计算化学公社

标题: 请问下大家如何用VMD计算MSD [打印本页]

作者
Author: namd学者 时间: 2021-10-28 15:52
标题: 请问下大家如何用VMD计算MSD
请问下各位：
1.在VMD中只找到了RMSD的计算，那么MSD该怎么计算呢？2.还就是在看文献的时候提到一个横向扩散系数D，它的值是MSD的斜率吗？
3.分子模拟的平衡可以从总能量来衡量吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-29 06:08
1 RMSD求平方。搞清楚R是什么含义

2 自行Google Einstein求扩散系数的关系式

3 看具体体系。只有体系中达到平衡最慢的参数才能充分用于衡量是否已平衡

作者
Author: namd学者 时间: 2021-10-29 10:24

sobereva 发表于 2021-10-29 06:08
1 RMSD求平方。搞清楚R是什么含义

2 自行Google Einstein求扩散系数的关系式

好的，谢谢社长。

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