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标题: ORCA4.0.1跑MD报错 [打印本页]

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 10:07
标题: ORCA4.0.1跑MD报错
各位老师，

我用ORCA4.0.1老版本跑MD，用Multiwfn生成ORCA4.x输入文件功能，生成输入文件如下：

! B3LYP D3 def2-TZVP def2/J RIJCOSX noautostart miniprint nopop
%md
#restart ifexists  # Continue MD by reading [basename].mdrestart if it exists. In this case "initvel" should be commented
#minimize  # Do minimization prior to MD simulation
timestep 0.5_fs  # This stepsize is safe at several hundreds of Kelvin
initvel 100_K no_overwrite # Assign velocity according to temperature for atoms whose velocities are not available
thermostat CSVR 298.15_K timecon 30.0_fs  # Target temperature and coupling time constant
dump position stride 1 format xyz filename "pos.xyz"  # Dump position every "stride" steps
#dump force stride 1 format xyz filename "force.xyz"  # Dump force every "stride" steps
#dump velocity stride 1 format xyz filename "vel.xyz"  # Dump velocity every "stride" steps
#dump gbw stride 20 filename "wfn"  # Dump wavefunction to "wfn[step].gbw" files every "stride" steps
run 10 CenterCOM # Number of MD steps. Remove motion of center of mass
end
* xyz 0 1
（坐标略）
*

由于是试运行，我删掉了Multiwfn生成的文件中多核并行的部分。
我在超算上运行，刚运行了十几秒就走不下去了，然后.out文件如下：

（文件头略）
                     Program Version 4.0.1 -  RELEASE  -

（人名、贡献略）
WARNING! (maininp1.cpp): The [MD] block was specified but
                     the RunType was not MolecularDynamics.
Now changing the RunType to _MolecularDynamics.
An identifier was expected after '[' at the end of the [MD] block line 3  :
Last token : BASENAME
[file orca_main/maininp1.cpp, line 10969]:

请问是什么原因？我在自己的机子上运行没有报错，在超算上运行报错了，是不是我在超算上设置ORCA出了问题？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-29 10:14
这马上都2022年了，明显应当使用ORCA 5.0.1

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 10:16

zjxitcc 发表于 2021-10-29 10:14
这马上都2022年了，明显应当使用ORCA 5.0.1

我也装了ORCA5.0.1，不知哪里出问题了，运行不了，所以先用老的ORCA4.0.1

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-29 10:27
用4.0.1那么古老的作甚
再老也不能比4.2更老

使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）
此文都明确说了

本文内容适用于Multiwfn最新版本、VMD 1.9.3、ORCA 4.2.x及以后版本的情况。

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 10:43

sobereva 发表于 2021-10-29 10:27
用4.0.1那么古老的作甚
再老也不能比4.2更老

谢谢sob老师，的确没仔细看Multiwfn的说明。

作者
Author: snljty 时间: 2021-10-29 10:50

chands 发表于 2021-10-29 10:16
我也装了ORCA5.0.1，不知哪里出问题了，运行不了，所以先用老的ORCA4.0.1

最常见的问题之一是编译openmpi之前没装gfortran。有什么报错就想办法解决，解决不了就贴上来报错，ORCA是非常好装的软件。

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 11:03

snljty 发表于 2021-10-29 10:50
最常见的问题之一是编译openmpi之前没装gfortran。有什么报错就想办法解决，解决不了就贴上来报错，ORCA ...

谢谢，我会查的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-29 16:27
问题出现在这一行
#restart ifexists # Continue MD by reading [basename].mdrestart if it exists. In this case "initvel" should be commented
ORCA输入文件里面，同一行的第一个#是注释，第二个是取消注释，所以ORCA以为Continue MD by reading [basename].mdrestart if it exists. In this case "initvel" should be commented不是注释，就报错了

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-13 18:37

wzkchem5 发表于 2021-10-29 16:27
问题出现在这一行
#restart ifexists # Continue MD by reading .mdrestart if it exists. In this case ...

老师，你好，想请教一下我用ORCA5.0.3 B97-3c泛函进行MD时，刚开始不久就出现如下错误，输入文件中冻结了部分原子坐标，不知道是什么原因
The system contains 2172 active degrees of freedom (724 active atoms * 3).
         |  Sim. Time |  t_SCF | t_Grad |    Temp |    E_Kin |       E_Pot |       E_Tot |    Cons.Qty | Drift
   Step |    [fs] | | |    [K] | [Hartree] |    [Hartree] |    [Hartree] |    [Hartree] |    [K]
------------|------------|--------|--------|----------|-----------|---------------|---------------|---------------|-----------
ERROR    : MD Program returns an error
            cannot continue the md simulation
COMMAND    : D:\jisuan\ORCA\orca\orca_md L1CuBF4-MD  orca
RETURN CODE : -3
[file orca_main/mainmd.cpp, line 184]:

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-13 20:23

dengyh 发表于 2023-7-13 11:37
老师，你好，想请教一下我用ORCA5.0.3 B97-3c泛函进行MD时，刚开始不久就出现如下错误，输入文件中冻结了 ...

检查最后一步scf和梯度的输出

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