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标题: 求助：MSD曲线不直且难以重复 [打印本页]

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Author: chuanghao 时间: 2021-11-1 16:37
标题: 求助：MSD曲线不直且难以重复
研究的是小分子在角质层中的扩散行为，想通过计算扩散系数来考察性质。小分子结构如图所示，角质层膜包含神经酰胺，脂肪酸和胆固醇，角质层膜结构如图所示，力场是GROMOS96，参数来自ATB。体系中包含5个小分子，平衡200ns之后，40ns采样，得到的MSD结果如图所示，非常不直。40ns采样模拟的tpr直接再mdrun一次，得到的MSD的结果如图中红线所示，和第一次采样的结果相差较大。如此便难以通过这个MSD结果来计算扩散系数，且扩散系数结果无法重复。（这里最后40ns的采样轨迹，分别对10-20,20-30,30-40的轨迹，计算了神经酰胺的尾链有序度参量，结果基本一致，所以前面200ns的平衡，体系应该已经弛豫）
这里想请问各位老师：1 是否是因为参数体系设置不当（如力场选择不合适、体系中小分子数量不够、或是mdp内一些设置不合理）而导致出现MSD结果不正确。2 是否是因为此体系中，小分子受到膜中脂质的影响，并不能遍历足够多的相态，原理上就无法产生比较直的MSD曲线，也无法重复此结果。3 想研究此体系中小分子在角质层中的扩散行为，又该选择考察什么性质比较合理？

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