计算化学公社
标题: Linux超算如何提交MS任务、查看结果 [打印本页]
作者Author: 王博 时间: 2021-11-1 22:50
标题: Linux超算如何提交MS任务、查看结果
Linux下运行materials studio中castep如何提交任务、查看结果本人刚学material studio，想借助Linux系统的超算运行，结果按照下面网上搜罗的帖子提交时，无法生成.cell，求助请问这该如何解决？计算生成的Castepexe.log、std.err、std_out.txt、stdout.txt该如何可视化查看？？不胜感激
Linux下Castep程序可以通过命令行的方式来运行，具体的方法是：
1. 首先在Materials Studio界面下搭建相关模型，并且在Calculation对话框中进行相
关设置；
2. 完成设置后，请按下Calculation对话框下方的Files按钮，选择Save Files；
3. 使用Windows文件管理器打开相应的文档，在该目录下能够看到带有以下后缀的文件：.cell、.param，请将此文件拷贝到Linux的MS安装目录下的/etc/CASTEP/bin目录下；
4. 打开.cell文件，在
%BLOCK SPECIES_POT
Al Al_00.usp
%ENDBLOCK SPECIES_POT
中可以看到所使用的超软赝势，进入Windows下的<ms安装目录>\share\Resources\Quantum\Castep\Potentials\目录中，找到这些赝势文件，并将其拷贝到Linux的MS安装目录下的/etc/CASTEP/bin目录下
5. 进入Linux系统，选定这些文件，点击右键，在权限选项中修改这些文件的权限为可执行、可读写，并运行以下命令执行相关计算：
cd /home/<CASTEP绝对路径>/bin/ 切换路径至RunCASTEP.sh 所在路径
<CASTEP绝对路径>：CASTEP安装的绝对路径，例如/home/msi/ms/CASTEP/
./RunCASTEP.sh -np n 文件名 无需后缀
-np n 使用多CPU进行并行计算，如果是单CPU，则不用此注释；如果使用多CPU，则需
要使用，例如使用双CPU，则为 -np 2 （-np是关键词，不能修改）。
注意区分大小写
作者Author: wzkchem5 时间: 2021-11-1 23:36
把每一步操作截图贴上来，光这么叙述我们没办法知道你的操作和你给的操作步骤之间存在什么区别
作者Author: 王博 时间: 2021-11-2 11:02
本帖最后由 王博 于 2021-11-2 11:04 编辑
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老师您好，我优化一下Fe2O3的晶胞结构，参数设置好之后，点Calculation，Files，Save Files（第一个图）后在文件管理器中只看到了.param文件，未找到.cell（第二个图），这个.cell文件该如何找到？另外，第三个图是按照超算随便给的示例运行完后的结果，应该将哪几个文件导入material studio查看相关的结果？
作者Author: DRMF 时间: 2021-12-16 22:10
让 超算的客服人员 把 Gateway 信息设置好，然后连接到服务器，在“Castep Calculation”---“Job Control”中选择服务器上的Gateway就行了
作者Author: bluewhale 时间: 2021-12-16 23:23
参考这里，写的挻清楚的：
https://nusit.nus.edu.sg/service ... re/material-studio/
作者Author: 陈小北 时间: 2022-5-22 11:24
楼主好
我想问一下如果按照你的办法交作业
需要本地的MS版本与超算上MS版本一致吗
作者Author: 乐平 时间: 2022-5-22 17:58
本帖最后由 乐平 于 2022-5-22 12:00 编辑
版本当然要一致。
比如，M$ 2018版中， CASTEP模块里对晶胞参数的优化选项里增加了“固定体积优化”，“固定形状优化”，而 2017版中没有这些选项。如果你的本地是 2018版，而超算上是 2017版，显然提交任务就会报错。
又比如，M$2020版，DMol3 里增加了泛函类型，而旧版本中没有相应的泛函，显然提交任务就会报错。
以上是功能上的区别，还比较好找报错原因。
如果是某些默认参数在不同版本之间有区别，那么由于版本原因造成的奇怪计算结果就很难排查了。
作者Author: xujc1983 时间: 2022-6-2 16:27
本帖最后由 xujc1983 于 2022-6-2 16:31 编辑
*.cell文件都是隐藏文件，默认不显示的，“查看”的设置改一下就能看到了。计算完的结果，拖回来以后，打开文件夹里的结构文件，分析里里面找到“结构”，update一下就可以了，剩下的分析就跟你自己电脑上做的一样了
作者Author: xujc1983 时间: 2022-6-2 16:30
超算不可能给你开gateway的。gateway默认60秒来一次update，那谁受得了
作者Author: 曹春鹏 时间: 2022-10-12 14:55
请问您这个问题解决了吗？计算后的slurm.out文件应该怎样使用呢？
作者Author: 认真学习的呆 时间: 2022-11-1 09:26
您好，我想问一下那17.1版本和17.2版本差距大嘛，我自己电脑上是17.1版本的，但是学校超算平台上是17.2，那我的计算任务可以在超算平台上计算嘛
作者Author: 认真学习的呆 时间: 2022-11-2 10:21
请问update在哪找呀，我没找到
作者Author: xujc1983 时间: 2022-11-5 09:01
CASTEP的Analysis对话框里，找到“Structure”，不就有个“Update”的按钮嘛，可能还需要打开相应的***.castep文件
作者Author: 认真学习的呆 时间: 2022-11-7 10:36
好的，看到啦，非常感谢！
作者Author: 江淮sh 时间: 2023-1-18 10:45
请问，超算命令行提交作业还需要上传赝势吗？赝势不会伴随在linux上安装相同版本的MS时自己下载吗？
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