-10-27 18:35 编辑

zjxitcc 发表于 2021-10-27 17:34
你想编译的GAMESS版本是？另外，再展示一下你机器上的intel编译器的环境变量咋写的（不懂的话问机器管理 ...

邮箱申请的时候勾选的是这个版本GAMESS version September 30, 2021 R2 Patch 1 for 64 bit x86_64 under Linux using Intel compilers
给出来的下载链接里有gamess-current.tar.gz和旧版的gamess.Sep302020R2.tar.gz我都试了，一样的问题。
inter编译器的环境变量是写的：module show intel/2019.update1

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-10-27 18:35

abin 发表于 2021-10-27 18:02
你要那一个?

前提是, 机器有singularity.

我的机器里没有这个，好多东西不太懂Orz

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-10-27 19:20

Kikyou 发表于 2021-10-27 18:34
邮箱申请的时候勾选的是这个版本GAMESS version September 30, 2021 R2 Patch 1 for 64 bit x86_64 under ...

误打误撞搞好了。。。我又加载了一个gcc的环境变量就行了。麻烦大家了，超算上的感觉有点乱，对于我这种不熟悉Linux的人来说=。=

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-10-27 19:54

zjxitcc 发表于 2021-10-27 17:34
你想编译的GAMESS版本是？另外，再展示一下你机器上的intel编译器的环境变量咋写的（不懂的话问机器管理 ...

老师，我能不能接着问您下关于MOKIT的一个安装问题啊？我按您的手册写的方法，加载完环境变量并安装后，一切正常。但是测试一个gjf文件的时候，他说找不到我的高斯的路径怎么回事啊，我的高斯环境变量是一直加载的
输出如下：
----- Output of AutoMR of MOKIT(Molecular Orbital Kit) -----
      GitLab page: https://gitlab.com/jxzou/mokit
         Author: Jingxiang Zou
         Version: 1.2.3 (2021-Sep-13)
   (How to cite: read the file Citation.txt)

HOST tc4600v4, Wed Oct 27 19:52:15 2021

ERROR in subroutine get_gau_path: no ':' symbol found in gau_path=/opt/gaussian16/avx2/C01/g16

This error often occurs when your machine has no (or has incorrect) Gaussian
environment variables. Here I offer a correct example:
---------------------------------------------
export g16root=/opt
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=/scratch/$USER/gaussian
---------------------------------------------
Please check your Gaussian environment variables according to the example shown above.
Also note: DO NOT write 'export GAUSS_EXEDIR', it is useless.

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-27 20:06
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-10-27 20:12 编辑

Kikyou 发表于 2021-10-27 19:54
老师，我能不能接着问您下关于MOKIT的一个安装问题啊？我按您的手册写的方法，加载完环境变量并安装后， ...

关于这个问题，我故意把报错信息写得十分详细，连环境变量的正确示例都给出了。你直接自行翻译即知。你机子上当前高斯环境变量不正确。如果你还是不懂，就把This error often occurs及底下的话给机器管理员看。

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-10-27 20:21

zjxitcc 发表于 2021-10-27 20:06
关于这个问题，我故意把报错信息写得十分详细，连环境变量的正确示例都给出了。你直接自行翻译即知。你机 ...

主要是我能正常使用g16，所以感觉奇怪，按说环境变量出问题是不是g16就不能用了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-27 20:33

Kikyou 发表于 2021-10-27 20:21
主要是我能正常使用g16，所以感觉奇怪，按说环境变量出问题是不是g16就不能用了

报错信息里已提示了一种可能性，即你的机器上可能显式地写了export GAUSS_EXEDIR环境变量，这对高斯是无用的，应该删去。

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