计算化学公社

标题: 求助:在保存文件时出现了错误 [打印本页]

作者
Author:
wangdafeixh    时间: 2021-10-27 17:20
标题: 求助:在保存文件时出现了错误
具体:
在定义水盒子的时候报错something is wrong in the coordinate formatting of file system_soltest.gro. Note that gro is fixed format (see the manual).
查找得知是gro文件格式的问题,根据sob老师的方法把gro载入VMD,再保存成gro文件
尝试通过VMD打开文件,但在保存的时候,VMD报错error writing trajectory file
请问各位老师应该怎么解决该问题?



作者
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sobereva    时间: 2021-10-27 20:27
你先确保gro文件内容是正常的、符合格式要求的,再载入VMD。不清楚标准格式就随便找个gro对照着看。

确保用的是VMD 1.9.3

作者
Author:
wangdafeixh    时间: 2021-10-28 21:06
sobereva 发表于 2021-10-27 20:27
你先确保gro文件内容是正常的、符合格式要求的,再载入VMD。不清楚标准格式就随便找个gro对照着看。

确 ...

感谢sob老师!
作者
Author:
dadapeng    时间: 2024-8-27 13:54

最近我遇到了类似的问题,我用VMD画了一个石墨烯结构,含30000个原子,在保存的时候VMD报错:error writing trajectory file. 我换了个U盘保存就好了,个人觉得这个报错的原因可能是磁盘空间不够。




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