计算化学公社

标题: 关于用Gaussian计算ESP时选用的关键词问题 [打印本页]

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-11-2 21:27
标题: 关于用Gaussian计算ESP时选用的关键词问题
本帖最后由退休老干部于 2021-11-3 10:19 编辑

前提：我知道Multiwfn可以用RESP拟合静电势，但是还是想知道我的这个问题出在哪里。
我用下面两种方法计算ESP，最后拟合出来的结果相差很大，想知道问题究竟出在哪里？这是我的体系：
(, 下载次数 Times of downloads: 44) [attach]40972[/attach][attach]40972[/attach][attach]40972[/attach][attach]40972[/attach]
根据原子本身的电负性，以及周围的所连基团的情况，判定电负性大小：N1>N2=N3>C1
选用的关键词一：
优化：B3LYP/6-311G** em=GD3BJ scrf(pcm,solvent=water) opt
计算esp:b3lyp/6-311G** geom=check guess=read scrf=(pcm,solvent=water) SCF=tight Test Pop=CHELPG iop(6/33=2) iop(6/42=6)
用antechamber产生RESP电荷得到的结果：
(, 下载次数 Times of downloads: 46)

选用的关键词二：
优化：HF/6-31G* scrf(pcm,solvent=water) opt
计算esp：b3lyp/cc-pvtz geom=check guess=read scrf=(pcm,solvent=water) SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6)
用antechamber产生RESP电荷得到的结果：
(, 下载次数 Times of downloads: 57)

发现两者算出的电荷相差很大，第一种C1直接变成负的了，想知道哪里有问题，是基组和方法的问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-2 23:50
“ESP电荷”指代不明，说清楚具体哪种拟合静电势电荷，又不是只有一种。基本知识在此文明确说了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

直接贴实际用的关键词，不要把乱七八糟额外信息显示出来，影响他人判断

没有叫Guassian的程序

说清楚你的原子电荷到底是怎么算出来的，从哪里读的，把问题清清楚楚描述明白

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-11-3 10:26

sobereva 发表于 2021-11-2 23:50
“ESP电荷”指代不明，说清楚具体哪种拟合静电势电荷，又不是只有一种。基本知识在此文明确说了
RESP拟合 ...

原贴已改。感谢社长指点！破案了，我连基本的概念都没搞清，这篇文章我这几天虽然在看，但是显然没看明白。现在我知道了，我两次算的都是不同的电荷，而antechamber认的是MK电荷。不过我有点疑问的是如果我算了CHELPG电荷，antechamber 为什么没报错呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 14:30

退休老干部发表于 2021-11-3 10:26
原贴已改。感谢社长指点！破案了，我连基本的概念都没搞清，这篇文章我这几天虽然在看，但是显然没看明白 ...

你还是没搞清楚基本逻辑
CHELPG、MK是Gaussian能直接算的（Multiwfn也能算），antechamber算RESP电荷时只不过是需要读入Gaussian输出文件里的拟合点上的静电势（antechamber不像Multiwfn那样自己就能算拟合点上的静电势，因此只能从外部文件读入），而不是什么“认的是MK电荷”，antechamber根本不从Gaussian输出文件里读取任何原子电荷。MK和CHELPG的差异仅在于拟合点的位置分布不同而已。

最最省事就是用Multiwfn，什么Gaussian特殊的关键词都不需要加，启动Multiwfn载入fch文件敲两下键盘直接就出来RESP电荷了。Multiwfn算RESP电荷时默认用MK电荷用的拟合点，想改成CHELPG的拟合点也可以用这个改

(, 下载次数 Times of downloads: 58)

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-11-4 22:44
本帖最后由退休老干部于 2021-11-5 01:05 编辑

sobereva 发表于 2021-11-4 14:30
你还是没搞清楚基本逻辑
CHELPG、MK是Gaussian能直接算的（Multiwfn也能算），antechamber算RESP电荷时 ...

好的，感谢指正！我再去研究一下，我还想问一下为什么两次结果相差这么大呢？因为MK和CHelpG的拟合点的位置分布不同？可是理论上MK和CHelpG不都是合理的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-5 16:15

退休老干部发表于 2021-11-4 22:44
好的，感谢指正！我再去研究一下，我还想问一下为什么两次结果相差这么大呢？因为MK和CHelpG的拟合点的位 ...

先让两个计算情况有可比性再说
优化、得到波函数级别都不同，拟合点分布也不一样，乱七八糟因素搅合在一起，让别人怎么判断？

直接说清楚你最终的实际目的、你到底想弄清楚什么信息，免得来来回回在一些毫无意义的问题上纠结

单纯算原子电荷，根本别牵扯antechamber，毫无意义。

若是你实际目的就是计算RESP电荷，严格按照下文计算就完了，所有细节和注意事项里面该说的全都说了，想其它的都是多余的
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-11-5 21:49

sobereva 发表于 2021-11-5 16:15
先让两个计算情况有可比性再说
优化、得到波函数级别都不同，拟合点分布也不一样，乱七八糟因素搅合在一 ...

好的，谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)