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标题: 用xtb得到了虚频正确过渡态，再用gaussian反而算不出来 [打印本页]

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Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-1 14:42
标题: 用xtb得到了虚频正确过渡态，再用gaussian反而算不出来
首先用的xtb，得到了TS结构，freq和IRC都是合理的
再把TS结构用GAUSSIAN计算，输入文件1是这样的：
# opt=(calcfc,ts,noeigen,cartesian) freq b3lyp def2svp em=gd3bj
输出文件1显示结构优化不收敛L9999
(, 下载次数 Times of downloads: 54) (, 下载次数 Times of downloads: 36)
于是取了MAXIMUM FORCE比较小的104帧继续优化，输入文件2是这样的
# opt=(calcfc,ts,noeigen,cartesian) freq b3lyp def2svp int=ultrafine
em=gd3bj

输出文件2可以正常计算，但是得到的虚频不是跟反应趋势相同的了
请各位老师帮忙看看是计算步骤有问题吗？还是需要改变过渡态初猜结构，从头算一遍？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-1 15:52
有一定概率是这个过渡态在DFT理论级别下不存在，所以优化到了一个不相关的过渡态

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-1 16:00

wzkchem5 发表于 2021-11-1 15:52
有一定概率是这个过渡态在DFT理论级别下不存在，所以优化到了一个不相关的过渡态

那这种情况下应该怎么处理呢老师

您觉得有必要从最低的计算级别再一点一点算过来吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-1 16:01

魔卡少女晗发表于 2021-11-1 09:00
那这种情况下应该怎么处理呢老师
您觉得有必要从最低的计算级别再一点一点算过来吗

可以在DFT水平下做个柔性扫描，看看DFT水平下是不是确实没有过渡态

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-1 16:07

wzkchem5 发表于 2021-11-1 16:01
可以在DFT水平下做个柔性扫描，看看DFT水平下是不是确实没有过渡态

用BP86/def2-svp这种级别可以吗老师？体系里面一共36个原子，CONH这种的，最重的只有一个I原子。

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-1 16:11

魔卡少女晗发表于 2021-11-1 16:07
用BP86/def2-svp这种级别可以吗老师？体系里面一共36个原子，CONH这种的，最重的只有一个I原子。

正常用B3LYP、def2svp在我们服务器上算结构优化需要挺长时间的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-1 16:19

魔卡少女晗发表于 2021-11-1 09:07
用BP86/def2-svp这种级别可以吗老师？体系里面一共36个原子，CONH这种的，最重的只有一个I原子。

做一下粗略看看倒是可以，但是要想发表的话，柔性扫描证明没有过渡态所用的理论级别必须和同一篇文章的结构优化理论级别严格一致

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-1 17:02

魔卡少女晗发表于 2021-11-1 16:07
用BP86/def2-svp这种级别可以吗老师？体系里面一共36个原子，CONH这种的，最重的只有一个I原子。

用Gaussian，BP86应该不会比B3LYP明显快很多，Gaussian的RI做的又不好，纯泛函没那么大优势的。不过什么服务器36个原子都算不动？

作者
Author: RAL 时间: 2021-11-1 17:29
xtb的过渡态结构和DFT相比通常有系统误差，且方向不固定，直接用DFT优化有一定概率会失败。我一般会先把反应中心的原子固定住，用小一点的基组预优化其余的部分，然后放开限制，改回原来的基组优化过渡态

作者
Author: fatpig 时间: 2021-11-1 17:35
guess做了stable=opt吗？有可能gaussian的guess和xtb不一样。

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-1 18:54

wzkchem5 发表于 2021-11-1 16:19
做一下粗略看看倒是可以，但是要想发表的话，柔性扫描证明没有过渡态所用的理论级别必须和同一篇文章的结 ...

谢谢老师，我回去试一下

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-1 18:54

snljty 发表于 2021-11-1 17:02
用Gaussian，BP86应该不会比B3LYP明显快很多，Gaussian的RI做的又不好，纯泛函没那么大优势的。不过什么 ...

同时用的人太多，还得排队

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-1 18:55

RAL 发表于 2021-11-1 17:29
xtb的过渡态结构和DFT相比通常有系统误差，且方向不固定，直接用DFT优化有一定概率会失败。我一般会先把反 ...

您指的反应中心的原子，是主要发生变化的原子吗

作者
Author: RAL 时间: 2021-11-1 19:00

魔卡少女晗发表于 2021-11-1 18:55
您指的反应中心的原子，是主要发生变化的原子吗

所有发生成、断键的原子

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-2 10:14

fatpig 发表于 2021-11-1 17:35
guess做了stable=opt吗？有可能gaussian的guess和xtb不一样。

是说XTB过渡态的波函数稳定性分析吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-2 12:13

魔卡少女晗发表于 2021-11-1 16:07
用BP86/def2-svp这种级别可以吗老师？体系里面一共36个原子，CONH这种的，最重的只有一个I原子。

在def2-SVP这么小基组下，BP86在Gaussian里开了RI也比B3LYP快不了多少。算有机体系用BP86完全莫名其妙，本来这在算有机体系方面就是主流泛函里垫底的。

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-3 20:32
本帖最后由魔卡少女晗于 2021-11-4 15:13 编辑

wzkchem5 发表于 2021-11-1 16:19
做一下粗略看看倒是可以，但是要想发表的话，柔性扫描证明没有过渡态所用的理论级别必须和同一篇文章的结 ...

作者
Author: 魔卡少女晗 时间: 2021-11-3 20:35

sobereva 发表于 2021-11-2 12:13
在def2-SVP这么小基组下，BP86在Gaussian里开了RI也比B3LYP快不了多少。算有机体系用BP86完全莫名其妙， ...

老师，我用B3LYP/def2svp进行了柔性扫描，扫描范围包括了反应物到生成物的对应键长，这样的结果是不是说明这个反应没有TS呀

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 14:44

魔卡少女晗发表于 2021-11-3 20:32
老师，键长从1.44-2.44，已经超过了反应产物的对应键长了，这样是不是可说明这个反应没有过渡态呢

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴第4节了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 14:44

魔卡少女晗发表于 2021-11-3 20:35
老师，我用B3LYP/def2svp进行了柔性扫描，扫描范围包括了反应物到生成物的对应键长，这样的结果是不是说 ...

结合轨迹看
如果扫描轨迹确实能体现反应过程主要结构变化特征，而且计算级别合理，可以这么说

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