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标题: gmx_MMPBSA Alascan出现indexerror怎么解决 [打印本页]

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Author: buxizhou 时间: 2021-11-1 14:30
标题: gmx_MMPBSA Alascan出现indexerror怎么解决
本帖最后由 buxizhou 于 2021-11-1 14:39 编辑

我在使用gmx_MMPBSA对charmm力场下的一段轨迹进行氨基酸扫描的过程中，出现了IndexError: list index out of range的问题。input文件如下：
&generalstartframe=5, endframe=21, verbose=2, interval=1,#entropy variable control whether to perform a quasi-harmonic entropy (QH)
# approximation or the Interaction Entropy approximation
# (https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.6b02682)
interaction_entropy=1,ie_segment=25
/
&gb
igb=5, saltcon=0.150
/
&alanine_scanning
mutant='ALA',mutant_res='A:1',cas_intdiel=1
/
当删除
alanine_scanning部分后，gb部分计算可以正常进行。
xtc和pdb文件均无水、无离子，ligand的topol文件中的atom序号已经改为和complex中ligand序号一致。
请问各位老师，indexerror报错改如何解决呢？
ERROR

File "/home/yyp/.local/lib/python3.8/site-packages/GMXMMPBSA/make_top.py", line 602, in cleantop

if rtemp_top.atoms[i-1].residue.number + 1 not in res_list:

IndexError: list index out of range

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