计算化学公社

标题: 求助：静电体系中，两种带相反电荷的物质之间不吸附 [打印本页]

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Author: BKYS 时间: 2021-10-28 18:45
标题: 求助：静电体系中，两种带相反电荷的物质之间不吸附
本帖最后由 BKYS 于 2021-10-29 11:08 编辑

我的体系中有两种物质，配体烷基链和多酸。多酸带-3个电荷，配体链带+1个电荷。体系在氯仿环境中进行模拟，发现平衡过程和模拟过程中配体链和多酸并没有吸附在一起，看起来像是保持了相对位置不变。初始构型使用packmol在60埃的盒子里生成的，然后用setbox命令把packmol的模型放在70埃里。一直没有找到问题的原因，希望大家给点意见，指出问题。谢谢。
in.zip里包含升温、nvt平衡、npt平衡和产出文件，model里是坐标和拓扑文件。
图片中隐去了溶剂粒子。

这个是产出的in文件。
Production
&cntrl
  imin=0,       ! Molecular dynamics
  ntx=5,          ! Positions and velocities read formatted
  irest=1,       ! Restart calculation
  ntc=2,          ! SHAKE on for bonds with hydrogen
  ntf=2,          ! No force evaluation for bonds with hydrogen
  nstlim=200000000,  ! Number of MD steps
  ntt=1,          ! Beredensen
  temp0=300.0,    ! Simulation temperature (K)
  ntpr=10000,    ! Print to mdout every ntpr steps
  ntwr=10000,    ! Write a restart file every ntwr steps
  ntwx=10000,    ! Write to trajectory file every ntwx steps
  dt=0.002,       ! Timestep (ps)
  ig=-1,          ! Random seed for Langevin dynamics
  ntb=1,          ! Constant pressure periodic boundary conditions
  ntp=0,          ! Anisotropic pressure coupling
  cut=12.0,       ! Nonbonded cutoff (Angstroms)
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-29 06:21
直接发个结构图，一目了然，免得别人还得载进去看
上传多个文件的时候始终说清楚每个文件都对应什么，别让别人打开后才能判断

作者
Author: BKYS 时间: 2021-10-29 11:06

sobereva 发表于 2021-10-29 06:21
直接发个结构图，一目了然，免得别人还得载进去看
上传多个文件的时候始终说清楚每个文件都对应什么，别让 ...

结构和文件说明已经添加了，请sob老师看一下，谢谢。

作者
Author: Graphite 时间: 2021-10-29 11:31
建议把初始构型中两个东西放近一点，因为长程截断设置的12 A，从图片看两者距离可能已经（部分）超过12 A了，或者使用PME之类的长程作用处理方法。

作者
Author: BKYS 时间: 2021-10-29 15:21
本帖最后由 BKYS 于 2021-10-29 15:23 编辑

Graphite 发表于 2021-10-29 11:31
建议把初始构型中两个东西放近一点，因为长程截断设置的12 A，从图片看两者距离可能已经（部分）超过12 A了 ...

谢谢您的建议，我想请教一下PME不是除了ntb=0的情况下就默认打开的么？还需要写其他的控制条件么？我之前也尝试过摆的比较近，但是配体链像是质心固定了，只有构象的变化没有吸附过程。我拿同样的构型用gromacs模拟就可以进行吸附。不知道这之间有什么问题。
以下是gromacs的产出文件。

;VARIOUS PREPROCESSING OPYIONS
title       = nvt_prod
define       = -DPOSRES

;RUN CONTROL PARAMETERS
integrator = md
dt          = 0.002
nsteps       = 50000000

;OUTPUT CONTROL OPTIONS
nstxout    = 5000
nstvout    = 5000
nstfout    = 5000
nstenergy    = 5000
nstlog       = 5000
energygrps = SIW TEN SOL ION

;NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
nstlist    = 5
ns-type    = grid
pbc          = xyz
rlist       = 1.2

;options for electrostatics and vdw
coulombtype= PME
pme_order= 4
fourierspacing = 0.12
rcoulomb    = 1.2
vdw-type    = cut-off
rvdw          = 1.2
cutoff_scheme  = verlet
;dispersion coorection
DispCorr    = EnerPres

;pressure coupling
Pcoupl       = no

;generate velocities for startup run
gen_vel= yes
gen-temp = 300
gen-seed = -1

;fix
freezegrps = SIW
Freezedim = Y Y Y

;temperature coupling
Tcoupl       = berendsen
tc-grps    = SIW TEN SOL ION
tau_t       = 0.5 0.5 0.5 0.5
ref_t       = 300 300 300 300

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