计算化学公社

标题: 求有偿代算反应路径 [打印本页]

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 10:27
标题: 求有偿代算反应路径
背景：之前课题有较大的进展，导师想做计算，但是组里没有计算的经验。今年六月份我在分子模拟板块发了一个求助帖，因为没有准确描述清楚我的需求，没有找到代算。10月初找了一家计算化学公司，对方报价一万六，今天早上在思想家公社3号群咨询了Sobereva老师后，我重新回到这里求助各位。反应简介：
1）成熟的人名反应，反应是两个简单分子（分子量都低于500）的偶联，Lewis酸催化，溶剂DCM(二氯甲烷)，0℃，Ar气保护，无金属参与。副产物结构已鉴定。
2）机理清晰，原人名反应立体选择性一般，在对底物进行简单修饰之后可以得到立体选择性专一的产物。
个人简介：
具备基本的知识计算化学知识，可以进行有效沟通。
工作&酬劳：
需要算4个分子（结构相似，区别在于有无修饰）的反应路径。
如后续返修，需要您继续跟进该工作（跟进部分单独付费）。
课题组经费充足，导师表示10，000人民币以内基本无碍，具体视工作量而定，可商议。
课题组里目前还有两个课题需要借助计算，如果这次计算结果比较满意，后面的课题也可以交给您。
PS：
附件是目标效果图（不是真实的反应，是从文献里截图得到的），想通过计算反应路径来解释上述实验现象。
感谢各位！

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 11:04
补充一些信息：
背景：该工作基于一个成熟的人名反应（Ferrier Rearrangement），在对底物进行修饰后，反应的立体选择性有明显的改善。
目的：想算一下该反应的反应路径，分别观察生成alpha和beta两种产物所要经历过渡态的能垒大小，来解释上述实验现象。

作者
Author: fatpig 时间: 2021-10-30 11:10
本帖最后由 fatpig 于 2021-10-30 11:11 编辑

很多计算组都可以合作的，免费且直接负责到文章发表为止...

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 11:13

fatpig 发表于 2021-10-30 11:10
很多计算组都可以合作的，免费且直接负责到文章发表为止...

"很多计算组都可以合作的，免费且直接负责到文章发表为止..."

是这个吗？我这边可以看到，可能是网络延迟的原因。

因为这个工作挂着一个大老板和小老板共同通讯，小老板不喜欢再来一个人跟他分通讯，所以让我找代算。

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 11:16

fatpig 发表于 2021-10-30 11:10
很多计算组都可以合作的，免费且直接负责到文章发表为止...

您好，因为这个工作已经挂着大老板和小老板共同通讯。大老板是老一辈的科学家，算是国内该领域的权威人物，最近十多年都很少跟别人合作。小老板也不喜欢再来一个人分他的通讯

作者
Author: exity 时间: 2021-10-30 11:58
本帖最后由 exity 于 2021-10-30 16:37 编辑

保护隐私，删除了~~~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-30 12:10
如果有愿意提供代算的，可以给楼主发站内信

作者
Author: 小道儿憨憨 时间: 2021-10-30 12:38
可以计算哒，可以沟通一下么13383711995电微

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-30 16:01
这种反应需要非常充分的构象搜索，结果才可靠，但是如果是不认真的代算，一般不会给你搜的。给你提个醒，凡是帮你做代算没有做构象搜索的，不要信

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 16:33

exity 发表于 2021-10-30 11:58
可以聊聊，企鹅 107576268

已加好友，麻烦您这边通过一下~

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 16:35

小道儿憨憨发表于 2021-10-30 12:38
可以计算哒，可以沟通一下么13383711995电微

我这边加您了，麻烦您通过一下~

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 16:36

wzkchem5 发表于 2021-10-30 16:01
这种反应需要非常充分的构象搜索，结果才可靠，但是如果是不认真的代算，一般不会给你搜的。给你提个醒，凡 ...

好的~非常感谢您的提醒。怎么判断对方是否做了构象搜索呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-30 16:43

jessy_you 发表于 2021-10-30 16:36
好的~非常感谢您的提醒。怎么判断对方是否做了构象搜索呢？

要求对方交出来计算的所有输入输出文件，或者非常详细描述计算的全流程

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-30 16:52

jessy_you 发表于 2021-10-30 09:36
好的~非常感谢您的提醒。怎么判断对方是否做了构象搜索呢？

可以找对方要一下反应物、过渡态和产物的各个构象的分子坐标（也就是SI里那种有很多行、每行是一个元素名和3个数的数据），以及对应构象的能量。如果对方能给出很多个构象（比如每个物种至少能给出3个），就是做了构象搜索；但如果每个物种只能给出一个，不能武断地判断对方没做构象搜索，可能是只能搜到一个，此时要问一下对方用来做构象搜索的软件（比如CREST、Molclus），并且要构象搜索的中间结果，比如动力学轨迹之类的，如果给不出来，就是没做。
开始计算之前就谈好，必须做构象搜索，如果对方抛出来专业名词你接不住也没关系，我替你谈，我没空做这个计算，但是替你把关的时间是有的。

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 17:39

wzkchem5 发表于 2021-10-30 16:52
可以找对方要一下反应物、过渡态和产物的各个构象的分子坐标（也就是SI里那种有很多行、每行是一个元素名 ...

好的，非常感谢您~刚刚回复达到上限了，没及时回复您~

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-10-30 17:53

sobereva 发表于 2021-10-30 12:10
如果有愿意提供代算的，可以给楼主发站内信

谢谢Sobereva老师！！！

作者
Author: Graphite 时间: 2021-11-3 11:12
来晚了，看来是没活了。
看效果图如果机理和这相仿，手工量和服务量是真不小，报价比较合理。

作者
Author: nianbin 时间: 2021-11-5 23:27

jessy_you 发表于 2021-10-30 17:39
好的，非常感谢您~刚刚回复达到上限了，没及时回复您~

你可以找wzk老师，他是非常专业的

作者
Author: hxd_yi 时间: 2021-11-14 13:25
9楼点到重点了，一般代算不会给你做构象搜索的。构象搜索成本太高了，500的分子量，大约50个原子，计算量其实还是挺大的。

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