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标题: 用BOMD验证Zimmerman用Zstruct+GSM做出来的反应遇到问题 [打印本页]

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Author: QH崔 时间: 2021-11-1 14:24
标题: 用BOMD验证Zimmerman用Zstruct+GSM做出来的反应遇到问题
本帖最后由 QH崔于 2021-11-1 14:33 编辑

各位老师好，我投了一篇文章主要是用BOMD做基态双分子反应，大致是做高能碰撞，velocity-Verlet，跑200fs的BOMD，step是0.5fs，审稿人A说让我们用Zimmermann做过的体系比较验证一下。
我们找到了Zimmerman用Zstruc和growing string method做过的几个体系：NH3 + HCHO; NH3 + H3CCHO; cis-1,3丁二烯 + 乙烯来进行测试。

遇到的问题是三个体系都有反应我们找不到：
1) NH3 + HCHO体系，Zimmerman做出了一个能垒80kcal/mol左右，产物为 NH3 、 CO 、 H2
2) NH3 + H3CCHO体系，Zimmerman做出了一个重排，能垒为32kcal/mol，产物为 NH3 、 H2C=CHOH
3) cis-1,3丁二烯 + 乙烯体系，Zimmerman做出了一个加成，能垒38.8kcal/mol，产物为 H3C—CH2—CH2—CH=C=CH2

我个人认为这三个反应找不到的原因很简单，就是我们的MD时间太短，像1) 2)，按Zimmerman自己写的单纯是某个分子自己反应了，长时md肯定能做出来。对3），反应中H原子的转移很复杂，因为实在碰撞MD跑不出来，我们就想着用Orca做NEB做出来TS，再用Gaussian再优化，这样大概猜一下怎样能碰撞产生这种反应，可是TS干脆找不对，我个人觉得这个也是个高能长时才能出来的反应。
虽然我们做这几个体系时，都找到了比Zimmerman多的低能反应（按Zimmerman自己说的barrier划线），但是这几个反应实在找不到。三个审稿人，审稿人A要求测试并要求重新送审，B大修，C小修，编辑给的大修。
求助各位老师，对于用两个分子碰撞找到这三个反应有什么好建议吗？如果没办法，那是argue？（毕竟我们推的是创新点是对于大一些的分子反应的预筛，这种小分子体现不出我们方法用）还是直接撤稿比较好？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-2 12:08
用尽可能准确的级别找过渡态（小体系的话可以用双杂化结合def2-TZVP），如果过渡态都死活找不出来，就把这反应否了，可以以此作为依据，也不用再考虑BOMD是否能做出来

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Author: wzkchem5 时间: 2021-11-3 04:51
你就说你们的方法适合把低能反应找得比较全，而Zimmerman的方法适合在不需要把低能反应找全的前提下兼顾低能反应和高能反应，两种方法各有所长，就行了。本来这种短时间BOMD就不可能保证把所有反应都找全。

作者
Author: QH崔 时间: 2021-11-3 08:39

sobereva 发表于 2021-11-2 12:08
用尽可能准确的级别找过渡态（小体系的话可以用双杂化结合def2-TZVP），如果过渡态都死活找不出来，就把这 ...

好的，感谢sob老师！

作者
Author: QH崔 时间: 2021-11-3 08:39

wzkchem5 发表于 2021-11-3 04:51
你就说你们的方法适合把低能反应找得比较全，而Zimmerman的方法适合在不需要把低能反应找全的前提下兼顾低 ...

好的老师，感谢！

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