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标题: 求助：在动力学模拟中的有关整个分子和片段间RDF的相关问题 [打印本页]

作者
Author: HJC 时间: 2021-11-1 19:49
标题: 求助：在动力学模拟中的有关整个分子和片段间RDF的相关问题
本帖最后由 HJC 于 2021-11-1 19:51 编辑

各位老师们好，现有如下问题想请教，感谢指导：
盒子内有P3HT，M和PC71BM分子（片段的划分方式如下），未添加溶剂，因此没有溶剂蒸汽退火改善形貌
如图所示，棕红色的线是P3HT与PC71BM的RDF曲线，最高峰的堆积距离为0.1nm。
疑问的点是：
（1）RDF的峰的分析是看强度最高的峰吗？
（2）考虑到分子间的堆积距离0.35nm和PC71BM的半径（0.35-0.4nm），在计算RDF时，命令行设置了分子的质心距，为什么最高峰的堆积距离在0.1nm（图a中的棕红色线），感觉此现象这不符合常规。
RDF的命令行：gmx_mpi rdf -f md.xtc -s md.tpr -ref 2 -sel 3 -seltype mol_com -n index-P3HT.ndx -o P3HT-M70.xvg （其中2是PC71BM，3是P3HT）——考察分子间的RDF
因此，导致堆积距离很小的原因是因为-seltype mol_com存在错误还是因为未进行溶剂蒸汽退火，没有形成良好的分子堆积？
（3）将P3HT按两种不同的方式划分成片段后，P3HT-T1a（片段）与PC71BM的间RDF仍出现上述问题（2）的现象。且似乎2a和2b更符合常规现象
RDF的命令行：gmx_mpi rdf -f md.xtc -s md.tpr -ref 2 -sel 5 -seltype res_com -n index-P3HT.ndx -o P3HT-T1a-M70.xvg （其中2是PC71BM，5是P3HT-T1a）——考察片段与分子间的RDF
堆积距离过小是否也是命令行的问题（-seltype res_com）？
且分子划分片段的差异对分子堆积得到的距离的影响这么大吗？
（4）-com与-surf有何区别？一般常用的是不是-com？
（5）-cut可以去除分子内峰，分子内峰是指什么？上述（1）提到的堆积距离在0.1nm的最高峰是属于分子内峰吗？

想请教老师们我的命令行是否有问题~最后再次感谢各位老师的耐心指导！！！
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作者
Author: xieliqiang 时间: 2024-1-26 09:06
请问问题解决了么？

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