计算化学公社

标题: ORCA5.0.1运行out文件直接是空的 [打印本页]

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 10:58
标题: ORCA5.0.1运行out文件直接是空的
本帖最后由 chands 于 2021-10-29 11:08 编辑

各位老师，
   在超算分区中新装了ORCA5.0.1，试运行之，发现任务提交不上去，.out文件直接是空的。
   我已经在.bashrc文件中写入：

export Path=/目录/openmpi-4.1.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/目录/openmpi-4.1.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/目录/orca_5_0_1:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/目录/orca_5_0_1:$LD_LIBRARY_PATH

   超算上有mpich3.2版本，我又装了一个openmpi-4.1.1（和ORCA5.0.1)相配，但是指定用openmpi-4.1.1不成功（这点可以问超算的技术支持），于是我试着用单核运行ORCA5.0.1，.out文件还是空的。

   我的问题是：（1）就算用单核运行ORCA，有两个mpi，这两个mpi会不会打架，导致ORCA运行不了？
                        (2)  还有其他原因吗？

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 11:01
snljty老师提到 “最常见的问题之一是编译openmpi之前没装gfortran。有什么报错就想办法解决，解决不了就贴上来报错，ORCA是非常好装的软件。”

我查一下看

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-29 12:28
单核都运行不了，就和MPI没关系，而是运行环境、运行方式的事，咨询管理员

作者
Author: abin 时间: 2021-10-29 14:15
本帖最后由 abin 于 2021-10-29 14:21 编辑

来来,
我给你提供一个安装包.

上传到超速就行.

只要平台上有 singularity 就可以了.

完美支持, IB网络等超算平台的并行网络.

不需要主机任何的MPI支持.

私信或者电邮联系我, 获取我改造后的orca.v501包.

我认为这种方案,
是超级简单的.

不需要管理员懂具体计算软件,
如果没有singularity, 只需yum/dnf install一下.
使用yum/dnf是Linux管理员最基本的要求.

另外, 如果平台有自定义的路径,
需要管理员修改/etc/singulairty/singularity.conf来指定路径.
是个管理员都能搞定.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-29 16:23
把完整的提交脚本贴上来

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 16:37

sobereva 发表于 2021-10-29 12:28
单核都运行不了，就和MPI没关系，而是运行环境、运行方式的事，咨询管理员

谢谢Sob老师，问了管理员，发现是“permission denied", 加了755权限就好了。

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 16:39
本帖最后由 chands 于 2021-10-29 16:41 编辑

wzkchem5 发表于 2021-10-29 16:23
把完整的提交脚本贴上来

谢谢，是权限不够直接permission denied，已经解决了。

作者
Author: chands 时间: 2021-10-29 16:40
本帖最后由 chands 于 2021-10-29 16:42 编辑

abin 发表于 2021-10-29 14:15
来来,
我给你提供一个安装包.

谢谢，是权限不够直接permission denied, 已经解决了。

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