计算化学公社

标题: 求讲解一下gromacs中序参量的命令及具体用法 [打印本页]

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-3 21:07
标题: 求讲解一下gromacs中序参量的命令及具体用法
有哪位老师能讲解一下gromacs中序参量的命令及具体用法吗，gromacs小白困惑许久了，感激不尽

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-3 22:41
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“序参量的应用”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-3 22:56
别用“序参量”这种词，别人没法准确知道你说的是什么，本身一个英文名词就有不同的译法。直接说英文原单词

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-4 09:29

sobereva 发表于 2021-11-3 22:56
别用“序参量”这种词，别人没法准确知道你说的是什么，本身一个英文名词就有不同的译法。直接说英文原单词

好的，谢谢老师提醒

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-4 09:30

sobereva 发表于 2021-11-3 22:56
别用“序参量”这种词，别人没法准确知道你说的是什么，本身一个英文名词就有不同的译法。直接说英文原单词

我想请教的是gmx order 命令的使用

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 14:11
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的ppt

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

(, 下载次数 Times of downloads: 24)

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

(, 下载次数 Times of downloads: 21)

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-4 14:40

sobereva 发表于 2021-11-4 14:11
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的ppt

好的，多谢老师回答

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-4 16:45

sobereva 发表于 2021-11-4 14:11
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的ppt

多谢老师指点，我按照您的ppt顺利做出了部分序参量，但我还有一个问题，比如我做的是ch4/sds/h2o/sds/ch4的体系，sds尾链的序参量按您的方法顺利做出来了，但是我想要做ch4的序参量用order命令该怎么做呢？这里面只有一个碳，没法按上述方法完成吧，请老师指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 22:13

努力学习发表于 2021-11-4 16:45
多谢老师指点，我按照您的ppt顺利做出了部分序参量，但我还有一个问题，比如我做的是ch4/sds/h2o/sds/ch4 ...

算这个毫无意义

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-5 09:31

sobereva 发表于 2021-11-4 22:13
算这个毫无意义

好的，谢谢老师

作者
Author: 肥力丝 时间: 2024-5-15 16:43

sobereva 发表于 2021-11-4 22:13
算这个毫无意义

请问老师，文献中计算脂质膜烷基链的序参量都是计算了每一个脂质分子的序参量，在gromacs里面如何实现呢，假如有一百个脂质分子就要构建100个index文件，然后得出结果进行统计吗，请问有其他方法可以进行计算吗？诚盼老师的回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-16 00:41

肥力丝发表于 2024-5-15 16:43
请问老师，文献中计算脂质膜烷基链的序参量都是计算了每一个脂质分子的序参量，在gromacs里面如何实现呢 ...

例如这样，会对所有分子进行统计，结果取平均。输入比如a C11的时候所有分子里叫C11的原子都会被选中

(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: 肥力丝 时间: 2024-5-16 09:49

sobereva 发表于 2024-5-16 00:41
例如这样，会对所有分子进行统计，结果取平均。输入比如a C11的时候所有分子里叫C11的原子都会被选中

...

十分感谢老师的回复！请问老师如果是计算Sch，命令是否是gmx order -f md.trr -s md.tpr -n order.ndx -o order.xvg -b 50000 -e 100000 -permolecule

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)