计算化学公社

标题: 关于cp2k的自由能面后处理的问题 [打印本页]

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2021-11-1 19:49
标题: 关于cp2k的自由能面后处理的问题
各位老师，大家好
我最近在学习cp2k的metadynamic模块。关于其后处理过程中遇到了如下问题：
构建自由能面后处理中，我使用了graph.popt进行了处理 graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2  -file *.restart -find-minima -cp2k  得到了自由能面上的极小值的点，数据包括两个CV值和自由能值，但是我无法根据CV值在原始的*-COLVAR.metadynLog文件中找到对应时间点的结构构型，因此我想知道如何找到自由能面中的极小值点对应的结构构型；

第二个问题是，我还尝试通过graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2  -file *.restart -find-path -point-a CVs -point-b CVs -cp2k 寻找对应最小点之间的路径，但该命令行出错，显示如下：
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image             PC             Routine          Line       Source
graph.popt       00000000004F55FB  Unknown             Unknown  Unknown
graph.popt       000000000051C5B1  Unknown             Unknown  Unknown
graph.popt       000000000051B2D5  Unknown             Unknown  Unknown
graph.popt       000000000040E935  MAIN__                   330  graph.F
graph.popt       000000000040CA62  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00002B42666F4555  __libc_start_main    Unknown  Unknown
graph.popt       000000000040C969  Unknown             Unknown  Unknow

我猜测应该是对应的-point-a CVs -point-b CVs 的参数输入有问题，但我不知该如何输入，希望各位老师可以提供指导，非常感谢！

作者
Author: zgdong 时间: 2022-4-23 21:52
请问你的问题解决了吗，我也碰到你这个疑问

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2022-4-24 09:44

zgdong 发表于 2022-4-23 21:52
请问你的问题解决了吗，我也碰到你这个疑问

哪个问题？

作者
Author: zgdong 时间: 2022-5-9 13:42

达斯维达尼亚发表于 2022-4-24 09:44
哪个问题？

graph.popt 转化自由能后得到的dat文件中各列数据代表的意义及单位

作者
Author: highlight 时间: 2022-5-9 13:57
本帖最后由 highlight 于 2022-5-9 14:19 编辑

zgdong 发表于 2022-5-9 13:42
graph.popt 转化自由能后得到的dat文件中各列数据代表的意义及单位

http://bbs.keinsci.com/thread-16819-1-1.html#pid114331
不好意思，你问的好像不是这个

不过根据 https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:neb?s[]=metadynamics 的 NEB/EX1/WALK1/fes.dat 看，三列显然是 CV1 CV2 fes 吧

作者
Author: zgdong 时间: 2022-5-11 11:11
cv取为原子间距离，其数值有的接近0该如何理解，也碰到配位数为负数，该如何理解呢，谢谢。

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2022-5-12 15:49

zgdong 发表于 2022-5-11 11:11
cv取为原子间距离，其数值有的接近0该如何理解，也碰到配位数为负数，该如何理解呢，谢谢。

负数的我也理解不了；接近0的数据，你可以根据配位数的定义算出来它的距离的，一般是两个原子间的距离比r0大很多。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)