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标题: ABCluster 3.0发布！各种团簇+构象搜索+内置xTB+... [打印本页]
作者
Author: coolrainbow    时间: 2021-11-1 17:07
标题: ABCluster 3.0发布！各种团簇+构象搜索+内置xTB+...
本帖最后由 coolrainbow 于 2021-11-1 17:10 编辑

原帖地址：https://mp.weixin.qq.com/s/yTleLjQaiZREix1Zi36UIg
下载ABCluster可直接点击： http://zhjun-sci.com/abcluster
ABCluster教程： http://zhjun-sci.com/abcluster/doc

ABCluster是一款最早发布于2015年的软件，目的是为化学工作者提供最高效、最便捷的搜索原子与分子团簇结构的方式。自推出以来，受到广泛好评，已经被来自大气化学、金属团簇、催化、电化学、环境化学、有机合成、能源材料等多个不同领域的研究人员引用。很多工作发表在了高水平期刊上（如2021年的Science和Proc. Natl. Acad. Sci.）。2021年10月29日，ABCluster发布3.0版本。这是一个极其重要的升级，添加了很多之前没有或者很难实现的功能，其中最重要的两个方面：
尽管ABCluster内部的算法相当复杂，但它对使用者却是十分友好的一个软件：

下面详细列举下ABClsuter的主要功能：



欢迎大家点击文章顶端的链接下载使用并反馈宝贵意见！







作者
Author: flyingchow    时间: 2021-11-2 01:45
把xTB的力场内置了，感觉很厉害的样子。请问支持GFN-FF吗？
还有老师您这个单分子构象搜索的功能能像Sob老师的molclus那样，用xTB跑分子动力学模拟来获得轨迹吗？谢谢。
作者
Author: flyingchow    时间: 2021-11-2 01:52
还有，老师能提供一个dockerfile吗？这样就不用担心环境配置了。谢谢！
作者
Author: flyingchow    时间: 2021-11-2 02:08
flyingchow 发表于 2021-11-2 01:52
还有，老师能提供一个dockerfile吗？这样就不用担心环境配置了。谢谢！

老师,我苯了。直接找一个Ubuntu最新的singularity container，直接就可以跑您的binary文件啦！谢谢
作者
Author: coolrainbow    时间: 2021-11-2 08:04
flyingchow 发表于 2021-11-2 02:08
老师,我苯了。直接找一个Ubuntu最新的singularity container，直接就可以跑您的binary文件啦！谢谢

谢谢你的建议！我会考虑做一些容器类配置，让使用更加方便！
作者
Author: coolrainbow    时间: 2021-11-2 08:08
flyingchow 发表于 2021-11-2 01:45
把xTB的力场内置了，感觉很厉害的样子。请问支持GFN-FF吗？
还有老师您这个单分子构象搜索的功能能像Sob老 ...

GFN-FF还在调试中，这个版本没有。

目前除了xTB外，程序支持了完整的CHARMM力场，用普通的CHARMM参数文件就可以直接计算能量优化结构。

ABCluster用的是自己开发的适合化学体系的ABC算法，与molclus走的是不同的路数。

关于ABCluster构象搜索的原理方法，文章正在撰写中。
作者
Author: aaq2800    时间: 2021-11-2 08:13
不错不错，顶一下
作者
Author: 一个用户名    时间: 2021-11-3 20:41
感谢大大！我有两个小建议想反馈一下：
1. windows生成的文本，行末都是"回车符+换行符"，而linux生成的文本行末只有换行符。经过尝试，topgen不能正常读取行末是"回车+换行"的xyz文件，会直接报错
2. topgen生成的xxx-cycles.txt文件名变成了xxx-clcyes.txt，推测是源码里面打错了
希望大大能够优化一下，感谢！
作者
Author: ggdh    时间: 2021-11-4 09:28
哈哈 有生之年居然可以看到3.0 太赞了!!!
单分子的构象也是用的ABC算法? 不知道和其他方法比,有啥特点
比如 crest的iMTD-GC, macromodel的low mode search
作者
Author: coolrainbow    时间: 2021-11-4 22:37
一个用户名 发表于 2021-11-3 20:41
感谢大大！我有两个小建议想反馈一下：
1. windows生成的文本，行末都是"回车符+换行符"，而linux生成的文 ...

感谢反馈！这两个问题已经修复。在3.1中将会发布。
文本的错误可以通过dos2unix 在Linux下解决。
作者
Author: coolrainbow    时间: 2021-11-4 22:57
ggdh 发表于 2021-11-4 09:28
哈哈 有生之年居然可以看到3.0 太赞了!!!
单分子的构象也是用的ABC算法? 不知道和其他方法比,有啥特点
比 ...

这个比较会尝试做一下。不过ABCluster可以调用更多种类的能量计算引擎，还能把构象搜索和团簇优化一起进行，这是crest之类不能做的

这个甚至比packmol还好用些，要是生成长链分子的溶剂盒子，packmol所有的分子构象都是一样的，但是用ABCluster生成的话，同种分子可以有不同的随机构象。
另外ABCluster可以指定冻结特定的键或者环，crest似乎没有这个功能

作者
Author: ggdh    时间: 2021-11-5 13:45
coolrainbow 发表于 2021-11-4 22:57
这个比较会尝试做一下。不过ABCluster可以调用更多种类的能量计算引擎，还能把构象搜索和团簇优化一起进 ...

这个可以完全代替packmol么？可以支持到多大的体系啊？
作者
Author: wei    时间: 2021-11-6 09:24
很强大的软件。1.能不能提供一个不依赖于高版本gcc的编译版本？2.crest做团簇搜索时，我怎么感觉它的单分子不是rigid的？
作者
Author: coolrainbow    时间: 2021-11-7 07:56
ggdh 发表于 2021-11-5 13:45
这个可以完全代替packmol么？可以支持到多大的体系啊？

搜索几千个分子是没问题的。
作者
Author: 妙角不脆    时间: 2021-11-15 20:13
本帖最后由 妙角不脆 于 2021-11-15 21:18 编辑

老师您好，请问您个问题。我这边运行我们textfile里面的inp文件时，并不像您示例一般简洁的给出一个总的out文件，而是每个结构的out文件也在其中。请问有办法只显示整体的out文件而不显示每个结构的out文件么？
作者
Author: 透月清心    时间: 2021-11-16 23:32
老师，这个软件可以实现用xtb进行构象搜索吗？
作者
Author: TMULYU    时间: 2021-11-17 10:47
你好，在使用改程序在windows下运行aip构象搜索的例子出现了如下错误   请问怎么解决
Error occurs: Recieve signal: SIGSEGV: Segment violation (Value: 11). (in src/sys/RunStatus.cpp at line 381, void kiseki::BlockTermSignal(int))
Error termination at Wed Nov 17 10:35:45 2021.
Total run time: 0.010 seconds = 0 days 0 hours 0 minutes 0 seconds 10.0 milliseconds.
作者
Author: dongdong    时间: 2021-11-30 09:23
老师您好，请问我用ABCluster搜索带一个电荷的有机酸周围的几个水分子的团簇时，搜索结果有一定问题，要怎么解决呀？
作者
Author: qinjiu    时间: 2021-11-30 16:25
您好，请教一下如果想要在xtb中加上溶剂效应，需要在runxTB.sh中修改哪一部分呢？
我尝试在xtb执行那一行加了gbsa 但好像没有反应？
xtb -o --chrg 0 --gbsa h2o $3.xyz > $3.out 2>/dev/null
作者
Author: bjhg_lxy    时间: 2021-12-15 22:44
你好，想问一下用ABClusters产生的out文件里面给出来很多succeed的构型，但其实他们的log文件是报错了，是什么原因呀？
作者
Author: flyingchow    时间: 2021-12-30 04:59
张老师您好
我今天使用abcluster内置的xTB-GFN进行了一次原子团簇的全局搜索。在复现了手册中给了两个例子之后，我自己又想测试一下，所以进行了C6H6的全局搜索，看看能不能把苯环这个显然的能量最低的结构给找出来。
在第一遍运行的时候，我按照手册，之设定了50个计算次数，得到的结果并不理想，只得到这么一个结构：
(, 下载次数 Times of downloads: 36)
后来我重新设定了500个计算次数，这一次就能够得到正确的苯环结构了：
(, 下载次数 Times of downloads: 45)
但是，输出文件上显示的能量从低到高排列的顺序中，忽略了500次计算中能量最低的那一个结构，给出的结果是错误的。我是回过头去在xtb计算的过程中找到的那个能量最低的结果，第252号结构。另外随机生成的很多结构不太合理，导致xtb无法计算，过程中的一些问题，可能是导致最后给出的能量排列出现错误。
我输出文件附在下方。（252号明显能量最低，最后排序却把它忽略了。）老师看看能不能改进下，谢谢。
(, 下载次数 Times of downloads: 6)


作者
Author: 南晓    时间: 2022-1-6 16:33
老师请问我想建立不同大小的过渡金属团簇，查阅以前文献没有关于此过渡金属团簇结构的介绍，我可以通过ABCluster来寻找其不同大小下的团簇最优结构吗
作者
Author: flyingchow    时间: 2022-1-11 04:20
南晓 发表于 2022-1-6 16:33
老师请问我想建立不同大小的过渡金属团簇，查阅以前文献没有关于此过渡金属团簇结构的介绍，我可以通过ABCl ...

当然可以啦，张老师的文档里给了例子，那个Au8联用xtb的例子。还有用力场来做比较大的Ag团簇的例子。
作者
Author: 南晓    时间: 2022-2-19 11:12
请问当我想打开ABCluster的应用程序时他一直闪退怎么办
作者
Author: scfslyzkf    时间: 2022-9-22 11:14
本帖最后由 scfslyzkf 于 2022-9-22 11:50 编辑
TMULYU 发表于 2021-11-17 10:47
你好，在使用改程序在windows下运行aip构象搜索的例子出现了如下错误   请问怎么解决
Error occurs: Recie ...

我也遇到这个问题这个可能是代码编译的时候优点问题。
换成ABCluster3.0的版本是可以正常运行的！
作者
Author: zgdx    时间: 2022-9-29 11:25
南晓 发表于 2022-2-19 11:12
请问当我想打开ABCluster的应用程序时他一直闪退怎么办

请问你解决这个问题了吗？我也遇到了这个问题，你是怎么做的？
作者
Author: 红烧肉盖饭    时间: 2022-10-28 17:17
zgdx 发表于 2022-9-29 11:25
请问你解决这个问题了吗？我也遇到了这个问题，你是怎么做的？

你好，我只学了开头，也就是rigidmol.exe那个程序。我的办法是，在有想计算团簇的cluster.inp.xyz三种文件的文件夹中，shift+右键，选择打开powershell窗口（其实就是授予访问权限上面那一个），然后在那里面输入计算指令。我在这里写的是后半部分的内容，在此之前需要加入path，建议百度搜索《用abcluster 搜索化学团簇的全局和局部极小点》的教程ppt。
作者
Author: 红烧肉盖饭    时间: 2022-10-28 17:20
想请问一下各位，进行计算的.xyz文件从哪里获得呀？
软件下载之后附带的例子有如下一个，不知道从哪里获得，不是单纯意义上的原子坐标。

1
Na(+)
Na 0.0 0.0 0.0
water_ions_tip4p  q   epsilon (kJ/mol) sigma (AA)
+1.00 0.1962 2.5137 # SOD
作者
Author: 白皛白    时间: 2022-11-23 12:36
想请教一下各位，按照官网的geom with VASP教程来，但是运行后out文件提示如下报错怎么解决呀？
Error occurs: Incorrect XYZ file format in "c2n.xyz" near " 18 ^M ": A positive number is needed.
作者
Author: coolrainbow    时间: 2023-1-3 10:30
白皛白 发表于 2022-11-23 12:36
想请教一下各位，按照官网的geom with VASP教程来，但是运行后out文件提示如下报错怎么解决呀？
Error occ ...

dos2unix 你所有的文件
作者
Author: zhpuzh    时间: 2023-4-26 09:37
我是小白，请问各位大佬，geom输出文件.xyz文件如何可视化，我用高斯view,chendraw都打不开，请大佬指教
作者
Author: 123wo    时间: 2023-11-6 09:19
请问这个软件外接vasp的话，如同官方教程那样只设置20步是不是不太够呢？要做一个全局最优的体系的话，是不是至少要几千步呢？我猜外接vasp设置步数这样少的原因是不是因为vasp本身算的很慢（我尝试过别的全局势能面扫描软件外接vasp的，确实很慢）。
作者
Author: jim    时间: 2023-12-17 22:48
TMULYU 发表于 2021-11-17 10:47
你好，在使用改程序在windows下运行aip构象搜索的例子出现了如下错误   请问怎么解决
Error occurs: Recie ...

请问后来解决了吗？我在linux装3.2和3.1版本都有这个问题，windows又没这个问题。
作者
Author: zdworld    时间: 2023-12-31 10:16
TMULYU 发表于 2021-11-17 10:47
你好，在使用改程序在windows下运行aip构象搜索的例子出现了如下错误   请问怎么解决
Error occurs: Recie ...

你好，请问你解决了吗？
作者
Author: jim    时间: 2023-12-31 22:21
TMULYU 发表于 2021-11-17 10:47
你好，在使用改程序在windows下运行aip构象搜索的例子出现了如下错误   请问怎么解决
Error occurs: Recie ...

请问这个问题解决了吗？我也出现一样的问题
作者
Author: DDT好好吃    时间: 2024-5-6 11:43
小白求教：请问前辈，我用出现图片中的错误是什么原因啊？
作者
Author: wzkchem5    时间: 2024-5-6 19:02
DDT好好吃 发表于 2024-5-6 04:43
小白求教：请问前辈，我用出现图片中的错误是什么原因啊？

检查xtb是否安装正确，xtb相关的环境变量是否设置正确，xtb计算是否有报错
作者
Author: DDT好好吃    时间: 2024-5-7 22:17
wzkchem5 发表于 2024-5-6 19:02
检查xtb是否安装正确，xtb相关的环境变量是否设置正确，xtb计算是否有报错

感谢老师指导！！我以为xtb已经包含在里边了，是我没有安装。。
作者
Author: 倒霉蛋    时间: 5 day ago
网站加载好慢啊




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