计算化学公社

标题: 求助关于DMOl3做吸附模拟底层结构问题 [打印本页]

作者
Author: 愤怒的小y 时间: 2021-10-27 18:57
标题: 求助关于DMOl3做吸附模拟底层结构问题
我用DMol3做了一个吸附模拟发现当底层TiO2为两层是吸附模型不能收敛而当我把TiO2底层变为三层是却收敛了这是为什么？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-10-29 09:35
模型不符合计量比收敛就是有可能会比较困难一些，所以建议厚度按整数切。

作者
Author: AaronO_o 时间: 2021-10-29 09:59
是否可能是第一个模型（2层）中z方向厚度过小，SO3与上层TiO2底部吸附，导致难以收敛？

作者
Author: 愤怒的小y 时间: 2021-10-29 14:09

AaronO_o 发表于 2021-10-29 09:59
是否可能是第一个模型（2层）中z方向厚度过小，SO3与上层TiO2底部吸附，导致难以收敛？

是真空层太小了吗

作者
Author: 愤怒的小y 时间: 2021-10-29 14:16

卡开发发发表于 2021-10-29 09:35
模型不符合计量比收敛就是有可能会比较困难一些，所以建议厚度按整数切。

好的谢谢大神

作者
Author: Aridea 时间: 2021-10-29 14:26
底层可能需要多给几层，然后固定基底。具体可以参考别人文献

作者
Author: 愤怒的小y 时间: 2021-10-29 14:30

卡开发发发表于 2021-10-29 09:35
模型不符合计量比收敛就是有可能会比较困难一些，所以建议厚度按整数切。

发发大神请问什么叫按整数切是厚度0.752就就用0.8切吗

作者
Author: 愤怒的小y 时间: 2021-10-29 14:49

Aridea 发表于 2021-10-29 14:26
底层可能需要多给几层，然后固定基底。具体可以参考别人文献

相同的基地但是吸附不同是不是基地所需要的层数就不同是吗？是要一层一层的去试对吗？

作者
Author: Aridea 时间: 2021-10-29 14:52
基底要保持一致，才能模拟bulk表面吧。多试试看几层看收敛就用几层。这方面我没做过

作者
Author: 愤怒的小y 时间: 2021-10-29 14:53

Aridea 发表于 2021-10-29 14:52
基底要保持一致，才能模拟bulk表面吧。多试试看几层看收敛就用几层。这方面我没做过

好的谢谢大神

作者
Author: AaronO_o 时间: 2021-10-29 16:43
本帖最后由 AaronO_o 于 2021-10-29 16:45 编辑

愤怒的小y 发表于 2021-10-29 14:09
是真空层太小了吗

我认为有可能是这样，沉积在Absorb Location那个模块里面遇到过吸附到上一层的问题。
我个人认为z轴真空层太小不能有效消除掉z方向周期性，导致SO3在两层之间有个能量极小值点，几何优化时候在这个位置附近震荡了。

一个简单的验证方法是：右键display，第二个选项卡中把z轴周期性改成2，看看那个SO3有没有吸附到上一层。就您的截图来看，我认为是吸附到上一层了。
另外真空层与其他老师所说的基底厚度等思路不互斥，都有必要谨慎的讨论。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-10-31 17:19

愤怒的小y 发表于 2021-10-29 14:30
发发大神请问什么叫按整数切是厚度0.752就就用0.8切吗

自然数？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-10-31 17:22

AaronO_o 发表于 2021-10-29 16:43
我认为有可能是这样，沉积在Absorb Location那个模块里面遇到过吸附到上一层的问题。
我个人认为z轴真空 ...

确实不互斥，主要lz模型的问题实在太多了，比如迄今看不懂lz要做个什么反应，会不会这个过程就不合理之类。一样样慢慢来吧。
另外，DMol3的算法计算量不大依赖真空尺寸，可以放心往上加。

作者
Author: 愤怒的小y 时间: 2021-10-31 19:45

卡开发发发表于 2021-10-31 17:19
自然数？

那请问厚度按整数切是什么意思没看懂

作者
Author: 愤怒的小y 时间: 2021-10-31 19:49

卡开发发发表于 2021-10-31 17:22
确实不互斥，主要lz模型的问题实在太多了，比如迄今看不懂lz要做个什么反应，会不会这个过程就不合理之类 ...

我是想做一个so2氧化成so3的过程我看有个文献里用了这个模型，想试试看行不行，因为我看文献中这种模型可以使co氧化成co2，所以我想试试so2行不行

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-31 20:13

愤怒的小y 发表于 2021-10-31 12:45
那请问厚度按整数切是什么意思没看懂

切的时候保证切出来的slab里面Ti和O的比例刚好是1:2

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-1 10:22

愤怒的小y 发表于 2021-10-31 19:45
那请问厚度按整数切是什么意思没看懂

切面的时候有个thickness的值设置为整数，不要用分数的，这表示你的晶面原子数是晶胞的几倍。

作者
Author: Wu_57GO 时间: 2022-7-14 22:28
请问一下这类二维材料超胞模型结构优化时必须要固定底层吗，我是做MoS2吸附气体方面的。

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