计算化学公社

标题: 对分子模拟轨迹进行氨基酸点突变怎么操作 [打印本页]

作者
Author: buxizhou 时间: 2021-10-27 11:18
标题: 对分子模拟轨迹进行氨基酸点突变怎么操作
请问老师们，我想对分子模拟的轨迹xtc文件进行氨基酸位点丙氨酸突变，截断侧链的同时调整C-H键的长度和角度。我知道有一些server可以做到pdb文件的点突变，比如WHAT IF 。请问xtc文件应该如何突变呢？谢谢老师们！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-27 12:05
你这操作意义何在，如果是要做FEP正常做就好了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-27 12:50
xtc文件没法直接突变。而且如果是显式水，直接对轨迹突变也没有实际意义
你的实际目的可能有更好的考虑办法，交代出来别人才能告诉你

作者
Author: puzhongji 时间: 2021-10-27 14:25
SCWRL4 FASPR EvoEF2 IPRO+/-等等

作者
Author: buxizhou 时间: 2021-10-27 15:12
我想要获得突变xtc文件的目的是做氨基酸扫描，如果先突变pdb再做分子动力学模拟，耗时太大，所以我想用直接突变轨迹xtc文件的单轨迹法

作者
Author: buxizhou 时间: 2021-10-27 16:45

puzhongji 发表于 2021-10-27 14:25
SCWRL4 FASPR EvoEF2 IPRO+/-等等

谢谢老师，请问这些方法是可以处理xtc文件吗？还是只可以处理pdb文件呢？

作者
Author: buxizhou 时间: 2021-10-27 16:46

sobereva 发表于 2021-10-27 12:50
xtc文件没法直接突变。而且如果是显式水，直接对轨迹突变也没有实际意义
你的实际目的可能有更好的考虑办 ...

我想要获得突变xtc文件的目的是做氨基酸扫描，如果先突变pdb再做分子动力学模拟，耗时太大，所以我想用直接突变轨迹xtc文件的单轨迹法

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-28 03:17
本帖最后由喵星大佬于 2021-10-28 03:19 编辑

buxizhou 发表于 2021-10-27 16:46
我想要获得突变xtc文件的目的是做氨基酸扫描，如果先突变pdb再做分子动力学模拟，耗时太大，所以我想用直 ...

你扫描的目的是干啥？结构稳定性？那直接做FEP不就好了嘛。慢慢跑，突变轨迹里的残基貌似是某些粗粒化方法或者隐式溶剂模型下做的，常规显式溶剂的轨迹应该是不行的，只能去做FEP

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-28 10:50

buxizhou 发表于 2021-10-27 15:12
我想要获得突变xtc文件的目的是做氨基酸扫描，如果先突变pdb再做分子动力学模拟，耗时太大，所以我想用直接 ...

如果你的实际目的是考察各个氨基酸对结合自由能的影响，gromacs用户用gmx_mmpbsa（https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00645）直接就支持alanine scanning

作者
Author: buxizhou 时间: 2021-10-28 14:34
本帖最后由 buxizhou 于 2021-10-28 14:36 编辑

sobereva 发表于 2021-10-28 10:50
如果你的实际目的是考察各个氨基酸对结合自由能的影响，gromacs用户用gmx_mmpbsa（https://doi.org/10.10 ...

好的，谢谢老师，我去尝试一下。

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