计算化学公社

标题: 氧化石墨烯上共价连接小分子如何生成拓扑文件？ [打印本页]

作者
Author: qmlearner 时间: 2021-11-1 16:51
标题: 氧化石墨烯上共价连接小分子如何生成拓扑文件？
在氧化石墨烯上，通过羧基共价连接了一个小分子，小分子中有氨基，因此相当于通过一个肽键的形式将氧化石墨烯与小分子共价连接。
请问一下这样一个体系，怎么生成拓扑文件呢？
非常感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-1 17:05
先照常生成小分子和氧化石墨烯的拓扑文件，氧化石墨烯用x2top，小分子用下文的做法
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

之后通过[ intermolecular_interaction ]字段，给两部分之间手动加上恰当的[ bonds ]、[ angles ]、[ dihedrals ]项

作者
Author: qmlearner 时间: 2021-11-1 17:12

sobereva 发表于 2021-11-1 17:05
先照常生成小分子和氧化石墨烯的拓扑文件，氧化石墨烯用x2top，小分子用下文的做法
几种生成有机分子GROMA ...

谢谢卢老师，我去研究一下：）））

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2021-11-1 23:50

sobereva 发表于 2021-11-1 17:05
先照常生成小分子和氧化石墨烯的拓扑文件，氧化石墨烯用x2top，小分子用下文的做法
几种生成有机分子GROMA ...

请教一下社长恰当的[ bonds ]、[ angles ]、[ dihedrals ]项有什么好方法获得吗？
如果是共价作用是不是需要将复合物整体进行计算获得RESP电荷的信息

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-2 10:58

土拔鼠发表于 2021-11-1 23:50
请教一下社长恰当的[ bonds ]、[ angles ]、[ dihedrals ]项有什么好方法获得吗？
如果是共价作用是不 ...

看具体体系、力场，没法一概而论
通常是，但有时候可能拼接更合适，正如蛋白质的原子电荷就是残基的拼接成的

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-11-2 11:18

sobereva 发表于 2021-11-1 17:05
先照常生成小分子和氧化石墨烯的拓扑文件，氧化石墨烯用x2top，小分子用下文的做法
几种生成有机分子GROMA ...

社长，这样会和一个分子一样grompp时产生排除和约束吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-2 11:33

tjuptz 发表于 2021-11-2 11:18
社长，这样会和一个分子一样grompp时产生排除和约束吗

[intermolecular_interaction]字段里没法设exclusion和片段间的约束

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-11-2 12:08

sobereva 发表于 2021-11-2 11:33
字段里没法设exclusion和片段间的约束

谢谢社长，看来对于程序和一个分子多少还是有些差别

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