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标题: ORCA调用xtb时出现问题 [打印本页]

作者
Author: mettlyz 时间: 2021-11-2 12:20
标题: ORCA调用xtb时出现问题
本帖最后由 mettlyz 于 2021-11-2 12:24 编辑

上传的inp文件如图1所示
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

调用XTB2进行计算，程序出现如图2所示的错误

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

请问这该如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-2 12:29
看输出文件里的内容，这是遇到所有问题时第一个应该想到的事情

作者
Author: mettlyz 时间: 2021-11-2 12:33
输出文件out的内容是这样的

(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-2 12:49
把溶剂模型设置去了再试

作者
Author: mettlyz 时间: 2021-11-2 13:41
本帖最后由 mettlyz 于 2021-11-2 13:44 编辑

这次提示我说是没有xtb软链接不可用

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

可是我明明按照网上的说法，在GitHub上下载了xtb压缩包，然后解压并制作软链接到orca的安装执行路径上去了

(, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: mettlyz 时间: 2021-11-2 14:41
哦，我刚刚把输入文件inp改成这样，就能够正常运行了

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

谢谢您！

作者
Author: mettlyz 时间: 2021-11-2 16:16

sobereva 发表于 2021-11-2 12:49
把溶剂模型设置去了再试

能再请问一下，为什么加了溶剂模型就不行嘛？或者我要怎么修改这个溶剂模型？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-2 18:33

mettlyz 发表于 2021-11-2 09:16
能再请问一下，为什么加了溶剂模型就不行嘛？或者我要怎么修改这个溶剂模型？

xTB不支持CPCM、SMD溶剂模型，只支持ALPB溶剂模型。需要加 ! ALPB(溶剂名) 关键词
具体可以在orca手册里搜ALPB，有相关介绍

作者
Author: winnerwill 时间: 2021-11-2 20:46

mettlyz 发表于 2021-11-2 13:41
这次提示我说是没有xtb软链接不可用

ln软链接的时候xtb的路径是相对路径还是绝对路径，路径是对的吗？

作者
Author: plus 时间: 2021-11-3 09:34
otool_xtb 指向xtb，不是指向目录

作者
Author: yjb 时间: 2022-7-17 16:08

sobereva 发表于 2021-11-2 12:29
看输出文件里的内容，这是遇到所有问题时第一个应该想到的事情

卢老师，我使用amber+orca进行QM/MM MD, 使用GFN2-xTB, 可以正常运行，设置了num_threads=12，但是在计算的过程中发现orca只单核计算。但是用DFT（比如b3lyp/6-31G*）可以正常按num_threads设置的核数跑。这个问题是orca调用xtb程序，本身就只能单核运算吗？谢谢老师。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-17 17:36

yjb 发表于 2022-7-17 09:08
卢老师，我使用amber+orca进行QM/MM MD, 使用GFN2-xTB, 可以正常运行，设置了num_threads=12，但是在计算 ...

你是怎么判断orca是单核计算的？
有两个问题不知道你有没有考虑到：（1）在xtb计算的时候，orca进程是空闲的，只有xtb进程在工作，所以如果你只看了orca进程，可能就会发现只占了一个核，甚至连一个核都没占到；（2）xtb程序是OpenMP并行的，所以top、ps aux的时候只显示一行，不像orca这种MPI并行的程序那样，几核并行就显示几行。

作者
Author: yjb 时间: 2022-7-17 18:05

wzkchem5 发表于 2022-7-17 17:36
你是怎么判断orca是单核计算的？
有两个问题不知道你有没有考虑到：（1）在xtb计算的时候，orca进程是空 ...

老师，我的表述可能有误，orca是并行计算的，就是所有并行加起来可能只用了一个核不到。非常感谢老师您的指导。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-17 19:39

yjb 发表于 2022-7-17 11:05
老师，我的表述可能有误，orca是并行计算的，就是所有并行加起来可能只用了一个核不到。非常感谢老师您的 ...

所以你看的是orca进程还是xtb进程？orca进程占了不到一个核是合理的，因为本来主要计算就不是orca主程序做的。如果xtb用了不到一个核，那才是不正常的现象，但xtb只有一个进程，无所谓“所有并行加起来”。

作者
Author: yjb 时间: 2022-7-17 19:55

wzkchem5 发表于 2022-7-17 19:39
所以你看的是orca进程还是xtb进程？orca进程占了不到一个核是合理的，因为本来主要计算就不是orca主程序 ...

我是看到节点上top显示出来的%CPU，orca进程占了不到一个核，xtb显示 %CPU经常保持在50。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-17 20:32

yjb 发表于 2022-7-17 12:55
我是看到节点上top显示出来的%CPU，orca进程占了不到一个核，xtb显示 %CPU经常保持在50。

那可能是xtb确实没有读到你设的num_threads，比如可能因为你用的程序接口本来就没考虑到QM区用xtb的情形。可以手动把OMP_NUM_THREADS设为12看看

作者
Author: yjb 时间: 2022-7-17 20:53

wzkchem5 发表于 2022-7-17 20:32
那可能是xtb确实没有读到你设的num_threads，比如可能因为你用的程序接口本来就没考虑到QM区用xtb的情形 ...

已经在./bashrc里面设置过，用Gaussian+xtb，可以看见%CPU=1200，我觉得可能amber自带的接口没有考虑到orca接了xtb的情况。

作者
Author: yjb 时间: 2022-7-18 23:07

wzkchem5 发表于 2022-7-17 20:32
那可能是xtb确实没有读到你设的num_threads，比如可能因为你用的程序接口本来就没考虑到QM区用xtb的情形 ...

老师，我今天试着做了一个更大的QM体系，xtb显示%CPU=1200，可能之前那个QM区域比较小, 用不到12核.

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