公社群聊Q&A整理：2015.12.30 20 ~ 2016.01.18 00 - 计算化学公社

2015.12.30 20:31:03
Q:
请假一下各位老师，gaussian能加交变电场吗？
[表情]
A:
不能
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2015.12.30 20:32:58
Q:
用mwfn和vmd做的图，N原子上那两个小凸起怎么去掉？？？
酰胺，蓝色的是N。
A:
没法去掉，那本身是等值面。想掩盖的话可以把N的原子球设大点，或者调解等值面数值
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2015.12.30 20:34:54
Q:
老师，multiwfn可以修改键径吗？比如删除，或者增加
A:
Ståtile 可以，选-5 Modify or print detail or export paths, or calculate property along a path
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2015.12.30 20:34:54
Q:
问题1：Multiwfn中可以算某个原子上未配对电子（LP）的组成及百分比吗？问题2：如果用NAO分析得到的LP的组成及百分比是否靠谱？
多谢~
A:
你的问题首先没有确切的定义，得明确想得到什么样的组成方式
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2015.12.30 20:36:47
Q:
请教各位老师，在计算反铁磁双核金属配合物的单点能时，加不加scf=nosymm是否会对结果造成较大的差别呢？
A:
最好加上，以保证能得到正确的对称破缺态
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2015.12.30 20:37:00
Q:
好吧，以后注意，我确实不太会说话
A:
[图片]
扣四分，已记录
Q:
一共多少分
A:
看群共享里群规
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2015.12.30 20:38:38
Q:
比如金属氧化物，得到金属原子上孤对电子的组成
价层孤对电子
A:
什么组成形式？举个例子
Q:
比如20%s，50%d轨道等
[图片]这是NAO输出结果
A:
d没有孤对电子的情况
做NBO分析可以考察
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2015.12.30 20:41:48
Q:
[图片][图片] 老师这是我的输入文件和输出文件，然后任务每次算到最后都死掉了，请问老师我改怎么做呢
这是我所用的基组[图片]@Sobereva
A:
写genecp啊
直接用# BP86 opt
还报错用UBP86 opt guess=mix nosymm
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2015.12.30 20:46:47
Q:
请问大家，multiwfn的功能8分子轨道组成的分析中，大家一般用哪种方法？我用的SCPA方法，发现有些轨道和轨道分布图不太符合。
谢谢大家~
A:
分析原子的贡献用Hirshfeld或becke。分析基函数的贡献用SCPA，但是不能有弥散函数。
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2015.12.30 20:46:47
Q:
[图片]
老师，在计算超极化率密度时，我怎么确定分子的方向，手动旋转吗
只计算外场对z方向的影响
z方向
我怎么确定分子方向，手动旋转
找到了，在gaussview中positioning tools
A:
没用nosymm时高斯会自动摆朝向，打开输出文件显示笛卡尔坐标轴就能看到朝向
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2015.12.30 20:46:47
Q:
这是我画的水分子的，[图片]怎么感觉和上面的长得那么不一样啊？
各位老师好，请问三维静电势图是怎么画出来的？[图片]
画出来了，可是是这样子的[图片]
[图片]各位老师好，请问这个式子里面的参数[图片]和[图片]怎么求出来的？关键词是什么？怎么在out文件里面查询？
A:
*10 用Multiwfn算，看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
以及手册4.12节的例子
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2015.12.30 20:50:25
Q:
老师，我刚学量化计算，我在高斯计算时log文件出现Applied DIIS recursively to reduced A of dimension 5007，该怎么办啊？
A:
不是错误提示
Q:
老师，那我该怎么办啊？
A:
不是错误提示，等
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2015.12.30 21:01:36
Q:
老师，pi共轭体系适合做NBO分析吗？还有对过渡态结构进行NBO分析有意义吗
A:
不适合
Q:
这两种情况都不适合吗？
A:
NBO可以在过渡态结构下分析，有没有意义看你怎么讨论，不要高估NBO的价值，其价值很有限
Q:
恩，是的，看过以前的群聊。我就是感觉NBO的轨道图挺好看的，定域在两三个原子间，如果对过渡态结构考察下NBO轨道的重叠讨论下体系新键的生成之类的，合适吗？
A:
NBO本身就是基于高度定域化轨道做的分析，连个苯的六中心共轭的本质都没法正确描述
不合适。
NBO轨道的搜索方式有极大的任意性
那个不叫pi共轭，而叫超共轭
Q:
如果就想画些轨道图，但对于类似含有石墨烯团簇的较大体系正则分子轨道图太离域了，不好看，也看不出啥有用的信息，NBO又不适合这样的体系，Sob老师有啥建议吗
A:
用原子电荷求差值
算原子电荷的方法看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
考虑adndp方法
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
Q:
AdNDP适合分析过渡态结构吗？我主要想考察分子与石墨烯表面的作用，估计在作用位点处形成的键就是一般的sigma键，是三中心四中心键的可能性不大，那还适合用AdNDP分析吗
A:
用ELF分析啊
Q:
恩，ELF和电子密度拉普拉斯已经分析了，想再画点轨道，看来这个体系是不太适合画轨道了吧
A:
再加上用键级分析
轨道没用
Q:
恩，已经用了Mayer键级了，效果也不错。但是分析原子电荷怎么貌似没找到有用的规律，不能来分析反应相关原子电荷的变化来分析键的形成吗（即电子转移）？我试了好几种电荷都没找到规律
A:
用Hirshfeld电荷，如果对结果也说不出什么来就甭从这方面考虑
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2015.12.30 21:17:51
Q:
那是超共轭可以用NBO咯？
A:
y
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2015.12.30 21:25:24
Q:
反键轨道？
A:
y
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2015.12.30 21:27:07
Q:
sob老师，还是麻烦问下您，我用的B3LYP/def-svp,用的wfx格式，做了AIM分析，可是发现得到的和想要的不太一样，按理说在水平上还会有键径的，因为水平上的Si-Si键是没有问题的，但是竟然没有键径，并且只看到下面的RCP，上面的没有看到，不知道有什么解决的办法
是一个Si3GeNb+的体系。
、[图片]
A:
没有键径本来就是可能的事，通过此方法进行考察
利用约化密度梯度考察AIM临界点的位置
http://sobereva.com/267
Q:
谢谢sob老师，那正常情况下如果键合理的话，是不是就应该有键径呢
A:
不是合理不合理，不作图考察一下，光靠人为臆测，本来就没法说到底有没有
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2015.12.30 21:43:21
Q:
请问现有的量化程序能考虑核自旋算超精细结构的能级吗？@Sobereva
A:
几乎所有量化程序都能算原子核处的自旋密度，靠这个就能得到超精细耦合常数的Fermi contact项
Q:
能扫出超精细能级的势能面吗？@Sobereva
A:
没法扫
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2015.12.30 21:47:47
Q:
Sob老师，假设我有了一个优化后的S1态的结构，现在想计算垂直发射能的大小，可否不使用opt关键词，直接TD计算这个结构？这时得到的垂直吸收能，可看作是从该结构的未弛豫的“基态”下激发到S1极小点的能量。试了一下这时候得到的数值与opt td结果是一样的。想问一下这样理论上有没有问题？
A:
不可能一样，结构不同，激发能也就不同
激发态极小点不会和基态恰好一样
Q:
是对S1态， opt td后得到的结构。提取出来，只做td计算。算了一个确实一模一样。可能说的不清楚，画个图看看。[图片]
A:
T 这两个计算完全是一回事啊
先看此文搞清楚基础
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2015.12.30 21:58:54
Q:
请教一下sob老师，当对分子体系加电场时，如果使用了nosymm关键词，那么加不同方向相同大小的电场，是不是对体系是等价的？
A:
不等
除非体系是球对称的，这只限于某些电子态的原子
Q:
恩恩，那么nosymm关键词是不是就没有什么用？
A:
有用啊，不用nosymm你都不确定电场究竟往哪个方向加的，因为体系会被自动旋转到标准朝向
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2015.12.30 22:00:52
Q:
sob老师，我按照刚才您的帖子里面做了一下RDG，做的是1-2-3原子的RDG，AIM里面显示1-2.1-3都有键径的，可是这个RDG竟然没有键径，2-3发现的RDG色彩度超过0.1了，应该正如帖子里面提到的不会存在
[图片]
[图片]
下面这个如，上方为1原子，下面两个为2,3原子
这个图
A:
你考察Si-Si之间，得用三个硅定义平面啊
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2015.12.30 22:03:29
Q:
求助文献：http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780080977744001078；
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780080977744009098：这两篇是书中的两章，我这边下载不了，谢谢！
A:
[图片]
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规
Q:
：抱歉，我这边是网速原因，一直弹不出来，
A:
以群主能否正常用sci-hub下载为准
[图片]
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2015.12.30 22:03:58
Q:
那么加了nosymm，分子的朝向是不是以分子的偶极矩的方向与坐标轴中的X轴相一致？还是说朝向某一个方向
A:
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2015.12.30 22:06:59
Q:
这个是Si-Si-Si中间平面的RDG，色彩度是0-1
[图片]
如果把RDG色彩度改为0-0.1就没有任何图案出来了，都是白色，这个是不是应该就说明Si-Si之间不应该有BCP？
A:
是没有
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2015.12.30 22:07:45
Q:
恩，比如一个传统意义上的正六价的元素，实际分析它的Hirshfeld电荷才1点多，也不用管吗？只要看到相对值的变化规律就行？
A:
价本身就是人为臆测的东西，是没有确切定义的
没意义和有意义的东西对比，结果自然不同
Q:
恩，还记得您暑期班实说过的，化合价是中学生用的。如果一个元素的电荷升高，可以说它是被氧化了吧？但我的过渡态结构电荷反而降了，然后产物电荷又高了，这如何解释呢？好几种原子电荷分析方法都是这个结果
A:
不好说，根据具体问题分析
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2015.12.30 22:11:29
Q:
谢谢sob老师，为啥我做的图里面都是白色的填色图呢
A:
色彩刻度上限太低，超过上限的区域就是白色
或者RDGmaxrho没设为0，默认密度超过0.05就被屏蔽掉
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2015.12.30 22:12:26
Q:
sob老师，算超极化率的时候Gaussion的job type是选energy吗
A:
是
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2015.12.30 22:23:56
Q:
sob老师，我把RDG_maxrho设置为0，重新做了一下，发现平面的Si-Si仍然没有键径，这个是肯定了，而且1-2,1-3键的BCP出来了，同时也发现了1-2-3环的RCP也出来了，并且在0-0.1色彩度下也可以看到这个RCP，是不是就说明这个点应该在AIM中被看到
色彩度0-1[图片]
色彩度0-0.1[图片]
A:
颜色最深的地方也不是特别黑，所以可能密度的梯度非常小，但是还不够接近于0而导致能够出现临界点
Q:
那这样是不是也说明有正常的化学键，但不一定出现BCP，对吧，
虽然通过分析会知道此处没有BCP，但是感觉既然有化学键，没有BCP还是怪怪的
A:
用ELF分析，这才是最确切的
Q:
好的，谢谢sob老师
在AIM分析时，是不是只要满足了那种规则为1，就可以认为AIM搜索的点没有问题，对吧
A:
不是。不满足的时候也可能恰好满足那个规则
不是。临界点没找全的时候也可能恰好满足那个规则
Q:
谢谢sob老师，在填色图中，能否设置坐标数字的大小呢，
我看也可以-6来输出数据，用如origin软件来做，可是生成6列数据，不知道该怎么设置x,y,z
A:
每一列数据是什么含义在屏幕上提示得很清楚
用multiwfn一定仔细注意屏幕提示
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2016.01.01 12:32:22
Q:
既然PBE0计算价层单重态激发较好，而M06-2X计算价层三重态激发很好，那么用前者计算单重激发能，后者计算三重激发能，是否所得到的单三态能量差（deltaE（ST））会比较准确？这个数值对系间穿越过程很重要。
A:
虽然有道理，但是都用同一种泛函误差便于抵消，可能结果更好
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2016.01.01 12:32:22
Q:
[图片]这是我刚才用multiwfn 画的电子密度图，这样不是很直接，清楚能看出不同原子之间电子密度的差异，在multiwfn中，是否可以对电子密度进行赋值处理？
你与fukui只有一个字母的差距[表情]
A:
直接作电子密度图本身就没什么大用。要想考察价层密度差异，需要把内核电子扣除掉，可以用主功能6的选项34
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2016.01.01 12:32:22
Q:
各位新年快乐，接触量化一来最荣幸是加入这个群，从sob老师和各位前辈学到很多东西，尽管我还是个菜鸟，希望大家身体健康（这是本钱），科研快乐~
紧接着，我来点严肃点的话题：请问想在C=C双键猜测断一个键的过渡态，应该怎么入手？
不能让祝福把我的问题刷掉啊
想在C=C双键猜测断一个键的过渡态，应该怎么入手？
A:
没法猜这种过渡态，sigma和pi键是同步断裂的，光是键的断裂本身也不会有过渡态
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2016.01.01 12:32:22
Q:
女神一切顺心...
刚看完老炮儿，还不错....
A:
老炮儿是很不错，推荐各位一看
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2016.01.01 12:33:30
Q:
我考虑一个分子两种过渡态反应路径后，得到的能垒图如下，红色能垒低，但是产物的能量比反应物高，请问该怎么评价这个反应路径的可能性？不会发生所以要考虑其他的可能吗？
我考虑一个分子两种过渡态反应路径后，得到的能垒图如下，红色能垒低，但是产物的能量比反应物高，请问该怎么评价这个反应路径的可能性？不会发生所以要考虑其他的可能吗？
[图片]
好的，不打扰大家休息~
A:
显然容易走红色的路径，而且速度快，而且产物:反应物的比例比蓝色高
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2016.01.01 12:41:53
Q:
老师，那天我突然想把笔记本换成固态硬盘，但是不知道哪个更好，老师能给推荐一个吗
A:
影驰
http://item.jd.com/2132491.html
Q:
谢谢老师，240G感觉不太够啊
A:
一般够了
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2016.01.01 12:42:17
Q:
& 老炮儿是很不错啊上回推荐被那谁给噎回去了不是....
除了冯小刚，别人还真演不出那感觉...
A:
最后在冰场上那一段很有创意，很有气势
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2016.01.02 11:19:21
Q:
自己找一下
各位老师，最近在网上看到有人谈及M062x方法优化时很难收敛（很多资料都有提及，本人也深有体会），因此他们用B3LYP优化后，用M062x跑个单点，问此方法可不可取？但是据我自己试验了多次，进行过渡态优化算频率发现同样的机组二者的的虚频数值居然相差100左右，，，老师们怎么看 @墨家弟子
A:
结合帮助收敛的关键词，M06-2X难收敛绝对没那么夸张
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2016.01.02 11:26:54
Q:
老师您好，M062X算金属离子的配位水方面会不会比b3lyp有优势呢？或者也还是要结合实验？谢谢老师
A:
差不多
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2016.01.02 11:31:55
Q:
各位老师，在算完机理之后，用芳香性再解释下活性位点可行吗?
A:
芳香性和活性位点是两码事
Q:
都跟能量有关吧
A:
没直接关系
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2016.01.02 12:08:56
Q:
老师，请问，势能面上的过渡态，以是否有一个虚频为判断标准；自由能面上的过渡态，还能以一个虚频为判断标准吗？
A:
不是。得通过自由能的二阶导数来判断。
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2016.01.02 12:46:41
Q:
请教sob老师有没有那个线性标度方法是提供解析导数和二阶导的？
线性标度方法的导数质量都极差，通常不用
哦哦那这样的话线性标度方法可以用来算什么？
A:
诸如低级别算结构，高级别结合线性标度方法算个单点
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2016.01.02 12:55:25
Q:
[图片]
各位大神，orca在win下并行出现如上警告，如何破。谢谢
A:
只要能正常算就行，不用管
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2016.01.02 19:44:23
Q:
[图片][图片]老师这是我的输入文件从头到尾都是maximum displacement 不出现yes[图片]请问我改怎么做
A:
基组用得太烂
哪能6-31G和6-311G*搞在一起
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2016.01.03 11:33:05
Q:
谁有Meaning and Functional Form of the Electron Localization Function这篇文章，能否帮我下载一下？（我下载的文件不是PDF，而且修改属性后也无法打开，这篇文章的网址：http://www.whxb.pku.edu.cn/EN/abstract/abstract27788.shtml）
A:
下载后就是pdf啊。我传到群共享了
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2016.01.03 11:46:26
Q:
@sob老师，我想问问在高斯的log文件里面怎样可以把C2对称性的分子点群如何变成C1对称性的分子点群呢？谢谢了。
A:
随便扭动一下结构破坏C2对称性即可
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2016.01.03 19:12:57
Q:
请教sob老师
此处
[图片]
a.1是不是应该写成b.1?
A:
是
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2016.01.03 19:15:57
Q:
求文献http://link.springer.com/article/10.1007/s10975-005-0066-z
加了hub.sci还是不行
以求到
已谢谢啦
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规
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2016.01.03 19:17:52
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
白色背景也没问题，诸如
[图片]
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2016.01.03 19:18:57
Q:
[图片]在过渡态的附近tddft/m062x算得很糟糕，B3LYP 更烂，用什么方法可以得到相对精确的结果，双杂化可以吗？？ @everyone
A:
如果蓝色和红色代表两个电子态，这种交叉的情况应该用多参考方法
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2016.01.03 20:28:00
Q:
Sob老师，您博客中“大体系弱相互作用计算的解决之道”中以用molden2aim程序（http://people.smu.edu/wzou/program/index.html）这个程序下载链接不能用了。
可以
下载molden2aim的链接不行了
A:
https://github.com/zorkzou/Molden2AIM
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2016.01.03 21:48:54
Q:
[图片]VMD中如何显示原子的元素名称和标号啊，鼓捣了一会儿没整出来，请知道的老师指点一下
好的，我找找
A:
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
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2016.01.03 21:48:54
Q:
请问《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》时，黑色背景是否较好？因为静电势零的区域为白色，用白色背景就看不清。
是的，有看过这类图
用Multiwfn 3.3.8/example里的phenol.wfn尝试练习《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》时出了问题。
由于
The number of surface minima: 3
# a.u. eV kcal/mol X/Y/Z coordinate(Angstrom)
1 -0.03065052 -0.834043 -19.233509 0.087661 -0.990057 -1.909150
2 -0.03064529 -0.833901 -19.230223 0.091146 -1.062343 1.932604
* 3 -0.04837249 -1.316282 -30.354220 1.427063 3.383833 0.036795
The number of surface maxima: 5
# a.u. eV kcal/mol X/Y/Z coordinate(Angstrom)
1 0.02636076 0.717313 16.541638 -3.305277 -2.239416 -0.008813
* 2 0.09306325 2.532380 58.398123 -1.904962 2.988053 0.022680
3 0.02202603 0.599359 13.821556 -0.007463 -4.233374 0.053085
4 0.02323613 0.632287 14.580904 3.284977 -2.313000 0.044620
5 0.01710781 0.465527 10.735324 3.392967 1.144038 0.035668
所以在
9
Input atomic indices to define the fragment. e.g. 1,3-6,8,10-11 means the atoms
1,3,4,5,6,8,10,11 will constitute the fragment
If input "all", then the whole system will be considered
选择了-32,60，结果
If input "all", then the whole system will be considered
-32,60
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -5, file Internal List-Direct
ed Read
Image PC Routine Line Source
Multiwfn.exe 00860600 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00816216 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00800182 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007FF4C4 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007D21AB Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007D0C12 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00479FD1 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 005E7BBC Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 004D7E7F Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 008615C3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00848219 Unknown Unknown Unknown
kernel32.dll 7514337A Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 777D9882 Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 777D9855 Unknown Unknown Unknown
D:\Multiwfn_3.3.8(dev)_bin_Win>
用Multiwfn 3.3.8/example里的phenol.wfn尝试练习《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》时出了问题。
由于
The number of surface minima: 3
# a.u. eV kcal/mol X/Y/Z coordinate(Angstrom)
1 -0.03065052 -0.834043 -19.233509 0.087661 -0.990057 -1.909150
2 -0.03064529 -0.833901 -19.230223 0.091146 -1.062343 1.932604
* 3 -0.04837249 -1.316282 -30.354220 1.427063 3.383833 0.036795
The number of surface maxima: 5
# a.u. eV kcal/mol X/Y/Z coordinate(Angstrom)
1 0.02636076 0.717313 16.541638 -3.305277 -2.239416 -0.0088
13
* 2 0.09306325 2.532380 58.398123 -1.904962 2.988053 0.022680
3 0.02202603 0.599359 13.821556 -0.007463 -4.233374 0.053085
4 0.02323613 0.632287 14.580904 3.284977 -2.313000 0.044620
5 0.01710781 0.465527 10.735324 3.392967 1.144038 0.035668
所以在
9
Input atomic indices to define the fragment. e.g. 1,3-6,8,10-11 means the atoms
1,3,4,5,6,8,10,11 will constitute the fragment
If input "all", then the whole system will be considered
选择了-32,60，结果
If input "all", then the whole system will be considered
-32,60
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -5, file Internal List-Direct
ed Rea
d
Image PC Routine Line Source
Multiwfn.exe 00860600 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00816216 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00800182 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007FF4C4 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007D21AB Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007D0C12 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00479FD1 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 005E7BBC Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 004D7E7F Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe
008615C3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00848219 Unknown Unknown Unknown
kernel32.dll 7514337A Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 777D9882 Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 777D9855 Unknown Unknown Unknown
D:\Multiwfn_3.3.8(dev)_bin_Win>
哦哦，发现问题所在了
“例如，对水的二聚体中两个水分别做定量分子表面分析，将得到的两套表面顶点都放到VMD里同时显示出来，就可以看到如下图像 ”
这个是否指把二聚体中两个单体的坐标分别提取出来，命令行加out=wfn nosymm，分别得到wfn文件后再用Multiwfn的功能12处理？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.01.03 21:48:54
Q:
PBEh-3c 方法算大分子弱相互作用基组用多大的比较好
直接opt 就好
A:
这是组合方法，没法指定基组。
----------------------------------------------------
2016.01.03 22:30:40
Q:
[图片]
请问下各位高人，图片中E是指内能吗
[图片]
A:
y
Q:
跟这个又有何区分
A:
前面的加上单点能就是下面的
----------------------------------------------------
2016.01.03 22:33:35
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
明明在QQ签名里明确说不接受一般计算化学问题私聊，群规里也写明了，偏偏有人非要私聊，提示了还不听！
Q:
[表情]
A:
/发怒
这种人绝对不回复
Q:
拍拍叫你们惹sob[图片]
好大的火，快烤焦了
A:
都提示了两遍不接受私聊，还不停地发消息
Q:
拉黑
A:
再这样只能拉黑了
----------------------------------------------------
2016.01.03 22:34:33
Q:
老师我想问一下，静态计算收敛不了，怎么办？谢谢
A:
什么静态计算？
----------------------------------------------------
2016.01.03 22:36:17
Q:
有谁会高斯里各个能量，盼指导。
A:
好好研究这个去
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
----------------------------------------------------
2016.01.03 22:36:42
Q:
想看到一个分子形象的电荷分布，可以怎么做呢？
A:
计算原子电荷
----------------------------------------------------
2016.01.03 22:38:45
Q:
冒昧的问下sob老师一天学习多少长时间？
A:
不一定。有时候0分钟，有时候一整天（扣除吃喝拉撒看动画的时间）
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:14:23
Q:
在研究化学吸附问题的时候，通常会将被吸附的物质放在吸附质附近的各处进行吸附（OPT），但是通过对吸附质进行平均局部离子化能计算发现有些地方明显不是极小值点，但这样的结构也存在，那么实际情况下到底会吸附到哪里呢？
首先预测可能的吸附(反应)位点，然后把吸附质放在预测的位置进行优化计算，找到能量最低的结构(最稳定结构) e老师你给指正下@Elaine
但是我后来才知道的预测，之前随意放，对于不是极限值的地方也吸附了
e老师，预测反应位点你觉得哪一种比较好，我一般用的是静电势能算极值点@Elaine
A:
平均局部离子化能跟吸附根本没有直接关系
Q:
[emoji]
A:
吸附和预测反应位点完全是两码事
Q:
是要预测反应位点还是要算极值?
两码事
A:
静电主导的吸附才能通过静电势考察
Q:
吸附艾玛多少过程都叫吸附...
A:
什么方法预测反应位点合适看群共享里
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较
Q:
这个我以前也是这么干，以前我们课题组也不知道，我问他们为什么放到那些位置他们说是他们的化学素养，我就只有闭嘴了@小书童
ref的时候也ref的是素养对吗
我以前算的是氢键，应该算静电主导吧@Sobereva
可以这么干啊有时候算算静电势就好了
我会说我就这么干过...但不是靠素养
是啊我分析蛋白表面这么搞过
A:
氢键是静电主导
Q:
因为我知道我要分析的是氢键
和一些polar interaction
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:21:25
Q:
sob老师，今天看到一个例子计算有机分子（闭壳层）的激发态，采用的是非限制性方法UB3LYP+TD。想问一下这样做有什么好处和坏处啊？有必要吗？谢谢老师~
A:
毫无必要
闭壳层用什么U嘛
白费计算时间
Q:
问个低级一点的哈，输入命令中不写r或者u，比如b3lyp/6-31g*那么Gaussian默认的限制性非限制性准不准？@Sobereva
[图片]
[表情]
A:
单重态会被默认用R算，对于开壳层单重态结果不对
其它情况无误
Q:
我刚刚加U后试了一个，发现计算结果差别还挺大的[图片] [图片] 那是该相信R的结果，还是选择跟实验接近的结果？[表情]
A:
你得找对应的态
不知道怎么搞，对于闭壳层就别用什么U
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:30:27
Q:
老师，对于化学吸附的也不能够用那个评论局部离子化能吗？
平均局部离子化能
A:
可以
但建议同时考虑双描述符
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:31:08
Q:
开壳层，我一直都有点迷茫，开壳层可以认为是非中性分子么@Sobereva
A:
和电性没直接关系
Q:
求大鹏师哥点播下，一直对闭开壳层概念吃不透@大鹏
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:37:45
Q:
在hartree fock里面开壳层是指为配对的电子，比如一个alpha或者beta电子。而非中性分子是说原子核的数目Z和核外电子数不一样，通常失去一个电子带正电
去看看HF的理论，里面有这方面的详细解释。
A:
HF理论介绍跟这个没直接关系
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:38:04
Q:
而且我以前找人用VSAP和Gaussian同时计算了元素周期表里面的单个原子的能量，用的泛函基本一样，但是对于能量的除了H基本能对上。其他原子都是高斯偏大好多，这是软件对于能量的定义不一样吗？
A:
绝对能量没有可比性
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:38:46
Q:
老师，那自旋多重度大于一时，比如用b3lyp算，是不是必须前面加上u才行啊？
A:
看幻灯片，解释得很严谨详细
对于开壳层必须用U或RO，对于单重态开壳层则必须用U
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:39:59
Q:
咨询一个关于用高斯计算结合能的问题[用的是输出结果的内能E]我得到一个大概60ev的能量。但是我老板是搞VASP那块的对于高斯不太懂，他就说你的结合能怎么这么大，用VSAP计算结合能一般都上不了8ev.拿最简单的SiO2来说，它那么硬的物质结合能都上不了8ev，我觉得很尴尬，也不知道怎么说
A:
60eV结合能肯定算得有问题，这都相当于20个化学键的键能了
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:40:31
Q:
SOB，你熟悉Python吗？我需要用Python写一个程序，根据原子的三维坐标计算二面角大小的程序
A:
不爱用Python
这个事有现成的fortran代码
Q:
啊？真的，，，
A:
liyuanhe对python熟悉
Q:
能不能把Fortran代码给我看看？这个圣诞假期一直宅在家里看Python
A:
!!--------- Input four point, return dihedral angle (in degree)
real*8 function xyz2dih(x1,y1,z1,x2,y2,z2,x3,y3,z3,x4,y4,z4)
real*8 :: x1,y1,z1,x2,y2,z2,x3,y3,z3,x4,y4,z4,pi=3.141592653589793D0,phi
v12x=x1-x2
v12y=y1-y2
v12z=z1-z2
v23x=x2-x3
v23y=y2-y3
v23z=z2-z3
v34x=x3-x4
v34y=y3-y4
v34z=z3-z4
call vecprod(v12x,v12y,v12z,v23x,v23y,v23z,p1x,p1y,p1z)
call vecprod(v23x,v23y,v23z,v34x,v34y,v34z,p2x,p2y,p2z)
phi=acos( (p1x*p2x+p1y*p2y+p1z*p2z)/(sqrt(p1x*p1x+p1y*p1y+p1z*p1z)*sqrt(p2x*p2x+p2y*p2y+p2z*p2z)) )
xyz2dih=phi/pi*180
end function
这是Multiwfn里的util.f90中的一部分
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:42:07
Q:
老师，对自旋多重度大于一的体系，不加u的话，高斯也会默认给加上u算吗？
A:
会
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:42:46
Q:
sob老师，你所说的“你得找对应的态”是不是指R和U两个结果里的跃迁轨道和系数接近的态？[图片] [图片] 这两个态是一样的轨道，几乎一样的系数（0.69）。这样的话R和U确实比较接近
A:
这两个应当是R和U得到的相同的态
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:48:17
Q:
哦，知道了，谢谢老师，我再好好理解理解U和RO，免得算东西的时候忘了考虑
老师，限制性开壳层我还是不大理解，能举个例子吗？
A:
没有限制性开壳层这东西
限制性方法就注定不可能描述开壳层体系
除非你是用RO
----------------------------------------------------
2016.01.03 23:49:22
Q:
SOB大神，向你求救来了。我装高斯时遇到了点问题。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.04 12:34:20
Q:
老师，几何优化用了色散校正，那么计算分子的性质是不是也需要加上色散校正？
A:
看具体算什么，只有依赖于势能面的性质才受到色散校正的影响，诸如频率。而诸如极化率则不受影响
A:
优化时应考虑色散作用
Q:
我想计算超极化率，以及激发态，这些就不用色散校正了吧
A:
y
但注意色散校正影响几何优化，几何结构会间接影响这些性质
Q:
我都是先优化好了的结构，然后用CHK文件计算结构的
这样应该没问题吧
A:
y
Q:
老师，是不是除了涉及势能面的性质外，剩下的都不需要加入色散校正了？像NBO电荷，超极化率，激发态就不用加了？
A:
y
那叫NPA电荷
Q:
哦，写错了，老板老这么说，我一时没改回来
[图片]老师，计算NPA电荷这样写行不行？
A:
可
density=current毫无意义
Q:
哦，iop这么写没问题吧
A:
那些IOp都是多余的
Q:
就写方法基组，POP=NPA，gfinput就足够了？
A:
gfinput也是多余的
Q:
老师，做CP校正的时候，还需要写色散校正的关键词吗？
[图片]关键词这样可以不可以呢
[表情]
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.01.04 12:39:44
Q:
[图片] 头部的数值一般怎么看
[图片]
用什么看？
GV 中的数据应该也能倒出来的
A:
准确计算需要用Multiwfn做定量分子表面分析
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
gv里可以把鼠标移到那个位置，在状态栏可以看到数值
----------------------------------------------------
2016.01.04 12:39:44
Q:
你是想用b3lyp优化的结构而用m062x算能量，是否因为m062x计算量大而且难收敛？，如果按照你的方法，你文章里怎么写你的计算过程？都写m062x或者b3lyp都不合适吧？@天涯思情
A:
用两种泛函没有任何问题，只要你有确切理由。合在一起习惯上可以表示成M06-2X//B3LYP
----------------------------------------------------
2016.01.04 12:41:14
Q:
请教：优化结构后可以用更高的基组来计算能量，优化结构和计算能量的方法可以不同吗？即优化用B3LYP，计算能量用M062X来计算？
A:
在B3LYP结合Amber力场做ONIOM优化后，再用M06-2X结合Amber力场算单点
----------------------------------------------------
2016.01.04 12:42:48
Q:
老师，是否加了溶剂模型计算后势垒普遍会比气相时的结果都低一些呢？有这个规律吗
A:
这要看反应物和过渡态的极性，极性越大的体系，溶剂化效应使之能量降低越多
也有可能反倒用了溶剂模型后势垒会增高，甚至导致势垒的产生
[图片]
Q:
我算的几个体系都是加了溶剂模型后势垒比气相时低，那能在文章中说相应的反应在水溶液中更容易发生吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.01.04 13:51:52
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
MN15来了
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.05 11:53:23
Q:
请问什么时候用电子能，什么时候用吉布斯自由能来说明问题啊
[图片]对过渡态的能量进行分解，请问老师文章中的interaction energies ΔEint和deformation energy of the two moieties,
ΔEdef分别指什么啊？
请教如何计算线面角，一条线在面中的投影怎么在gassianview中做出，进而求得线面角呢？@Sobereva
A:
获得面的法矢量，然后计算和你的矢量之间的夹角
----------------------------------------------------
2016.01.05 11:53:23
Q:
[图片] 再次叨扰下娃娃，我按照你教的连上了键，但是标号跑出来有删的吗？
A:
自行在VMD里连接即可，mouse-add/remove bonds，点击那两个原子
----------------------------------------------------
2016.01.05 11:53:23
Q:
多参考态是不是静态相关的咯？
A:
多参考特征强=静态相关强
----------------------------------------------------
2016.01.05 11:53:23
Q:
老师您好，做CDA分析，complex的输入文件是[图片]
做片段的[图片]
为什么输出是错误的
A:
什么叫输出是错误的？
----------------------------------------------------
2016.01.05 12:07:49
Q:
老师，不是一般多参考都是用mcscf 的么？密度泛函微扰理论也能处理多参考吗？
A:
DFT能在一定程度上处理静态相关，好坏取决于泛函，HF成份越低通常静态相关考虑得越好
----------------------------------------------------
2016.01.05 12:55:45
Q:
创腾的培训太黑了，看着生气
我这个是花几百元购买的
没有去参加，创腾的培训华而不实
这个多孔的教程，还把我写的帖子都搞进去了
我的经典帖子，尼玛，我所免费给大家用的
找他版权收钱
A:
[表情]
/吓
Q:
[图片]你可以告他
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=2400976&fpage=1
[图片]
这色泽。。铜版纸？
他们搞过去赚钱
跟我们比侵权，我侵不死它
商业软件公司黑心
上面有没有印你的id?
看了下原文，上面有你的联系email的，侵权妥妥的
A:
步骤一模一样啊，好过分
应该写清楚本例参考xxx的yyyyyy
Q:
没有办法，sob，你原来不也有帖子被人发文章吗
A:
是啊
Q:
哈哈，他们培训费分给你点。暑假一个学员培训就6000
A:
不过姑且那个文章还是推广Multiwfn的，就不追究了
Q:
天朝里做免费的感觉就像卖身一样
这应该是公司培训资料。不是书，侵权估计算不上。
A:
毕竟资料也是卖钱的
这种做法跟百度文库一样
Q:
但是你别靠这个赚钱
你得培训班是要收费的
A:
就连网上转载帖子都应当注明原帖，更何况收费的
Q:
哦，你办的这个群呀。牛
A:
还能是谁办的
----------------------------------------------------
2016.01.05 13:14:08
Q:
哪位模拟过三阶非线性光学性质，目前哪些软件可以模拟，多谢。
A:
高斯用DFT直接能算gamma
Q:
周期性的体系的三阶非线性光学限制高斯能做吗？
A:
周期性的不能
----------------------------------------------------
2016.01.05 13:17:12
Q:
说实话，我情愿花钱支持科音，也不想在什么创腾什么源资上花一分钱
那些软件公司是阻碍中国计算化学的下罪魁祸首
有些问题是想买正版买不着…比如动漫方面的（。
日本还经常限国内ip
A:
[表情]群里创腾、源资的人看了会...
Q:
为啥还要让这些狗日的赚二道钱？
A:
代购嘛
Q:
我性子直
有话就说
我不懂要是我挂了日本vpn去买了不让日本国外ip购买的电子资源
我这个正版到底是合法还是不合法了？
A:
正版进来之后，漫展、淘宝上的丰富的周边就不见了
----------------------------------------------------
2016.01.05 13:18:32
Q:
群里有创腾的人？
A:
群大人杂，肯定有
----------------------------------------------------
2016.01.05 13:18:52
Q:
两个空轨道之间作用有意义吗？
136. LP*( 1) H 62 /875. BD*( 1)Fe 1 - C 9 45.07 0.15 0.111
A:
没意义，空轨道的混合也不影响能量
Q:
@sobereva那就是说分析的时候尽管能量比较大，也不用提及这类轨道，是吗？
在用NBO方法分析轨道相互作用的时候
A:
空轨道的混合没任何物理意义，这是NBO老版本才会输出的，后期版本都根本不输出了
----------------------------------------------------
2016.01.05 15:45:49
Q:
求教
gaff力场中的pairs在lammps中要如何实现？
一般的1-4组合可以用special_bonds amber
替代[图片]
但是有的pairs后面没带参数，这些相互作用为0，显然组合不出来
比如
[图片]
这些要怎么实现？
A:
不是相互作用为0，而是指通过查询力场参数文件来确定
----------------------------------------------------
2016.01.05 15:45:49
Q:
好的，明白了，非常感谢！
问一下大家，H+的能量怎么计算呀
A:
能量为0，问这个问题说明基础知识为0
----------------------------------------------------
2016.01.05 15:45:49
Q:
老师：您好！请问高斯最新版本E.01中的NBO程序是哪个版本的？
谢谢！
A:
显然还是3.1，因为这是NBO最后一个免费版本
----------------------------------------------------
2016.01.05 15:45:49
Q:
请教下大家我经常性有看见大家在群里讨论过溶剂化的问题，我就一直纳闷计算溶剂化有什么作用呢？我一般也就搞个吉布斯自由能什么的，我翻看了sob老师暑假班的溶剂化那个模板，知道了怎么去计算溶剂化能量，但是对于计算溶剂化是用来分析什么的
A:
溶剂下的问题都得考虑溶剂效应结果才合理。溶剂化能本身也是分子的一种性质，对于通过QSPR方程预测诸如LogP是有用的。
----------------------------------------------------
2016.01.05 15:54:37
Q:
自由能应该包含溶剂化能，应该先看看自由能的概念
A:
液相自由能=气相自由能+溶剂化自由能
----------------------------------------------------
2016.01.05 15:54:43
Q:
[图片]这是为什么啊，老师
A:
路径不要有中文
Q:
哦我放了低级错误
谢谢老师
----------------------------------------------------
2016.01.05 15:55:04
Q:
基组中提到的大小一致是怎么回事啊？
麻烦各位帮个忙
A:
基组没有大小一致性，大小一致性是指理论方法的特征
----------------------------------------------------
2016.01.05 16:11:01
Q:
请教各位老师，在gaussview里要表示大分子链节，是减氢留键？还是应该在输入文件里修改自旋多重度（当做自由基处理）？
请问老师，在gaussianview如何做一个面的法向量啊？
A:
这是几何问题，跟gv没有直接关系
Q:
sob老师我的问题求回答请问在gaussview里要表示大分子链节，是减氢留键？还是应该在输入文件里修改自旋多重度（当做自由基处理）？
A:
意思不明，搞个示意图看看
Q:
老师，O2基态是三重态，但它参与反应后生成的产物通常都是单重态，请教过您，您说通常是O2先自旋翻转成单重态然后再反应。但是我算了下O2单重态比三重态能量高大约40kcal/mol，如果按O2形成的反应复合物整体算这个差更高，快70kal/mol了，这样的反应在常温常压下能发生吗？但确实有许多常温常压下O2氧化的反应发生，这如何解释呢？
[图片]比如这样的链节，是应该这样画呢，[图片]还是在输入时修改自旋多重度？
A:
跟自旋多重度毫无关系
这么画就完了
Q:
可是分子式里表示的端基不是有一个单电子吗？sob老师这样是不是相当于一个自由基呢
老师，我算的O2单重态比三重态能量高大约40kcal/mol，甚至更高（不同体系），常温下它是怎么参加反应的呢？它氧化一种物质首先自己要裂解吧，但两个态的能量差这么高，如何反应呢？
可是分子式里表示的端基不是有一个单电子吗？sob老师这样是不是相当于一个自由基呢？而GV里去掉一个基团裸露出来的，是一个成键电子对吧？
A:
你就表示个示意图就完了，电子结构这里体现不出来
Q:
Sob老师为啥不回答我的问题，是我说的不清楚吗[表情]
A:
为什么必须回答？
Q:
我要优化的/撇嘴谢谢sob老师
A:
要优化就得建一个很长的周期性重复的链取一段，或者当周期性体系来优化
----------------------------------------------------
2016.01.05 16:17:37
Q:
老师引用multiwfn 引第一个对吧
[图片]
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.05 16:31:56
Q:
multiwfn给jcc贡献太大了
A:
以前autodock vina贡献也很大
Q:
谁来估计一下，提高了多少因子
A:
还有grimme比较DFT-D阻尼的文章
Q:
jcc是老牌牛杂志，现在被冲击坏了
sob老师要去评青千一定能评上
A:
完全无兴趣
Q:
院士也差不多了
刚刚傲娇的sob老师，我也偷偷截屏留念了/偷笑
人生有很多东西比虚名更有意义，前提是吃饱
A:
要向琦玉老师学习
Q:
自己单干没钱啊
一拳超人~原来老师只是做兴趣使然的科研
你们扪心自问，sob那些博文，哪一篇都比那些灌水论文强？
A:
对头
Q:
如果豆发文章了，我们就苦逼了
得黑夜里吭哧好久才能到彼岸
----------------------------------------------------
2016.01.05 16:38:58
Q:
恩恩，我取了3个重复单元就在纠结这个端基的问题那就当他是个单电子自由基，没有问题吧 sob老师
A:
可以，用氢封闭一下也行。其实这种一维周期性体系用高斯PBC功能优化还是不慢的，操作也不复杂
----------------------------------------------------
2016.01.05 20:18:01
Q:
大家好，我用Gview打开fchk总有问题，我前一个fchk文件用gview转换成gif文件，然后把计算得到的chk转换成fchk文件，再用gview打开，就提示[图片]，计算的log文件结尾显示正常：File lengths (MBytes): RWF= 2976 Int= 0 D2E= 0 Chk= 163 Scr= 1
Normal termination of Gaussian 09 at Tue Jan 5 01:43:39 2016.
我用gview5.0.8和0.9 都不行，把independent 改成~ant也不行
，请问大家有啥办法解决？几乎每次计算都有这个问题
我就是用gview打开fchk，保存结构，下一步计算
我没想干什么啊
难道，我又违反群规了？
怎么解决呢
gview少一个，还是gauss少了一个
有时需要用到优化好的结构呢？
可是我发现不太一样，有时键会不对
可是用multiwfn的时候，log和fchk文件没有区别吗？任何情况下都可以用log吗
谢谢，我以后看结构就用log。如果multiwfn是不是有时必须要用fchk文件
比如画homos lumos?
A:
只有个别功能才能用out/log作为输入文件，手册里写得很详细
看轨道用.fch或.molden
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.01.05 21:02:20
Q:
请问 VMD 能不能跟踪显示轨迹文件中某一个原子的运动情况呢？比如水溶液中的质子转移的过程。我已经在轨迹中找出每一步的质子编号了，接下来需要用黄色来标记质子。
由于H2O··· H+ ··· O2H 在质子转移的过程中并不是固定某一个 H+ （编号会变），需要VMD 能动态地标记我已经找出来的质子。感觉上应该是可以的，需要编程序。
[图片]
乐平撤回了一条消息
[图片]
A:
看看这个是否合用
显示粒子运动轨迹的VMD脚本
http://sobereva.com/65
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2016.01.05 21:03:31
Q:
DS的背景怎么换成白色呢谢谢
A:
菜单里瞎点点，找不到就说明没法换，只能ps
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2016.01.05 21:11:56
Q:
#p cam-b3lyp/6-31g** nosymm opt=(ModRedundant,tight) scrf=(solvent=n,n-DiMethylFormamide,pcm) scf=novaracc int=ultrafine老师请问，这样的关键词可以吗？我可以同时用Modredundant和tight吗？
A:
可
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2016.01.05 21:12:06
Q:
求助 strain energy如何计算
老师，想请教一下，strain energy 如何计算。谢谢！
A:
计算开环前后能量差
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2016.01.05 21:33:23
Q:
vmd里面水分子中的氧原子怎么表示OW还是？
A:
看具体情况，用
[图片]
一看就知道
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2016.01.05 21:35:44
Q:
老师 int=ultrafine 一般是用来帮助收敛的，ultrafine是细小细微的意思，那这个关键词我应该怎么理解呢？或者说他是通过怎样指引计算收敛的呢？@Sobereva
A:
密度泛函计算中的格点积分方法
http://sobereva.com/69
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2016.01.05 21:40:41
Q:
Sob老师，刚刚您发的那个 VMD绘制轨迹的博文很好。但是我的问题似乎和这个有区别。
我是希望动态标记运动的质子，如下图所示
[图片]
以最下方的 H2O 分子为 (I) 号，中间的 H2O 为 (II)号，上方的 H2O 为(III) 号。我想对质子用黄色标记，然后当质子从 (I) 号水分子转移到 (II) 号后组成新的H3O+，再次转移的质子并不是原来的那个质子，而是从 (II) 号水分子中的一个 H 原子出发，因此我需要将这个新的质子用黄色标记，而原来的质子变为白色。后续的操作以此类推……
听起来有点麻烦……
Sob老师，刚刚您发的那个 VMD绘制轨迹的博文很好。但是我的问题似乎和这个有区别。
我是希望动态标记运动的质子，如下图所示
[图片]
以最下方的 H2O 分子为 (I) 号，中间的 H2O 为 (II)号，上方的 H2O 为(III) 号。我想对质子用黄色标记，然后当质子从 (I) 号水分子转移到 (II) 号后组成新的H3O+，再次转移的质子并不是原来的那个质子，而是从 (II) 号水
分子中的一个 H 原子出发，因此我需要将这个新的质子用黄色标记，而原来的质子变为白色。后续的操作以此类推……
听起来有点麻烦……
Wiki 上的图 [表情]
A:
图裂了...
Q:
我再发一次
[图片]
A:
/撇嘴还是裂
也不知道是qq国际版问题还是我这里网问题，图老裂
你是指绘制动画，每次迁移时迁移的那个质子用黄色表示？
Q:
是的 [表情]
A:
那就每次迁移时做一段动画，把迁移的高亮。然后每次迁移的动画合并成一个
Q:
谢谢老师，这个方法可行但是比较耗体力……
如果能用程序做就好了
A:
这已经是最简单的方法了。
或者自己写tcl脚本
Q:
Tcl 有没有可以标记原子并改颜色的命令呢？
A:
设定显示方式可以在命令行窗口用命令设，将之嵌入tcl代码里
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2016.01.05 21:45:50
Q:
现在算反应速率常数都用什么软件？
A:
最low：
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
中等：
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
高大上：polyrate
[图片]
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2016.01.06 02:20:38
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
思想家公社专用邮箱8号今日添加以下内容，专用邮箱登录方法见群共享
ADF对氢键的分析（费米科技）.pdf
Advances in Quantum Chemistry Volume 59-COMBINING QUANTUM MECHANICS AND MOLECULAR MECHANICS. SOME RECENT PROGRESSES IN QMMM METHODS.pdf
Advances in Quantum Monte Carlo(2012,Tanaka).pdf
Chemcraft B1.6.4 x64 with Key.zip
ChemCraft_Input_Database.zip
Chemical kinetics and reaction dynamics(2006,Upadhyay).pdf
FCCLASSES2-1.zip
Introduction to Quantum Mechanics-A Time-Dependent Perspective(David Tannor,2007).djvu
Materials Studio教程（武汉理工大学）.pdf
ONIOM计算(Marek Freindorf).pdf
OpenMP and the Gaussian Quantum Chemistry Package-Experiences, Limitations and Future Prospects.pdf
PHYSICAL CHEMISTRY-Quantum Chemistry and Molecular Interactions(Andrew Cooksy,2014).epub
Quantum Chemistry(7ed,Levine,2013).epub
Relativistic effects in heavy-element chemistry and physics(2003,Hess).part1.rar
Relativistic effects in heavy-element chemistry and physics(2003,Hess).part2.rar
Symmetry and Structure-Readable Group Theory for Chemists 3ed(Sidney Kettle,2007).pdf
用Python做科学计算.pdf
第八讲CASSCF的理论与应用.ppt
计算固体物理学(邹宪武,金准智).pdf
计算机辅助药物分子设计(2004,徐筱杰).pdf
赖文量子化学第7版习题解答Instructors Solutions Manual to Quantum Chemistry(Ira N. Levine,2014).pdf
高级Bash脚本编程指南.pdf
an Quantum Chemistry Package-Experiences, Limitations and Future Prospects.pdf
PHYSICAL CHEMISTRY-Quantum Chemistry and Molecular Interactions(Andrew Cooksy,2014).epub
Quantum Chemistry(7ed,Levine,2013).epub
Relativistic effects in heavy-element chemistry and physics(2003,Hess).part1.rar
Relativistic effects in heavy-element chemistry and physics(2003,Hess).part2.rar
Symmetry and Structure-Readable Group Theory for Chemists 3ed(Sidney Kettle,2007).pdf
用Python做科学计算.pdf
第八讲CASSCF的理论与应用.ppt
计算固体物理学(邹宪武,金准智).pdf
计算机辅助药物分子设计(2004,徐筱杰).pdf
赖文量子化学第7版习题解
答Instructors Solutions Manual to Quantum Chemistry(Ira N. Levine,2014).pdf
高级Bash脚本编程指南.pdf
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2016.01.06 13:14:53
Q:
过渡态虚频数值的大小除了跟隧穿效应wigner透射系数有关，还跟什么有关？是不是太小（如负几十波数）说明该过渡态有问题？我算的负几十、几百、一千多波数的过渡态都有。
也就是说数值小的过渡态也可能是有意义？我算过一个-40cm-1的
通过GV看，torsion的振动不太好辨别出反应发生的方向，这也算对吗？
A:
几十的虚频多半是数值因素导致的，用tight结合int=ultrafine
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2016.01.06 13:14:53
Q:
请教个问题，为啥考虑色散了freq时非常慢、
优化之后不考虑色散在freq不知道可以不，你最后的问题怎么解决的加int=acc2e=11吗
A:
DFT-D校正不会令freq本身速度有任何下降。弥散对于频率计算是多余的，只会大幅增加计算量。
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2016.01.06 13:14:53
Q:
老师老师，可不可以用gaussian中的pbc来模拟周期性的东西呢？@Sobereva
不行吗
我们老师也不太接触这个，既让我自己查文献
没找到
我看用vasp的比较多
我就需要模拟一层就好了
[图片]
您看看这个
这个里面的abc指的是什么啊
还有3*1*5的意思是长宽高么@Radioactive
你们老师说高斯不能模拟周期性的东西么？@Radioactive
恩，什么不是？@不取俗名-VASP，Gaussian
对对，，文献中这样说的
supercell就是很多个晶胞，，是吧，，我是这样理解的
我没有怎么接触过晶体
啊
哦哦，好，谢谢，，因为查到的文献都是关于vasp和ms
的
恩恩，
你用不用高斯呢@归中
可是我之前都用的是gaussian，，现在换vasp都得换了
我可不可以晶胞用vasp建立，算的时候在gaussian里面算
应该不行我觉得。。
再请教一个问题，那个具体的晶格参数abc到底是什么意思，看了书没有太看懂
我需要简单明了一点，，哈哈
哦哦，建立超晶胞时晶格参数一般是不是都是要查的？
哦哦哦，太感谢了
A:
能算，功能极弱速度慢
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2016.01.06 13:14:53
Q:
前辈们，有知道怎么ONIOM 归属MM区域电荷的吗
求指导
有资料参考吗？
A:
输入文件里可以直接设原子电荷，也可以力场后面用=qeq自动用qeq电荷
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2016.01.06 13:16:21
Q:
[图片]
[图片]
我总觉得我写的好烂
A:
烂
Q:
确实不算好
A:
前面were后面居然成了is
And没有写在句子开头的
Q:
有道理
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2016.01.06 13:26:57
Q:
谢谢Sob。还有个MD的超初级问题一直不明白。MD模拟的平衡时间（如几百纳秒）和现实生活中的时间是一回事吗？好多实验要几分钟甚至几个小时才能平衡，而文献大多报道的几十-几百纳秒的MD结果（号称已经平衡）能对应实验上的平衡吗？
A:
就是现实生活的时间。MD的平衡是微观上的平衡，不是宏观上的平衡
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2016.01.06 13:29:02
Q:
In this study, all MM and QM calculations were performed using Gaussian 09 software.
感觉上，gaussian这种叫software好点
program感觉是自己写个小程序那种…
software就是大点商业软件的意思了
我都直接 with Gaussianxx[表情]
我都直接 with Gaussianxx/撇嘴
哈不写就不用纠结这个了/偷笑
A:
没有那种区分
software/package/program都可以
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2016.01.06 13:53:12
Q:
[图片]请问有人知道这个图是怎么得到的吗
A:
二维势能面扫描，再用sigmaplot、surfer之类作图
Q:
二维势能面扫描怎么做呀？
A:
打开二维势能面扫描输出文件gv也能直接作图，尽管平面图效果不如这样
Q:
直接势能面扫描就是Sob老师说的二维势能面扫描吗
可是要怎么进行二维势能面的扫描呢
A:
[图片]
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2016.01.06 14:09:43
Q:
[图片] 老师，我用 b3lyp/def2tzvp opt(addredundant) (maxcyc=200) nosymm ，对一个二面角扫描，得到的结果是这样的，是不是说明，最后一个点才是最稳定的？
A:
相对来说是，但显然还没到极小点
Q:
弱弱的问一下，您是如何看出没有到极小点的
A:
明显最后一个点梯度还不够接近于0
想得到极小点就直接优化
Q:
谢谢老师，还有个问题，扫描中溶剂对其是否有影响？
A:
是
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2016.01.06 14:13:06
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不正常，也许是你看错了
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2016.01.06 14:25:07
Q:
我用UFF立场给oniom里MM区域归属电荷，查文件，UFF立场里氧的电荷是正的2.300 这对吗
[图片]
您看为什么他给的都是正值
A:
这根原子电荷不是一码事。
Q:
好的
我可以找其他文献原子电荷赋值吗？
A:
可以
UFF=QEq会自动计算QEq电荷赋上，但比较粗糙
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2016.01.06 14:37:52
Q:
[图片] 这样的密度差算是LE 激发吗？
Integral of overlap of hole-electron distribution: 0.4960757
Centroid of hole in X/Y/Z: 2.521394 -0.119363 0.055246 Angstrom
Centroid of electron in X/Y/Z: 2.010023 -0.004072 0.154514 Angstrom
Distance between centroid of hole and electron in X/Y/Z:
0.511371 0.115291 0.099269 Angstrom Norm: 0.533523 Angstrom
A:
没有界限，只能说CT的程度。当前只有微弱的CT特征，非要说是LE还是CT就只能说LE
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2016.01.06 14:44:25
Q:
群里有人用过MCTCSM寻找过渡态吗？
Monte Carlo Transition State Search Method (MCTSSM)
不知道，只是看到这样一个文献
所以问“有人用过吗”？
，你肯定没用过
[图片]
A:
就是随机初猜一堆构型，然后依次用常规方法优化过渡态而已
绝大多数情况都是个bad idea
Q:
嗯，感觉不如靠经验靠谱
看上去挺方便，只是不知好用不好用
A:
白耽误时间
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2016.01.06 15:22:21
Q:
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=6776452&u=2508800&h=bc3e4c9b
《三废处理工程技术手册（废气卷、废水卷、固废卷）》这个帖子已有64人推荐，很有价值，分享一下
A:
此群发这个作甚[图片]
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2016.01.06 15:50:07
Q:
各位老师~我突然有一个问题~跑不同关键词的opt得到的chk文件是相同的吗？
这样啊，娃娃老师~chk文件的本质是什么啊？
A:
看具体什么关键词
你转换成fch一对比就知道
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55
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2016.01.06 16:11:08
Q:
老师，55这篇文章里没介绍WFX有没有介绍这个的？
A:
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
第3节
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2016.01.06 16:12:34
Q:
请问sob老师，经过BSSE校正后的结合能是不是就忽略零点能校正了？
[图片]
[图片]
E(corrected)的计算输入文件是 opt ，而不加freq，那么计算的能量是不是就没有零点能校正了，相应的团簇结合能E(Interaction)也是不包零点能校正的？
A:
完全不是一码事
算结合能一般不考虑ZPE
counterpoise校正的是复合物与片段的电子能量差
Q:
那就是opt计算的能量就可以是吧？
A:
否
复合物优化、频率计算不考虑BSSE问题，计算和单体能量差的时候才需要考虑BSSE问题。
----------------------------------------------------
2016.01.06 16:16:54
Q:
那想问下什么时候需要考虑ZPE呢，谢谢sob老师
A:
求结合自由能（可以用来讨论平衡常数）、结合焓（对应于反应实际吸热放热）的时候
----------------------------------------------------
2016.01.06 16:17:20
Q:
恩恩 sob老师，我的意思就是优化好的构型计算单点能，并加上CP关键词，然后就可以用下面的公式计算结合能了是吗？[图片]
A:
y
Q:
您的文中有这样一段描述：
[图片]
那如果我计算的是氢键作用的话，是不是输入文件写成 opt freq w97xd/6-311++G**，就可以直接使用[图片]，我不清楚基组要达到什么程度就可以不用进行BSSE校正的？
A:
静电成分越强越不需要考虑BSSE
基组完备程度越高越不需要考虑BSSE
wb97xd/6-311++G**算氢键如果精度不要求特高没必要考虑BSSE
----------------------------------------------------
2016.01.06 16:19:44
Q:
Sob老师，您好！请问金属原子用了赝势基组，用Multiwfn做ELF图，怎样能够显示出金属原子的内层的壳层结构，如下图。
[图片]
A:
用了赝势就注定显示不出内层结构，必须用全电子基组
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2016.01.06 16:22:01
Q:
老师，还想问一下为什么结合能主要比较吉布斯自由能不比较电子能呢?
A:
没这么说过
Q:
那算吸附过程的吸附能的时候比较哪个值比较好啊
A:
跟热力学实验值对比就算结合焓
纯理论研究就算电子能量差就够了
Q:
老师，那算电子能量不用加ZPE吗？
A:
/擦汗
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2016.01.06 16:37:51
Q:
请问sob老师，计算激发态氢键用 td wb97xd的准确性好吗？是不是无法计算解析频率，速度是不是也很慢？
你们把我的问题刷没了[表情]
A:
算氢键考虑频率干嘛
激发态氢键推荐用M062X
Q:
那为了比较，基态是不是也要用M06-2X
为了看优化结果，不需要计算频率看看有没有虚频吗？
A:
没必要非得那么谨慎，算TDDFT频率代价太高
Q:
恩啊非常慢呢
A:
显然基态也得用m062x
Q:
但是不确定是不是能量最低点啊
有时候计算出来虚频比较小几十或者是几个cm-1 是不是可以忽略？
A:
凭直觉
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
那就还是需要计算啊实在是慢啊
A:
tight ultrafine，最后看结构差不多就完了
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2016.01.06 16:49:19
Q:
某地的化学院所有老师收到了上面的邮件，大致意思是“请诸位老师尽量投以下期刊：OL，CC，JPCL... JACS... Science”有趣的是像eur j chem这种很有影响的杂志没有被纳入名单，据说原因是这个杂志不计入nature index。这个list基本上都是影响因子高的杂志。另一个很有意思的是，为了高IF，上面提倡少发全文多发letter
A:
若被IF牵着鼻子走就太没有思想了
Q:
像JCP， PCCP这种我常去的地方肯定会被他们鄙视死
A:
要抵制歪风邪气
应该先号召少发水文
Q:
其实很可笑，写中文文章，拼命地引用英文，写英文文章，却从来都不引用中文
天津大学某研究生1年发了SCI 17篇
专利11项
SCI 17篇都是一作的话，确实是神话，如果是挂名，那也有可能
【链接】学渣男生逆袭成学霸：一年发表17篇SCI论文
http://edu.qq.com/a/20160106/014793.htm?pgv_ref=aio2015&ptlang=2052
木有多大意思啦
A:
我很赞同
[emoji]我很赞同
Q:
事实上，pubmed收录那个天大的只有4篇，而且都是挂名
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Yonggui+Zhao+Tianjin+University
呵呵，在数论文衡量学术水平的天朝，会留下笑柄
发1000篇物化学报，能抵得上一篇PRL？个人感觉比不上
感觉JCC JPCabc 很朴实
A:
物化学报还是有不少好论文的
Q:
为什么不把发表啥论文拿出来？
除了你一直是主编，天天用权灌水
1000篇，一辈子都发不了，你也没有这个时间，
这个，我也认为物化学报不错。我只是做个比喻
A:
刘述斌在物化学报发的《概念密度泛函理论进来的一些进展》比PRL很多文章的引用次数高得多
Q:
如果17篇篇篇都是对等JPCC及其以上的文章；我服 [图片]
发文章不是让谁服
A:
关注点还是应当回归文章本身价值，鼓励去期刊化
----------------------------------------------------
2016.01.06 17:08:21
Q:
我一朋友的计算投JACS失败了，我跟他说，你的文章跟JACS差一个K. D. Houk的距离
有种说法认为，文章应该在网上公开review，而不是交给一两个人
A:
+1
----------------------------------------------------
2016.01.06 18:44:58
Q:
老师，有个问题请教：我在一个计算中用到自定义基组，在Keywords行，写了out=wfn。我的问题是输出的wfn路径写哪儿？放在原子坐标空格的后面，还是自定义基组的后面？
A:
坐标后面空一行写路径。
----------------------------------------------------
2016.01.06 18:59:23
Q:
spin-state gaps 怎么翻译？
spin-state ordering 怎么翻译？
A:
自旋态间的能隙、自旋态的能量顺序
----------------------------------------------------
2016.01.06 19:05:09
Q:
大神们，一天工作娱乐你们怎么分配的呢
A:
不分配
----------------------------------------------------
2016.01.06 19:28:03
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
就是扭曲结构造成的能量升高
有的时候扭曲是由于外因，诸如从初始态极小点垂直激发到另外某态势能面非极小点，也有时候是体系内因所致，诸如环张力
----------------------------------------------------
2016.01.06 19:28:41
Q:
strain energy是不是重组能？有篇文章里说which is the energy associated with the geometrical deformation of the fragments from their starting structure
A:
重组能与这有关，但属于更具体的指代
----------------------------------------------------
2016.01.06 19:30:09
Q:
老师 ADCH 和NPA 比较有什么优势吗？目前好像NPA用得比较多
A:
看群共享原子电荷计算方法的对比
对静电势、偶极矩的重现性远胜于NPA
Q:
如果要看S2垂直激发态的电荷分布是不是 TD里 root=2 ？
A:
y，还得写density
Q:
那如果不谢 density 是不是一律指的是基态布局？
写
A:
这里都提了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.01.06 19:37:41
Q:
pop=nboread 和output=wfn 一起用，坐标后面的参数怎么写？
A:
一try不就知道了
----------------------------------------------------
2016.01.06 19:59:06
Q:
把$nbo bndidx $end 和 asd.wfn写成一行，或者分别写两行，都会出错
[图片]
sob老师，件级分析导出来的txt文件为啥和程序运行结果不大一样？如图。
A:
这不是同一套数据，左图那是化合价，右图那是键级矩阵的矩阵元（键级）
两行之间必须空行
----------------------------------------------------
2016.01.06 20:00:01
Q:
大家能不能推荐几个紫外吸收光谱图的数据库？谢谢~~
A:
chemspider就有一些
----------------------------------------------------
2016.01.06 20:01:35
Q:
Sob老师，请问为什么用Lanl2dz基组以及Lanl2dz核势，优化的时候会出现 Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /export/g09/l502.exe at Thu Jan 7 03:08:38 2016. 这种错误。
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
老师我就只优化一个La原子。
A:
一个原子优化毛？
镧系用SDD，甭用lanl2
----------------------------------------------------
2016.01.06 20:07:28
Q:
sob老师今年下半年有计划来上海开班吗
A:
有可能
----------------------------------------------------
2016.01.06 20:45:17
Q:
[图片][图片]老师这是我的输入文件以及结果文件，然后出现了错误，不知道这个错误怎么回事，求指点
A:
重新算一遍
临时文件中途被删掉了
----------------------------------------------------
2016.01.06 20:52:08
Q:
当然是有这个培训就跑去呆了一个星期
我不知道啊喂去年去的
今年sob会讲gromacs
啥时候啊
A:
预计5月，群里已经提及过很多次了
----------------------------------------------------
2016.01.06 21:13:34
Q:
老师：您好！文献中说的衡量芳香性的方法：multicenter index 是您帖子里说的多中心键级吗？谢谢！
A:
是
----------------------------------------------------
2016.01.06 21:23:47
Q:
sob老师，刚才您说的矩阵中心是代表啥，不[图片]
1-2的键级算0.61吗？ 1.94代表啥？
A:
导出数据时屏幕上一定会有提示
Multiwfn绝对不会输出让用户搞不懂的信息
----------------------------------------------------
2016.01.06 21:25:17
Q:
Note: The diagonal elements are the sum of corresponding row elements
************ Bond order matrix for alpha electrons ************
是这个吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.06 21:31:33
Q:
老师您好！我想请问一下，我想要计算中性团簇的homo-lumo gap，但是我通过在out文件中找到的最高占据轨道和最低未占据轨道作差得到的结果，和我通过其阴离子的模拟光电子谱图的第一个峰和第二个峰做差得到的值差距很大这两种方法那一个更佳可靠？@Sobereva
A:
看手册5.5节
前者，前者就是直接根据定义计算。
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2016.01.06 21:44:34
Q:
请问，含有Na离子的体系至少应该选择什么基组呀？
A:
6-31G*
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2016.01.06 21:45:47
Q:
老师：您好！文献这里说的[图片]衡量芳香性的方法是您帖子里说的哪个呢？
A:
甭管那个，用NICS_ZZ就完了
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2016.01.06 21:48:49
Q:
[图片]谁有这个呀，可以做标记的，我的这个不可以做标记
[图片][图片]sob老师这个是为什么呢
A:
坐标部分把RESNAME之类那一串都去掉
用列模式编辑省事
Q:
sob老师，用列模式编辑省事是什么意思呢
[图片]删除之后还是这样的错误
老师可以帮忙看下嘛
A:
仔细看完此文自行解决
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.01.06 22:14:39
Q:
老师我用高斯计算的fchk文件放到Multiwfn中得到的Cube文件，然后按照帖子里面结合VMD绘制分子轨道图，得到HOMO图是[图片]和LUMO图[图片],对照图我又用Multiwfn绘制DOS图，我理解的是HOMO轨道的的话看起来主要是有Pd的D
A:
做轨道成分分析，如果Pd的d基函数有大量贡献就能确切说明这个了
Q:
轨道和边上4个O的P轨道，然后Lumo看起来也是由那种看不出来到底什么轨道杂化而成，我后来就直接拿那个Pd的d轨道作为第一个片段，边上4个O作为片段2，[图片]
红色的PDOS是Pd的D轨道，看起来基本在HOMO那地方没有
A:
就考察两个轨道而已，没必要做DOS
Q:
那老师，我们平常用Multiwfn绘制DOS主要有些什么作用呢?我一直还以为绘制完分子轨道之后再绘制一个DOS就可以知道具体是不是某个原子的某个轨道在HOMO/LUMO处的贡献呢
A:
考察单个轨道成份用主功能8做轨道成分分析，一下就能得到清晰的输出
Q:
而且我的fchk文件里面得到的GAP大概是3ev，在Multiwfn中看起来大概有5ev左右，我以前也没遇见过这种情况
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
以及手册4.8节的例子
Q:
我只感到了我小师妹前天晚上洗发水的味道
A:
那是你考查方式不对
----------------------------------------------------
2016.01.07 00:21:53
Q:
[图片]
origin中想对红色框住的部分填充颜色如何填充
A:
ps
----------------------------------------------------
2016.01.07 00:35:03
Q:
为了帮助SCF收敛，我使用这样的关键字行吗？
# b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity SCF(NDamp=100) int=ultrafine SCF=NoVarAcc SCF(Vshift=400) SCF=noincfock
把帮助收敛的关键字多加几个。
A:
Vshift、ndamp先不用加
如果为了更保险一点，可以把xqc加上
另外，对于仅仅计算单点的目的，可以用conver=6，这足够了，比默认的8显著更容易达到收敛限
----------------------------------------------------
2016.01.07 02:47:25
Q:
[图片]刚看到一生动的翻译。
A:
[表情]
----------------------------------------------------
2016.01.07 14:19:23
Q:
[图片]老师，做CP的时候出现这个错误是怎么回事呢？
[图片]关键词
A:
自旋多重度或者电荷设定不对。counterpoise不要用在优化的时候。积分格点用那么高完全没必要。连meta-GGA都不需要那么高。
----------------------------------------------------
2016.01.07 14:19:23
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
[图片]如何能作出这样的图呀
[图片]这种图怎么才能画出来呢，用高斯试过不一样，只是想问问就这样的怎么才能画出来呢，谢谢啦
好的，谢谢啦
chemdraw 7.0哪位老师有呀，找死了都找不到
老师，320个大大的赞
A:
用chemcraft也可以。chem3D太old
----------------------------------------------------
2016.01.07 14:20:06
Q:
请问如何缓解M06-2X在优化时难收敛的问题？
A:
还是老生常谈那些关键词，但是需要优先把积分格点质量提升上去
----------------------------------------------------
2016.01.07 14:23:30
Q:
老师，multiwfn自己也可生成这样的结构图吗？
A:
可以，进主功能0
但是并不是原子球上纯色的那种
----------------------------------------------------
2016.01.07 14:51:54
Q:
优化二聚体老是提示could not allocation memory，计算机是4G内存我输入%chk=c-1.chk
%nprocshared=8
%mem=3GB
# opt freq b3lyp/6-31+g(d) empiricaldispersion=gd3bj 这基组也不大，原子数150个左右
这种情况怎么处理各位老师们
A:
如果是windows 32bit版本最多设%mem=1.5GB
Q:
sob老师，我用的liunx系统
A:
少分配点就完了
----------------------------------------------------
2016.01.07 14:52:06
Q:
请问考虑溶剂效应时一般要重新优化，还是直接算个单点能就可以？
A:
单点
----------------------------------------------------
2016.01.07 14:52:34
Q:
那个没自己花钱买，可以放在文章中用吗
就是没有版权问题吗
你确定？
我记得好像有呢
是啊，我记得是要花钱的，虽说钱不多，但是没花钱买就用造成版权问题毕竟是不严谨的
嗯，还是确定老板买过了的在放在文章中巴
没买可以吗？
这是不是和高斯等软件的一个道理，必须要买了，才有权引用和使用？
A:
光作个图，不说什么程序作的，没人管你
Q:
我之前用过chemcraft作图是很好看，后来发现需要买就没敢用
----------------------------------------------------
2016.01.07 15:00:38
Q:
请问sob老师~您在《谈谈轨道成分的计算》一文中反复提到的分子朝向在具体操作中该符合指定呢，是加入关键词nosymm吗？
A:
在gview里显示笛卡尔坐标轴，把分子旋转到想要的朝向。然后计算时再加上nosymm免得程序自动进行旋转到标准朝向
Q:
[图片]老师~那比如这样是什么朝向呢？
A:
如图所示啊
----------------------------------------------------
2016.01.07 15:13:33
Q:
老师您好，我想请问一下，如果一种几何构型算出了几个相差较大的一阶超极化率，为什么会出现这种情况？怎么确定哪个值是可靠的？
A:
你是指分量不同？
Q:
不是，是最后算出来的总的结果
A:
怎么可能？
一个结构一个结果，怎么可能不同结果？
Q:
几何优化的时候，一种是C1到CS，还有一种是直接设置CS对称性，结果就差了好多
同一种方法和基组
A:
看最后结构差异啊
实际算极化率用的结构有差异结果自然有差异
Q:
如果得到的结构差不多，怎么判断哪个结构是合理的呢！
A:
不要用叹号
前提是都优化过，最后没虚频
然后比较能量
----------------------------------------------------
2016.01.07 15:18:40
Q:
直接用polar关键词算超极化率和用TDDFT采取SOS 一般是不是前者更加精确一点？特别是前者有解析解的时候？
A:
对
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2016.01.07 15:19:36
Q:
sob老师现在买相机买微单么还是买个入门的单反就行了哦
就照景
微单
微单携带方便
A:
+1
Q:
前一整子我买了EM5ii。。。
嗯。。我买的是奥林巴斯的。。旗下的镜头群相对便宜
A:
要买单反就上全幅
----------------------------------------------------
2016.01.07 15:35:27
Q:
Multiwfn能够定量表征电荷转移吗
A:
可
Q:
老师，用那一部分功能
A:
算原子电荷求差值，或者做电荷位移曲线（手册4.13.6节例子）
Q:
这个能用在有机晶体分子中吗
A:
你得先把有机分子晶体截取成团簇来研究
Multiwfn不支持周期性波函数
----------------------------------------------------
2016.01.07 15:41:19
Q:
老师原子电荷求差 multiwfn能辅助计算吗？还是需要excel 手动呢几个原子组成的片段电荷也要用excel吗？
A:
求差这么点事还用得着辅助程序[表情]
Q:
sob老师 multiwfn里电子空穴分析里的电荷密度差和 sob老师博文里的做各类密度差（里面包含电子密度差）有区别吗
哪个更好一些呢
A:
电子空穴分析只能用于电子激发过程
没有好不好，仔细弄清楚原理，自然能判断适合什么时候用
----------------------------------------------------
2016.01.07 15:42:36
Q:
antisymmetric highest
occupied MO (HOMO) 怎么理解反对称性呢谢谢
A:
没上下文没法说
Q:
[图片][图片] 有劳了反对称性 [表情]
[图片][图片] 有劳了反对称性 /可怜
A:
对称还是反对称，一看轨道相位自然就清楚了
----------------------------------------------------
2016.01.07 15:59:21
Q:
[图片]
老师您上次说熵不用校正这里有它的校正因子
是怎么回事
A:
熵有校正因子，但不是很高温时，是否校正影响很小，如果懒就不用专门考虑对它的校正
----------------------------------------------------
2016.01.07 16:12:08
Q:
Sob老师，如果能垒如果是用低水平热力学校正+高水平单点算出来的，如何用kisthelp算速率常数呢？
A:
自己改一下freq输出文件，把里面的电子能量替换成你在高水平下得到的就行了
Q:
只改Sum of electronic and thermal Free Energies=这一处，还是所有的电子能量位置都要改？
A:
试试就知道
Q:
/OK好的，谢谢
[表情]好的，谢谢
A:
要么直接改kinp文件里的POTENTIAL ENERGY一项也可以，kisthelp载入高斯输出文件后也会自动先转成kinp才处理的
----------------------------------------------------
2016.01.07 16:17:46
Q:
打扰大家一下了，请问做p-p堆积，分子较大，计算两个堆积分子的频率时还可以加哪些关键词来增加精确度？谢谢了。
A:
opt=tight int=ultrafine
----------------------------------------------------
2016.01.07 16:20:05
Q:
有机分子片段用MM2力场优化，之后算一阶超极化率，准确吗
A:
用DFT
Q:
DFT计算不收敛
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
用MM2优化被拒是自找的
----------------------------------------------------
2016.01.07 16:26:37
Q:
对不起老师，我又看到一个糊里糊涂的输入文件（我也很愁啊.....必须求证一下）他优化闭壳层有机分子基态结构的时候（没有发生断键），加了guess=(mix,save),用的还是限制性计算R
这个需要吗？我记得mix是用来做对称性破缺的。手册里讲是破坏对称性。既然用了R，再加mix是什么意思？
A:
毫无意义
那人一知半解
----------------------------------------------------
2016.01.07 16:54:24
Q:
有没有软件可以根据g09 的计算出来的频率，再计算Zero-point correction 和 Thermal correction 的值？？？
A:
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
----------------------------------------------------
2016.01.07 16:55:32
Q:
问大家个问题，频率分析速度极慢有没有可能是精度不够，还是有其他原因
A:
跟精度没关系
取决于体系、计算级别
----------------------------------------------------
2016.01.07 16:55:32
Q:
[图片]老师，你ppt中的一句话。是说过渡态的虚频越大对应于势垒越窄、粒子越轻吗？这个粒子是特指参与反应的粒子还是体系所有粒子？
A:
当然是参与反应的粒子
----------------------------------------------------
2016.01.07 16:59:09
Q:
谢谢浊流老师我没有注意这两个修正间的差别我会好好看看再和您讨论一下。
老师我在做Freqchk得到不同类型校正的热力学量时会出现无力常数文件这个力常数文件该怎么生成？
A:
freq任务
----------------------------------------------------
2016.01.07 17:24:47
Q:
Shermo 有办法能使用smd模型吗？
A:
跟shermo没任何直接关系
那是量化程序里计算的事
----------------------------------------------------
2016.01.07 17:25:50
Q:
请问各位ch……o这种氢键有多弱？跟普通的氢键比起来
A:
也就一般氢键不到1/3的键能
----------------------------------------------------
2016.01.07 17:27:17
Q:
[图片]请问大神们，这里的π键特性之类的是什么意思，假如一个弱相互作用的椭圆度为3-7，这就是说这个弱相互作用比单键要强？还是说明参与这个弱相互作用的形成的给电子体给出的是π电子？
A:
Ståtile 和强度根本没直接关系。这是衡量BCP的电子密度的椭率，sigma键是轴对称的，椭率为0，pi特征越强椭率越大，讨论化学键的时候才会涉及，完全牵扯不到弱相互作用
Q:
我看很多研究氢键的也把这个椭圆度拿出来说了
A:
瞎讨论
----------------------------------------------------
2016.01.07 18:48:17
Q:
导师给改的文章像这样Instead helicenes carrying several hetero-atoms, like the triaryl-amines of refs (Longhi et al. J. PhotoBiol. And Photochem. 2016) or the systems studied by Crassous et al.是不是需要找到相应的参考文献啊，
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.07 18:49:53
Q:
[图片] 老师我在一定的温度和压力下算的熵值和数据库中的熵值差很多，这是为什么？
A:
原因多了去了
先看计算模型有无可比性
----------------------------------------------------
2016.01.07 19:20:40
Q:
这个moments of inertia 三个数都连在一起了，怎么区分？@Sobereva
[图片]
A:
一看小数位数就知道了
Q:
如果是星号是什么情况？
[图片]
A:
上万了
不用管，非要得到可以用Multiwfn主功能100里的子功能21
----------------------------------------------------
2016.01.08 14:48:26
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
高斯就支持扩展休克尔方法计算。原始的休克尔方法只能算pi电子，没什么实用性。
----------------------------------------------------
2016.01.07 19:36:17
Q:
我是想把 moments of inertia写到shermo.ini里，想这种星号的情况怎么写？
A:
用输出的转动常数或转动温度简单换算一下就知道了
----------------------------------------------------
2016.01.07 23:06:29
Q:
[图片]显示行数过少，昨天sob老师说手册上有，我还是木有找到，请问如何设置？
A:
那一节写着解决方法啊
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.07 23:07:13
Q:
firefly gamess的manual中说明说有这么一句话This kind of run applies only to ab initio cases.是不是说只能用从头算方法才能做能量分解
A:
y
Q:
那这不是晕乎了吗，我用DFT-D优化的二聚体的结构，到这要用从从头算做能量分解是不是就没有意义了
A:
DFT一般也算从头算
你得看它到底具体支持什么方法
GAMESS以前的morokuma方法只支持HF，现在GAMESS-US的LMOEDA能支持任何方法
----------------------------------------------------
2016.01.07 23:15:10
Q:
请问各位老师、同学，谁能帮我推荐几款算周期比较好的免费量化软件？
A:
quantum espresso
----------------------------------------------------
2016.01.07 23:26:13
Q:
sob老师能做能量分解的免费软件除了gamess还有那些，麻烦老师推荐个好上手的
A:
Q-Chem，要钱
Molpro，要钱
Q:
PSI4 @计算化学噶兵
而且好用..
A:
PSI4不支持赝势是很残疾的事
----------------------------------------------------
2016.01.07 23:31:25
Q:
用molclus 筛选出来的结构有三个虚频，怎么办？
A:
手动继续优化
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.01.08 00:07:34
Q:
用b3lyp/6-311++g(d,p)优化的结构，再用 b3lyp/6-31g(d)算的频率，有三个虚频，会不会是使用不同基组的原因？
A:
常识啊
Q:
什么常识？
A:
稍有计算化学常识的人都知道，freq和opt用的级别必须严格一致
Q:
方法和基组都是一样的，但opt使用smd模型，freq是真空，这样可以吗？
A:
不可
Q:
g09d01的freq不能d3矫正吧？
A:
能
Q:
e01和d01的区别有这么行， Frequencies using GD3BJ dispersion are now correct. Frequencies for other variants of Grimme D3 dispersion were correct in D.01 unless atoms having coordination numbers of 8 or more were involved.
怎么理解？
A:
D.01下零阻尼的频率没问题，BJ阻尼的频率对于柔性振动模式不准确，刚性的没什么问题
Q:
又涨知识了，谢谢sob
是不是说e01解决了BJ阻尼的频率对柔性振动模式不准的问题？
A:
y
Q:
用b3lyp/6-311++g(d,p)/smd(toluene)优化结构，再用m06-2x/def2-tzvpp/smd(toluene)计算单点能，这没有问题吧？
A:
莫名奇妙的组合。
M062X/6-31G**优化，M062X/TZVP算单点
或者更高级点，M062X/TZVP优化，M062X/def2TZVP算单点才说得通
Q:
我是看K. N. Houk组发的文章有些就是怎么算的，所以我也想试试。
A:
优化给弥散，单点又不给，莫名其妙之一
单点用M062X，计算量又在B3LYP同一级别，非要换泛函，莫名其妙之二
另外讨论级别时不能离开研究的体系
----------------------------------------------------
2016.01.08 00:17:57
Q:
ifort15编译的gamess怎么不能算mcqdpt?
A:
能
Q:
测试过?
A:
没说你的问题
----------------------------------------------------
2016.01.08 00:34:01
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
y
莫名奇妙的组合。
M062X/6-31G**优化，M062X/TZVP算单点
或者更高级点，M062X/TZVP优化，M062X/def2TZVP算单点才说得通
优化给弥散，单点又不给，莫名其妙之一
单点用M062X，计算量又在B3LYP同一级别，非要换泛函，莫名其妙之二
Q:
一般都是这种， Electronic energies were obtained from single-point calculations on the B3LYP geometries using Truhlar’s M06 functional with a mixed basis set consisting of SDD for Ir and the triple-ζ split-valence 6-311G(d,p) basis set for other atoms.
优化用b3lyp,单点用m06
A:
择其善者而从之，其不善者而改之
----------------------------------------------------
2016.01.08 02:39:02
Q:
不过M06-2X优化，PBE0计算激发，这没问题吧？
A:
可
Q:
PBE0是否不能考虑色散？
A:
不能考虑
----------------------------------------------------
2016.01.08 14:48:26
Q:
请教开壳层的homo和lumo间的gap值作比较时发现 a1>a2 b2>b1 这种情况怎么破[图片][图片]能不能求得总的gap值，在作比较
A:
第一个片段是单重态，alpha和beta电子数相等，所以自然不用翻转，片段2的自旋多重度直接和整个体系就对上了
----------------------------------------------------
2016.01.08 14:48:26
Q:
周期性体系可以算bsse吗？
A:
原子中心基组算周期性还是会有BSSE问题，原理上也可以用类似counterpoise，或者用gCP方法处理。平面波没有BSSE问题
----------------------------------------------------
2016.01.08 14:51:38
Q:
请教sob老师 aimd可以用来研究一个化合物在溶液中的分解反应或者说稳定性吗？
不如组集群了
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.01.08 15:08:18
Q:
问大家一个问题：在模拟中（分子动力学的一些文献），比如说400K，蛋白和水溶液的体系，这时候是按照道理水应该都是气态了吧，这时候仍然用常规的动力学，合理么？
A:
可以固定盒子尺寸，当然此时压力就会很高了
----------------------------------------------------
2016.01.08 15:09:46
Q:
老师及各位同仁，麻烦问一下，
看了卢老师的帖子“Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法”。
在分析磷光的发射跃迁归属的时候，使用了如下的方法进行计算。（体系基态下本身是单重态的）
[图片]
得到的输出结果中T1的性质如下：
[图片]
可以认为发射主要是来自轨道对“145->146”的跃迁么？
假设MO145主要分布在体系的A部分，而MO146主要分布在体系的B部分，你们发射跃迁的归属应该认为是从A到B的电荷转移跃迁，还是应该反过来，认为是从B到A的电荷转移跃迁呢？谢谢
老师及各位同仁，麻烦问一下，
看了卢老师的帖子“Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法”。
在分析磷光的发射跃迁归属的时候，使用了如下的方法进行计算。（体系基态下本身是单重态的）
[图片]
得到的输出结果中T1的性质如下：
[图片]
可以认为发射主要是来自轨道对“145->146”的跃迁么？
假设MO145主要分布在体系的A部分，而MO146主要分布在体系的B部分，你们发射跃迁的归属应该认为是从A到B的电荷转移跃迁，还是应该反过来，认为是从B到A的电荷转移跃迁呢？谢谢
A:
可以。发射过程是电子从B部分向A部分转移
----------------------------------------------------
2016.01.08 15:09:57
Q:
NVT下跑？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.08 15:29:55
Q:
请问各位专家，Freq分析收敛失败怎么办？
%nprocshared=16
Will use up to 16 processors via shared memory.
%mem=14GB
%chk=Nn-Freq1.chk
--------------------------------------------------------------
# freq rowb97xd/aug-cc-pvqz geom=connectivity scf=maxcycle=200
SCF Done: E(ROwB97XD) = -382.618565462 A.U. after 201 cycles
NFock=200 Conv=0.19D-06 -V/T= 2.0037
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7500 S= 0.5000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.7500, after 0.7500
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/huangry/gaussian//g09/l502.exe at Fri Jan 8 09:52:40 2016.
Job cpu time: 9 days 3 hours 57 minutes 15.4 seconds.
请问各位专家，Freq分析收敛失败怎么办？
%nprocshared=16
Will use up to 16 processors via shared memory.
%mem=14GB
%chk=Nn-Freq1.chk
--------------------------------------------------------------
# freq rowb97xd/aug-cc-pvqz geom=connectivity scf=maxcycle=200
SCF Done: E(ROwB97XD) = -382.618565462 A.U. after 201 cycles
NFock=200 Conv=0.19D-06 -V/T= 2.0037
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7500 S= 0.5000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.7500, after 0.7500
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/huangry/gaussian//g
09/l502.exe at Fri Jan 8 09:52:40 2016.
Job cpu time: 9 days 3 hours 57 minutes 15.4 seconds.
收敛失败，
参考这篇文章
【链接】解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
谢谢！参考过了。是不是要加大循环次数？
A:
完全没参考过
[图片]
U比RO容易收敛
aug-cc-pvqz这种基组给wb97XD完全是白费时间
Q:
aug-cc-pvqz这种基组给wb97XD完全是白费时间? 基组过大?
方法过低？
A:
DFT在TZ级别就已经饱和了，提到QZ毫无意义（除非是ORCA那种开RI，QZ的代价也不高）。何况频率计算对基组本身很不敏感，TZVP已经绰绰有余了。而且dunning基组收缩度太高，给DFT用耗时太高，远不如ahrichs基组划算
而且弥散函数对频率计算影响很小，这么大基组，还RO，势必造成收敛困难
Q:
谢谢华电老师！我计算的分子带两个单位负电荷及含三元环，仅含两个C五个N原子。请教用什么方法及基组最好
A:
ma-TZVP绰绰有余了
----------------------------------------------------
2016.01.08 15:33:27
Q:
请问各位老师、买正版的nbo6、用盗版的mkl可以吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.01.08 17:50:53
Q:
[图片]老师，假如我这个是拓扑分析得到的图，键径是原子A到C，但是这个键径确实弯曲的，键临界点也更像是在A与B之间，请问老师，这个究竟应该怎么理解？之间形成的是弱相互作用力，我想知道这个作用是A与C的还是A与B的。
@Sobereva
[图片]老师，这是用电脑画的，可能更好看一点。从静电势分析，如果可以形成类似氢键的弱相互作用，A更应该和B作用，如果做个拉普拉斯图，A的富电子区域和B的缺点区域不在一条直线上，有一个30度角的偏差。而现在键径又是这样的，所以很奇怪，如果RDG图的话，等直面就在红色点位置上，也就是键临界点。所以我弄不明白A究竟是跟B作用还是C作用，故而求助。
A:
Gery 用RDG方法考察
可以同时作用啊
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2016.01.08 17:51:05
Q:
g09是怎么用转动常数或转动温度计算 moments of inertia ?
A:
Shermo的文档里有公式
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2016.01.08 18:13:21
Q:
不能把shermo.ini 的moments of inertia 输入替换成rotational constants ？因为moments of inertia 有时是星号，有时三个数都连到一起
A:
不能
Q:
不能改改Shermo.f90吗？
A:
可啊
Q:
能不能在以后的版本中以转动常数或转动温度作为输入参数？
A:
没必要在公开版本中进行任何修改
自己改一下程序就完了
公式在文档里写得都极尽清楚了
Q:
不会fortran啊
A:
学
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2016.01.08 18:32:19
Q:
在origin中作图，为什么线条有锯齿？如[图片]。如何调整？
我已经试了很多次了
现在还没找到解决方法
A:
保存高像素图片，放到ps里缩小，重新采样的过程就会等效地消锯齿
----------------------------------------------------
2016.01.08 18:40:13
Q:
请教大家个问题，我计算了一种气体的吸附能为-12kJ/mol，但是审稿人提出的意见是the deviation of DFT method is 3 kcal/mol。说我的吸附能比计算偏差还小。我要怎么回复呀？
审稿人的意思是我的计算可能存在误差，不能够精确说明问题。所以我现在就蒙了
A:
一般泛函结合DFT-D绝对误差绝对到不了那么大
Q:
我计算的时候是Sobereva说的这样泛函结合DFT-D的
那大家觉得有什么好的回答方式吗？
A:
找茬罢了
随便找几个弱相互作用测试的文章，看里面平均误差，立马就被驳回了
Q:
嗯嗯
那我就是选几篇文献，参考文献里的数值，说我的计算结果是在合理范围内的。我这样回答行吗？第一次投文章，所以面对这样的问题不知道怎么回答
A:
可
----------------------------------------------------
2016.01.08 21:05:47
Q:
[图片]
这行是不是错了？
shermo.f90
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.08 21:09:27
Q:
[图片] 老师这种图用什么软件生成？谢谢诶
A:
chemdraw+powerpoint
----------------------------------------------------
2016.01.08 21:10:34
Q:
我是想说HMO用什么软件算出来。。。
A:
自己写
怎么算结构化学书上都有
Q:
额有傻瓜程序么
A:
没
非要HMO而不用EHMO只能自己搞
EHMO的程序大把
Q:
噢那老师推荐个EHMO程序呗
A:
已经回复过了，高斯就能
Q:
老师，我在g09说明书里找不到EHMO关键词，能给个计算实例么
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.08 21:25:39
Q:
老师请问一下苯环的这个电子云图，使用什么软件能画出来么？
[图片]
A:
Multiwfn里显示pi密度的等值面就完了
非得和这个图的风格一模一样必须ps
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.08 21:26:16
Q:
sob老师~请问VMD中能修改单双键吗？谢谢
A:
修改单双键必须通过命令行，比较麻烦，而且双键会以套筒来显示，并不好看
----------------------------------------------------
2016.01.08 21:27:28
Q:
老师我用高斯的话能简单的画出来么？或者ChemDraw？
A:
都不能
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2016.01.08 21:27:44
Q:
sob老师，我记得之前您说过如何方便通过Multiwfn方便做轨道能级图的，能否再给说下，谢谢了
是out,wfx,fch哪个文件输入到Multiwfn里
A:
哪种能级图？
Q:
[图片]类似于这种的
A:
把DOS图竖过来，只显示竖线，自行标上箭头，稍微ps一下就出来
Q:
好的，谢谢sob
用Multiwfn打开哪种文件可以显示所有轨道的电子伏单位的能量呢
我咋没找到，记得以前有看到过
A:
fch
进主功能0
这里都提到了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.01.08 21:36:52
Q:
隐形的翅膀已加入该群 ##**##1,5,0,5,0,597272933
A:
又满了
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2016.01.08 21:51:26
Q:
咨询一下，CIS怎样对第一单重激发态（s1）做频率分析？是这样吗： #p CIS/6-31g* freq .....。谢谢指点。
A:
y
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2016.01.08 22:11:35
Q:
……请问，NMR的计算，是不是很非主流啊……遇到了实验上的相应任务，但是感觉从未见过，不知道这种搞法精确度和可行性如何？
唔，500个原子以内吧
500个原子左右的规模，精确度和实验相比呢？能对上吗？
你为了对实验是吗买机器呗
买机器，意思是说，需要比较多的核的意思？
计算为了对实验，个人觉得有点无聊。
500个大是无聊
我也不想搞这种事情
那你算的是机理不是对实验
那和NMR就其实关系不大
啥核磁偏移什么的，包合之类的弱作用，谁知道有没有
弱作用 500个原子就这两点足以祝你幸福了
大体系弱作用倒是有帖子说……NMR我的确不清楚
E神的文风，大大地好
如果精度不咋地那还是放弃这个思路吧
弱作用你就不能用粗略的方法啊挑基组还500 艾玛
如果是机理，很难预料会发生什么
我大概说一下吧，就是实验上验证存在包合，反应出来就是NMR峰偏了，所以想看一下如果是所预料的构象的话，是否会造成NMR峰偏的情况
验证弱作用考虑用RDG吧……但是NMR呢，defSVP对其精度几何？
A:
偏低
Q:
如果需要到aug-cc-pvdz的我还是放弃吧……
A:
算NMR弥散毫无意义
Q:
说得好像跟defSVP 500个原子很好搞定似的
A:
算NMR强烈推荐pcS-1，6-31G**大小却不输于def2-TZVP
实在搞不动用pcS-0
Q:
还是祝幸福啊
几何优化用PM6-D3H4咯……就是不知道单点能的计算要到什么程度，另外defSVP大概一天吧，这个体系
首先还得结构优化吧
恩先最好精确优化
是否有若干种构象
这个坑比较大
[图片]那我还是选择狗带吧
是
比算NMR大
的多
看个比例咯
只有一个体系就是一个500的话可以试试再去死不用直接狗带可是如果有很多体系要算可以直接死
如果正确的结构一时想不到，有的罪受了。
我觉得能说明有偏移就行了……理论在我们老师眼里从来不是主导
[图片]那还是试试吧
老师您说的pcS-0算得动500个原子的体系吗？
A:
算NMR还是非常困难的
Q:
恩够呛方法还是pcS-0 先试
A:
实在搞不动可以用半经验，TNDO是专门算NMR的半经验
Q:
唔……我也觉得很头疼，多谢各位啦，那还是试试再死吧
TNDO吗……如果是弱作用存在的话，这种影响TNDO应该是反映不出来的吧？
A:
显然反映不了
Q:
无解。。。
A:
PM6-D3H4优化，TNDO算NMR
说来最近被PM6-D3H4狠狠坑了一次
优化小分子复合物，发现怎么结合能算出来那么怪异，反复研究半天，原来是PM6-D3H4优化复合物后其中小分子构型严重偏离实际能量最低构型，导致之后再用DFT算单点时，严重高估了变形能
后来改用PM7，倒是没这个问题
所以现在觉得，PM7或许整体结构优化精度不如PM6-D3H4，但出现离谱的情况应该会比PM6-D3H4少
PM6-DH+、PM6-D3也和PM6-D3H4有同样的问题，说明是PM6自身问题
Q:
大家现在研究氢键有用X3BLYP的吗？
A:
早过时喽
DFT-D3出来后就被秒杀了
Q:
如果不追求精度，B3LYP是否还能勉强使用？
A:
加D3啊，免费的
Q:
Gaussian09才能使用的吧
我还没有09版权呢
A:
那就用orca
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
谢谢sob
同个基组和同个DFT方法下，加D3后的计算速度变化大吗
A:
根本无影响
----------------------------------------------------
2016.01.08 22:46:58
Q:
新加的成员，向大家致敬问好。有一个很棘手的问题想请大家参详帮忙。如何给晶体材料在linux系统下采用MS赋予qeq电荷。前提是采用的还素如文件不可以是酮MS导出的xsd工程文件，而是car，mol，cif，pdb等较为容易读写的文件啊。很需要请各位朋友帮帮忙。
如果有什么比较好的并行的qeq附电荷的程序（是Goddard_reviews的）也可以推荐一下
我想在何来那个中办法，任何一种都能帮到我
我想这两种办法，任何一种都能帮到我
A:
看不懂你的叙述
高斯就可以计算QEq电荷
Q:
我需要的是快速能够给出电荷的
gauss也可以吗？
A:
y
Q:
那请大哥给一下算qeq电荷的一个实例，看看我能不能用上，可以吗？
A:
Gaussian中用UFF=QEq做分子力场计算，就会对原子使用QEq电荷，在计算一开始也能看到QEq原子电荷，如
QEq charges:
-0.591707TT 0.295854TT 0.295854TT
----------------------------------------------------
2016.01.08 22:52:39
Q:
对了，请问Sobereva大神，在gauss里面算的qeq电荷是Goddard_Reviews
A:
什么review
Q:
就是很多人都提出或者改进了qeq电荷，但是我需要的是Goddard_Reviews提出的那一套
A:
意义不明
自行拿高斯跟MS对照一下结果就清楚了
----------------------------------------------------
2016.01.08 23:10:24
Q:
安装orca遇到问题了，麻烦谁指点下，我把orca解压到/home/whj/orca下，然后设置环境变量，echo 'export PATH=$PATH:$HOME/whj/orca/orca' >> ~/.bash_profile;
source ~/.bash_profile.之后输入orca提示command not found，是不是环境变量设置错了，
A:
export PATH=$PATH:$HOME/whj/orca/
Q:
谢谢sob老师，直接在终端键入export PATH=$PATH:$HOME/whj/orca/就好了吗
A:
y
Q:
sob老师:$HOME/whj/orca/这个是不是就是解压后产生一系列文件地址
A:
y
Q:
[图片]
问什么还是提示command not found
还的得麻烦老师指点
怎么写环境变量，谁linux给我说哈啊
3. Paste the following text (environment variable setting) into
the Terminal window and press Enter:
echo 'export PATH=$PATH:$HOME/orca' >> ~/.bash_profile;
source ~/.bash_profile这是manual上的
orca' >> ~这一部分是什么意思
一个简单的环境变量设不合适/撇嘴
@不取俗名-VASP，Gaussian你做弱相互作用
你用啥软件
高斯能搞定不，我也学做弱相互作用，发现高斯计算速度巨慢
主要是我穷，搞个4g8核的烂电脑先搞200个原子
是服务器
牛人啊
老师就懂他做的那点，当上博导后那个还学习做实验
A:
那么你必须借助ORCA和MOPAC
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
不是高斯慢，是你机子慢，要想算大体系必须用神器
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2016.01.08 23:56:59
Q:
请问怎样才可读懂一段程序代码？
最近读multiwfn里边esp计算的部分，n多变量，弄不清楚谁是谁，哪位老师可以给些建议呢？
跪谢跪谢跪谢。
A:
是参考cook book那本书的积分方法写的
没办法，读运算部分的代码就是复杂，往往远比自己搞懂理论算法后自己写要困难
Q:
跪谢Sob前辈，请问cook book是一书名吗？
A:
Handbook Of Computational Quantum Chemistry(David.B.Cook)
----------------------------------------------------
2016.01.08 23:13:24
Q:
fortran程序能不能运行完自动退出，不用按回车？
A:
去掉末尾的read(*,*)
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2016.01.08 23:13:24
Q:
老师，在gaussian view中球棍模型中，键的粗细可以更改吗？
怎么改呢？谢谢啦先
A:
VMD可以改粗细
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2016.01.09 16:28:12
Q:
我设置的IRC的MaxPoint=20为何正常结束后总共才25个点？
[图片]
按说应该是每个path走20个点啊
求解，谢谢
A:
说明走到了极小点，提前结束了
Q:
IRC指向反应物，产物（能量极小点）s不是分别是正负∞吗？那为何有限步就到了极小点了？
A:
怎么会正负无穷
IRC的总长度是有限的，步长又是固定的，所以能跑的步数也是有限的
----------------------------------------------------
2016.01.09 16:49:23
Q:
测试了一下orca，180个原子，类石墨稀片，几何优化，用时TOTAL RUN TIME: 1 days 6 hours 46 minutes 29 seconds 463 msec
! opt tightscf grid4 BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J pal6
%maxcore 2500
还算比较快。
如果做弱相互作用的话，一般几何优化计算是不是不需要这么高的水平？用多高水平优化比较好。
谢谢！！
A:
几何优化用def2-SVP结合gCP就够了
----------------------------------------------------
2016.01.09 16:28:12
Q:
请教sob老师高斯的bomd的周期性盒子是不是需要把初始结构包起？
下面的图是不是错了？
[图片]
A:
不是周期性问题的话不用设盒子
----------------------------------------------------
2016.01.09 16:28:12
Q:
各位老师，我算偶极距比较化合物极性，用B3LYP/6-31+G得到的结果与实验值一致，而B3LYP/6-31+G（d）得到的结果与实验值不完全一致。那么用B3LYP/6-31+G比较几十个化合物的极性相对大小可以吗？遇到审稿人提意见说基组太小怎么破？
求各位老师指导迷津[表情]
求各位老师指导迷津/抱拳
关键是电脑配置很低，加大基组耗时太长，后期还有很多计算工作
所以想找一个尽量小的基组，只要能比较出同一条件下计算出的偶极距相对大小就行。先是用的B3LYP/6-31+G，后面听说用了弥散就要用极化函数，结果加了极化函数后计算值与实验现象不符。
加 scf=xqc，解决收敛的
在高斯中可以用SCF选项中的SD和SSD来使用最陡下降法和调整步幅的最陡下降法，但容易出错，不建议使用。SCF=QC是线搜索法和加入了阻尼的准牛顿法的结合，称二次收敛法(quadratically convergent)，虽然往往能解决收敛问题，但速度非常慢，另外可能在收敛末期出现振荡而无法收敛。建议尝试SCF=XQC，在迭代初期仍用效率高的DIIS方法，难以收敛时才转为速度慢但收敛性好的SCF=QC，使收敛性和速度都较好，但往往在DIIS的阶段就已经报错停止。
sob老师说的，你看看
又见到娃娃了
也给我点建议罗，娃娃一直很活跃的
A:
算偶极矩强烈推荐用def2-SVPD，由小又好。6-31+G与实验结果一致纯属巧合。
----------------------------------------------------
2016.01.09 16:28:12
Q:
[图片]
这个结构，使用# opt b3lyp/sto-3g geom=connectivity int=ultrafin scf=(conver=6,noincfock,maxcyc=300,nodiis)仍旧不收敛怎么办，求个给帮助
求各位给予帮助
好的，我试试
xqc是什么
好的，非常感谢
A:
STO-3G毫无意义
----------------------------------------------------
2016.01.09 16:28:12
Q:
[图片]请问各位老师~sob老师在《Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法》一文中提到的opt里面写上tight是什么样的格式？
不用打括号什么的吗？
# m062x/aug-cc-pvdz freq opt=tight nosymm
就这样吗？
我分开计算后发现全是虚频。。一起算虚频很少，不知道是不是保存gjf后的小数点问题
那怎么写才能让freq不是tight
# m062x/aug-cc-pvdz freq (opt=tight) nosymm
这样也不行吗？
唉~头疼
行吧~谢谢袁老师~娃娃老师了
是这样吗，就一个-10几的小虚频~很讨厌~稍微大一点都很容易消除
哇。。。各种师兄。。。师兄好。。
电子自旋方向？
没有
恩~好的~谢谢大师兄[表情]
老师慧眼如炬
高斯~VASP
看体系、方法、基组吧，主要还是体系
在计算条件合适的情况下
200个原子估计是有点够呛
好厉害的样子
自引~
A:
对于M06-2X，用了tight就一定要用int=ultrafine否则没效果，还可能收敛困难
----------------------------------------------------
2016.01.09 16:28:12
Q:
同样的体系，DFTB 123.65 s
PM6 188.34 s
PM3 91.15 s
=====================
DFTB的精度应该比PM6还高，综合来看，它是一个不错的选择。
A:
用半经验比DFTB省心
----------------------------------------------------
2016.01.09 17:06:22
Q:
怎么样升级amber里的PM6至PM7？
A:
升不了
----------------------------------------------------
2016.01.09 17:22:28
Q:
DFT-D是否有很大概率带来比DFT更大的计算量？
A:
有人反映DFT-D用了之后几何优化收敛步数会增多，这种情况发生时会增大计算量，其它情况不会
----------------------------------------------------
2016.01.09 17:28:44
Q:
[图片]
老师，我这个结构，用了opt b3lyp/6-311g geom=connectivity int=ultrafine scf=(conver=6,noincfock,maxcyc=300)，依旧不收敛，还有什么好方法吗
A:
用个像样的基组啊，哪能不用极化函数啊
B3LYP/6-31G* opt不收敛再说
几何优化时候别瞎放宽SCF收敛限
Q:
好，我试试，非常感谢
A:
maxcyc这样垃圾关键词不要写
----------------------------------------------------
2016.01.09 17:33:37
Q:
老师，我想买个计算的台式机，可以推荐一下吗？
@Sobereva
A:
信息量不够
Q:
*10 你还没买上
这不才考完试，正打算买，5000到六千就差不多
A:
单路计算化学攒机配置推荐
http://sobereva.com/243
Q:
关键是不太懂电脑，怕买上了又不能算
这个帖子之前就看过，可是看不太懂，我太笨了[表情][表情]
你自己掏钱还是老师掏钱
自己掏钱啊
估计是自己
呵呵
老师扣的要死
现在的老师，唉。
A:
不给paper生产工具怎么行
Q:
可以私聊么？@Sobereva
A:
不可
----------------------------------------------------
2016.01.09 18:11:10
Q:
mpich2和openmpi有啥区别
A:
it is important to recognize how MPICH and OpenMPI are different, i.e. that they are designed to meet different needs. MPICH is supposed to be high-quality reference implementation of the latest MPI standard and the basis for derivative implementations to meet special purpose needs. OpenMPI targets the common case, both in terms of usage and network conduits.
两种MPI库，初衷有异
----------------------------------------------------
2016.01.09 18:13:13
Q:
那orca能用mpich2 吗sob老师
A:
没试过，够呛
----------------------------------------------------
2016.01.09 18:17:30
Q:
请问老师溶剂化能和溶剂化自由能，有什么区别吗？
A:
一般计算化学里说的溶剂化能就是指溶剂化自由能，但也有溶剂化过程的焓变之类，所以后者更具体一些
----------------------------------------------------
2016.01.09 20:17:19
Q:
老师，我把wfn文件拖进Multiwfn里面，选12 开始计算。因为我的笔记本配置很低，算的可慢，我能否把这个结果存起来啊？这样我就不用每次想要看极值点的图时候都重新算了。
A:
后处理菜单有选项，可以导出，看手册4.12.7节
----------------------------------------------------
2016.01.09 20:20:57
Q:
各位老师，我想要计算一个分子能不能得失电子，请问就是在gaussian计算中分别计算得一个电子及不得电子的状态吗？然后如何看这个差别呢？是要看homo lumo来分析吗？谢谢各位老师，麻烦各位老师帮忙指导一下，谢谢谢谢
A:
算电离能和电子亲和能
Q:
[表情]感谢老师，这个您有相关的帖子吗？
能否用multiwfn计算？参照哪一章呢？谢谢老师
A:
[图片]
[图片]
Q:
感谢老师，但是这个需要使用什么计算来实现呢
A:
量化程序
Q:
谢谢老师，用gaussian能实现吗？用哪方面的功能呢？谢谢老师
A:
单点啊
----------------------------------------------------
2016.01.09 20:46:00
Q:
sob老师，你在大体系弱相互作用提到对于大于300原子的能量用BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J，那可不可以用它来优化，
A:
可以。不过这么大体系用这个级别优化还是相当耗时的
Q:
sob，老师那选择哪个基组速度好还能得到可靠的结构那
A:
半经验
你用的那个级别是DFT的底限
----------------------------------------------------
2016.01.09 20:52:12
Q:
sob老师，请问算开壳层结构用EPR-I，II基组有什么好处吗，是获得的EPR谱信息更好，还是可以获得特别的别的基组得不到的信息
A:
算EPR、超精细耦合才需要用EPR-I/II，其它情况甭用
----------------------------------------------------
2016.01.09 20:52:40
Q:
希望比较一90个原子含Co的金属有机体系，在硅胶表面 vs 溶液中的反应活化能，学习什么软件合适？（目前只会Gaussian和一点ORCA）
A:
高斯和ORCA就够了
Q:
之前估算，粗略的把体系视为一个长方体，吸附的那一面大概有8A×14A，取一个比如4*7个SiO2晶胞的团簇、厚度1层晶胞、来吸附它，有将近700个原子，如何计算
A:
半经验优化+DFT单点
----------------------------------------------------
2016.01.09 21:44:34
Q:
SCC-DFTB 和 DFTB有什么不同吗？
去掉弥散就收敛了
A:
SCC增加了让电荷自洽的过程，需要迭代求解，精度会有所提高
Q:
速度会有所减慢？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.09 21:45:19
Q:
Sobereva老师请问[图片] Duschinsky Transformation中的K值这么大正常吗？
请问各位老师“α、β电子的HOMO轨道主要由Ir原子的5[图片]轨道和O原子的2[图片]轨道线性组合而成”这句话的表达正确吗？
A:
应该写“都主要由”
----------------------------------------------------
2016.01.09 22:45:48
Q:
群主， G03W D版本能不能做 “4.100.8 Perform simple energy decomposition by using combined fragment wavefunctions ”
A:
可能能
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2016.01.09 23:20:31
Q:
有没有朋友有电子类，计算机，或相关方向的文章北大核心可以挂第二第三第四或者更后作者的，要求6月能出刊，7月底能在知网检索到的。有重酬！速联系请大家帮个忙
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.10 15:43:41
Q:
请问各位老师，该怎么给def2-tzvp基组加弥散呢？而且在算单点能时，用mp2/def2-tzvp(加弥散）合适吗
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.10 15:43:41
Q:
[图片]跟大家请教一下啊 chemcraft中的键长是不是只能移动不能旋转
A:
自行ps
----------------------------------------------------
2016.01.10 15:43:41
Q:
近段时间跑了若干个MD，我发现，在某种程度上，MD是可以修正PDB结构甚至能得到正确的PDB结构。MD没那么不靠谱。
A:
恩，NMR解蛋白接结构很多情况都是结合MD进行的
----------------------------------------------------
2016.01.10 16:18:21
Q:
请问一下，画RDG等值面的时候，发现还有分子边缘的部分掺入，应该怎么处理呢？
[图片]
难看了一点，大概就是这种情况
[图片]
A:
延展距离设得太大了
----------------------------------------------------
2016.01.10 17:06:41
Q:
弱弱地问一下，Gaussian 里设置同位素是这样吗？
[图片]
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.10 17:10:49
A:
exploring的作者介绍，Frisch好诡异
[图片]
Q:
是那个大个子么？
A:
胖子
Q:
Armstrong
[图片]
A:
貌似完全不懂量化
----------------------------------------------------
2016.01.10 17:44:26
Q:
[图片]
这种小的虚频如何消除
A:
这不叫虚频
看的是后面输出的3N-6个频率
Q:
老师，在那一块查是否为虚频
A:
后头输出的
别看这儿的
Q:
[图片]
是这种位置看吗
A:
y
Q:
[图片]sob老师，我在网上看到消除虚频的说法是把虚频的坐标乘以0.1加到优化完结构的坐标上，像我这么大的虚频也可以这么做吗？
A:
那些都是以讹传讹的做法，我批判过无数次了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.01.10 18:20:18
Q:
第三周期金属元素的计算，需要考虑相对论效应吗？有合适的文献吗？@Sobereva
从Sc开始
哦说错了是3d金属
哦说错了是3d金属@Sobereva
A:
考不考虑都行
----------------------------------------------------
2016.01.10 18:24:28
Q:
各位老师，高斯自带的基组里没有 def2-SVPD ，问一下如何下载得到？[表情]
A:
EMSL
Q:
这是def2-SVPD基组信息，选得gaussian94,需要元素是C、O、S、H，就只要点这几个元素吗？
A:
y
Q:
老师，我直接复制EMSL的 def2-SVPD “basis set”到高斯的Add.Inp，然后关键字如下
[图片]
请问一下其中有疏漏或错误吗？另外由于是用了多台电脑，有的maxdisk选的1G，有的选的2G，会对基态偶极矩的计算结果造成影响吗？
A:
无影响
----------------------------------------------------
2016.01.10 20:40:26
Q:
我想请问一下，multiful有没有中文说明书啊？我想看看。谢谢各位
同问，不过multiful是什么软件呢？
A:
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
这里都说了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Q:
multiwfn读取的文件是计算出的能量输出文件吗？
老师，Multiwfn能读取Gamesss的输出文件吗？
A:
tips那个文章里都写了
----------------------------------------------------
2016.01.10 20:57:46
Q:
各位老师，请问怎么获取结构的前线轨道（HOMO和LUMO轨道）信息和[图片]的值？谢谢各位老师@Sobereva
A:
明确说那代表什么意思。
反正肯定用Multiwfn能得到
无非就是诸如前线轨道密度这样的值
看轨道
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
轨道成分分析
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
----------------------------------------------------
2016.01.10 21:13:27
Q:
请问 G09D01，如果用DFＴ-D3的GD3BJ算频率，只能用freq=numerical这个关键字才不容易出现虚频吧？
A:
刚性振动模式没事，柔性的直接用freq可能有虚频，numer可以确保无问题但是太不值得
----------------------------------------------------
2016.01.10 21:19:18
Q:
请教：以[图片]这样的方法做了优化，现在要做频率计算，计算热力学数据是不是只要把OPT换成freq就行了？
D3 GCP（DFT/SVP） def2-svp/J 这三个关键词能否去掉？
还有就是我的体系400个原子左右用ORCA的计算频率的话需要很大内存吗？
[emoji] 还有就是我的体系400个原子左右用ORCA的计算频率的话需要很大内存吗？
A:
当然不能去掉
需要
Q:
16G能不能顶起呢？
那估计没法得到热力学数据了我算的时候用一个核计算最后cpu使用总是上不去一看是内存满了而且硬盘的红灯一直亮 .... 这种情况的话，除了更大的内存是不是没得办法了？
A:
半经验啊
Q:
但是我的优化用这个方法算过了
A:
热力学校正量用半经验，结构、单点用DFT
Q:
热力学的数据是频率计算得到的，如果不和优化保持一致，岂不是没有意义？
A:
你先用半经验优化啊
----------------------------------------------------
2016.01.10 21:28:06
Q:
[图片]
Sob老师，CP转换的条件都有啥呀？
我知道转化点的能量差值需要相近，还要其他条件吗？是否要求中间体或者过渡态构型相近？
[表情]
/可爱
A:
先看此文
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
----------------------------------------------------
2016.01.10 21:33:27
Q:
用半径验方法的优化结构和 DFT的结构会有差距，所以半经验的热力学校正和DFT的会有误差，这个误差是不是忽略不计了？
A:
不是忽略不计，而是不得已只能用低级别的计算热力学校正量
PS：记得考虑频率校正因子
----------------------------------------------------
2016.01.10 22:14:46
Q:
求问谁有Gaussian 09 windows并行版的下载地址？
A:
群共享有
----------------------------------------------------
2016.01.10 23:02:53
Q:
sob老师我看手册里面做的DOS态密度是横向的，您知道如何做出来纵向的DOS图吗？如下图，简单的把对应的X,Y互换好像不行。
[图片]
A:
导出数据，到origin里作图
适当ps
----------------------------------------------------
2016.01.11 05:53:01
A:
新出来一篇测试不同泛函计算有机分子结构参数的文章，XYG3好烂，真给双杂化泛函丢脸
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.5b01144
[图片]
Q:
请教sob老师怎么从名称上认出双杂化泛函
A:
名字上看不出来，得实现知道
----------------------------------------------------
2016.01.11 06:44:58
Q:
请问有用windows 版 ORCA的吗
最后出现error termination in ORCA_GTOInt
我就算的一个H2O的单点啊
出错的信息提示
[图片]
mpirun is not.recognized. as an internal or. ..
应该是windows的设置问题吧？
A:
openmpi没装好
Q:
我刚装了openmpi 1.6.2-2
A:
我记得会提示是否把openmpi目录添加进PATH环境变量里，必须选是。如果没这步就手动添加
Q:
噢安装的时候没看到这个提示
[图片]
是这一步吗
A:
对
Q:
安装的时候我选了的啊
A:
那就自己手动添加吧
否则系统找不到mpirun.exe
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:03:39
Q:
[图片] 想问下sob老师，在您的乱谈DFT-D的博文中，有这么一句说氢的弥散函数起不到什么价值还白费时间，想知道对于氢的弥散函数什么时候就是必须要加的呢@Sobereva
A:
氢带明显负电荷的时候，诸如LiH，或者计算（超）极化率、里德堡激发等问题的时候，或者弱相互作用精度要求很高的时候
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:03:39
Q:
请教各位老师，对于RMSD这个值的大小，代表什么含义？比方说RMSD值为0.093 是不是就是代表两种结构的不同是0.093
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:15:14
Q:
再麻烦问问，我在做优化的时候添加了int=ultrafine，在做单点能时还需要加吗，像这样[图片]？
好的谢谢您了
A:
ultrafine是对DFT泛函用的，对MP2毫无意义。
算单点用双杂化泛函啊，或者SCS-MP2
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:15:14
Q:
如果有单位，是a.u.还是kJ/mol,还是eV?
我是讲高斯模块cube计算出的初始ESP数值单位？
A:
a.u.
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:15:14
Q:
各位老师，请教一个问题，CVFF力场函数中的r*是什么意义？
[图片]
我看了陈正隆老师的《分子模拟的理论与实践》，里面关于CVFF力场的介绍也没有这个参数的说明
谢谢老师
A:
就是范德华参数
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:15:14
Q:
[图片]请问各位老师两个问题：1.我通过Multiwfn这个软件将两个环之间的pai-pai弱相互作用模拟出来了，但是我们想具体的量化，不知道怎么处理能够量化，请指点。 2.通过Multiwfn这个软件得到他的量化图之后，存为.cub文件，怎样能在高斯里卖弄进行编辑。把图弄得更加清楚明了
那你们一般用什么软件画的文献中的图@Radioactive
A:
没法量化。
量化图指什么？
高斯根本没法编辑cub文件，在VMD里才能灵活设定作图选项达到想要的目的
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:15:14
Q:
[图片]谁有电子版的，可以发一份吗，谢谢
是照片格式吗
可以发一份吗，谢谢
好的，谢谢，984550192@qq.com
A:
所有计算化学相关的书在群公用邮箱里都有，不需要求
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:15:14
Q:
请问老师：电子密度差分析适用于过渡态吗？
例如：把过渡态看成一个体系，新成的键分在两个片段中；要断的键要在原有片段中。根据电子密度差图中线的实虚判断电子密度的增减。
A:
适用
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:15:14
Q:
Sob老师你好，我想问一下体系大了之后算的RDG函数看起来spike不明显，这个应该怎么处理呢；另外把高斯型格点数据放到VMD后观看但是有很多其他的位阻效应和范德瓦尔斯作用影响某一部位的观看，这种情况可以通过修改格点数据完成吗？
我想，是用定义网格中心的方法处理吧……我愚蠢了
A:
说明格点间距在相应弱相互作用区域太大。应合理设定格点数据计算的空间范围，只包含感兴趣的局部区域。要么就设定让格点间距比较小，但计算量会很大。
屏蔽不感兴趣的区域看此文2.9节 http://sobereva.com/291。手册4.13.4.2也另外的屏蔽方法。
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2016.01.11 11:07:52
Q:
请问下面这句话是如何实现的：
The partial charges of neutral and charged molecules are obtained by fitting their values toreproduce the electrostatic potential of a single molecule (charged or neutral) in a vacuum.
A:
计算拟合静电势电荷，CHELPG、CHELP、MK、RESP之类都属于这类
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:57:21
Q:
请问老师，计算NPA的话，一般什么样的级别可以？
A:
B3LYP/6-31G*就够了
顶多6-311G**也够了。
Q:
哦哦，谢谢老师！
老师，可以用不同于结构优化时的基组去计算NPA吗？就是拿优化好的结构单算NPA，Sob老师，这样做可以吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:58:12
Q:
sob老师，使用双杂化泛函算单点能，是要这样写吗B2PLYP/def2-TZVPD,还用加关键词int=ultrafine吗
嗯好的
嗯明白了
A:
def2-TZVPD得从EMSL上拷
没碰到不收敛的情况用不着加ultrafine
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:58:52
Q:
老师，在那篇谈谈轨道成份的计算方法，最后一句那个最后再次提醒一下，讨论某个基函数、某个原子轨道贡献时必须指明分子朝向，否则没有意义。不指定朝向时只能讨论壳层的贡献。必须指明分子朝向，怎么指明呢？不清楚
A:
就是你在文章里说清楚当前分子相对于笛卡尔坐标轴是处于什么朝向
Q:
[图片]是这个意思吗？老师@Sobereva
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:59:34
Q:
[图片]请问下这个格式的东西有哪些可视化程序打开
reaxff manual中出现的
有人看过这个manual么，
主要是不知道这个格式的怎么写，
对
[图片]这上面是什么意思
主要是那个在高斯 MS中都打不开
A:
看过fortran书你就明白了
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2016.01.11 17:01:29
Q:
老师，我有个问题没想明白，高斯计算的A，B两个分子之间的结合能和温度压力有关系么？如何计算指定温度和压力下的结合能呢？默认计算的结合能是什么温度压力条件下的呢？
A:
结合能焓、结合自由能才与温度压力有关。默认标况
通过电子能量差算的结合能与这些无关
----------------------------------------------------
2016.01.11 19:13:10
Q:
自己在网上找
不是有官方下载的？
是中文的呀
等我帮你找啊保护一下你不被槽
也有英文啊
你把.cn去掉就行啦
A:
【链接】MozillaFirefoxWebBrowser—DownloadFirefoxinyourlanguage
Q:
.....[图片]
A:
要提升检索、获取信息的能力
Q:
最重要的，这东西，别人给你一份，你敢安装吗？黑你怎么办啊？
有师兄还不找师兄要啊
A:
师兄不称职
Q:
要不，就是坚定贯彻了“防火防盗防师兄”？
Q:
说起来64位的系统要是装64位的浏览器，会有什么优势吗？
A:
没有
Q:
唔……这样吗，那存在的意义何在
A:
目前体现不出来意义
----------------------------------------------------
2016.01.11 20:25:30
Q:
谁能给你一个google学术的链接谢谢
【链接】Glgoo学术搜索
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.11 21:38:35
Q:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/001670379290301X
sci-hub用不了了
求文献，多谢
http://www.sciencedirect.com.sci-hub.io/science/article/pii/001670379290301X
小心
io可用，刚刚试过
A:
[图片]
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规
Q:
玩了，玩了
这相当于是黄牌，两黄变一红，罚下
我试了sci-hub呀
A:
以群主能否用sci-hub.io打开为评判标准
Q:
哎说一下 cc的后缀现在也可以一试
现在升级到io了啊
偶尔比io还稳定
又学了一招
不是早就io了？
这是驾照新规老司机们注意了
A:
已经出台很久了
----------------------------------------------------
2016.01.11 21:44:59
Q:
请教个经验问题，我电脑是八核4G的，用orca做频率分析%maxcore写多少比较合适，
A:
如果实际分配4核计算，别超过600MB为宜，系统还得占不少
----------------------------------------------------
2016.01.11 22:43:53
Q:
请问大家，谁对 VMD 里的 Tcl 语言比较熟悉啊？
的确太差了，但是有一个任务必须要用 VMD 来做……
还是上次的标记质子转移的问题，我想对转移中的质子填色，每一帧都要改
[图片]
将转移的质子标记成黄色
我搜过，但是……
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/3503.html
只有提问的，没人回答
E老师，我自己的体系里 2万个 frame 啊……
A:
弄个回调函数，每次切换帧号时就激活函数，函数里面对每个氢原子与氧原子的距离进行检测，距离在一定范围内被判定为转移的质子，并设定新的representation将之用黄色着色。
Q:
谢谢老师的建议
不过我已经用 Python 将轨迹文件整理了一下，现在是把每一帧的质子放在了末尾，也就是说，我现在不用计算距离了。
只用将每一帧里固定的 index 设置成黄色
A:
不能
Q:
但是我不会用 Tcl 语言啊…… 怎么设置颜色呢……
A:
file-log tcl commands to console，然后你每次设置显示方式时，相应的命令都显示在文本窗口，琢磨一下就会了
Q:
翻了半天 VMD 的手册，还是没找到如何在 Tcl 里改原子的颜色……
图形界面可以实现吧，非要用命令模式？
请问一下，怎样在 Tcl 里选择某一个原子的 index 并修改其颜色，谢谢~
A:
在图形界面操作，看记录到命令行界面的命令，再结合手册看看就会了
Q:
老师，我在图形界面操作了，但是在 TkConsole 里根本没有任何提示啊
[图片]
A:
先在vmd主界面选file-log to tk console
Q:
没有 File -> log to tk console ……
[图片]
A:
log tcl commands to console
Q:
但是我没有编辑好的 commands 啊
A:
选了这个之后图形界面所有操作对应的命令都会显示在文本窗口
----------------------------------------------------
2016.01.11 22:48:32
Q:
请教sob老师我用cfour生成了2个molden文件但是好像Multiwfn打不开
Please wait...
Loading various information of the wavefunction
Loading basis-set definition...
The highest angular moment basis functions is F
All F basis functions are spherical harmonic type
Loading orbitals...
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /Users/ywtao/Downloads/job5.molden
Image PC Routine Line Source
Multiwfn 000000010E47CB5B Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E47B31E Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E44E6A7 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E3F1890 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E3F0E67 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E420E06 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E41F6B3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E1E152A Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E1B85AD Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E20ABAF Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E0DCC9C Unknown Unknown Unknown
libdyld.dylib 00007FFF983455FD Unknown Unknown Unknown
请教sob老师我用cfour生成了2个molden文件但是好像Multiwfn打不开
Please wait...
Loading various information of the wavefunction
Loading basis-set definition...
The highest angular moment basis functions is F
All F basis functions are spherical harmonic type
Loading orbitals...
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /Users/ywtao/Downloads/job5.molden
Image PC Routine Line Source
Multiwfn 000000010E47CB5B Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E47B31E Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E44E6A7 Unknown
Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E3F1890 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E3F0E67 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E420E06 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E41F6B3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E1E152A Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E1B85AD Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E20ABAF Unknown Unknown Unknown
Multiwfn 000000010E0DCC9C Unknown Unknown Unknown
libdyld.dylib 00007FFF983455FD Unknown Unknown Unknown
A:
CFOUR输出的.molden文件不规矩，你得先用molden2aim把它转化成标准的.molden文件才行
Q:
好的我试试谢谢sob老师
请教sob老师gaussian可以正确打印ccsd(t)的电子密度吗？
A:
不能
Q:
那有什么替代的软件吗？除了cfour
A:
ACESII
Q:
orca可以吗？
A:
orca不行。能得到CCSD(T)级别的密度的程序寥寥无几
CCSD密度就已经足够精确了
----------------------------------------------------
2016.01.11 23:08:30
Q:
好的谢谢sob老师那我用gaussian做ccsd的密度应该可以足够了吧我的体系就5个原子
A:
对
----------------------------------------------------
2016.01.11 23:10:39
Q:
老师双杂化泛函是不是不能做TD呢？
A:
ORCA能做双杂化级别的TD
----------------------------------------------------
2016.01.11 23:27:43
Q:
gamess不是也能做双杂化级别的吗？
A:
能用双杂化算基态和能做双杂化TDDFT是两回事
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.11 23:36:08
Q:
Sob老师有把计算化学community升级成计算化学society的想法不？
A:
目前没有
还很久远
一缕阳光害羞跑出公社了
----------------------------------------------------
2016.01.11 23:51:51
Q:
请教sob老师 Multiwfn是不是还不能看三维的密度？
A:
能啊，用主功能5计算电子密度，之后选-1就能看等值面
Q:
好的我再试试
我做完减法操作之后提示
0 Return to main menu
1 Save graph of isosurface to file in current folder
2 Export data to Gaussian cube file in current folder
3 Export data to formatted text file in current folder
4 Set the value of isosurface to be shown, current: 0.05000
5 Multiply all grid data by a factor
6 Divide all grid data by a factor
7 Add a value to all grid data
8 Substract a value from all grid data
请问查看怎么做
A:
[图片]
Q:
是不是因为版本的问题现在用的3.3.8 Mac没有-1选项
A:
手册开头Linux and Mac OS X USERS MUST READ有这么一条
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.12 00:53:38
Q:
请教sob老师 gaussian的ccsd的密度可以通过density=cc output=wfn的方式以wfn给出吗？
A:
写
CCSD/基组 density out=wfn
就行了
但是CCSD用的基组一般比较大，如果最高角动量超过了f应当用out=wfx
Q:
好的 cc可以省去吗？
A:
可
Q:
好的谢谢sob老师
A:
D.01的话density都可以省了，out=wfn时候默认就用当前级别密度
----------------------------------------------------
2016.01.12 00:59:25
Q:
那假如就用fchk则不需要wfn或wfx了吧？
A:
恩，但是麻烦，因为还得多花一步把自然轨道存到chk里
Q:
不过除了multiwfn除了在读取fchk时要花比读取wfn/wfx更多的时间以外，最终的结果应该没有明显差异吧？
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.01.12 01:10:57
Q:
用formcheck保存电子密度的时候需要加其他的参数吗？自然轨道是什么含义？
A:
formchk目的仅仅是转换chk到fch，什么参数也不用
自然轨道就是单电子密度矩阵的本征矢，本征值就是自然轨道占据数，Multiwfn靠自然轨道可以计算后HF波函数对应的各种单电子性质，诸如密度、静电势等。
----------------------------------------------------
2016.01.12 01:17:35
Q:
ab的结合能，用a片段能量加b片段能量减去ab一起优化的能，这样子算和用bsse算的有什么区别？
A:
和BSSE根本不是一类问题
“用bsse算”这种说法就不对
Q:
一起优化ab得到ab的能量E(ab),在优化的结构中，去掉b,计算单点能得到E(a), 同样去掉a,计算单点能E(b), 那么ab之间的结合能=E(a)+E(b)-E(ab), 可以这么算吗？
A:
可
Q:
有一种使 Counterpoise关键词的算法是怎么回事？
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
----------------------------------------------------
2016.01.12 18:41:07
Q:
老师请问下[图片]算HOMO-LUMO能量差，是用左边的αMOs,还是右边的βMOs？能级差大小与反应能垒有什么关系？
A:
跟能垒没直接关系。
alpha和beta有各自的gap
----------------------------------------------------
2016.01.12 18:43:22
Q:
老师：您好！请问优化的过程中前面已经出现了4个yes,在最后的验证输出的时候结果linkdie在了1110，请问这个可能是什么原因呢？可以采取什么方法处理呢？谢谢！
是因为循环次数或者是内存不够吗？还是？
老师：您好！之
前优化的对称性为C2v,,提高对称性后(D6h)，发现出错在1110 输入文件和出错提示如下：[图片][图片]
请问这个可能是什么原因呢？谢谢！
A:
不是出错提示。
用# B3LYP/TZVP opt
几何优化用不着那么大基组
----------------------------------------------------
2016.01.12 18:43:22
Q:
NTO结果0.5 0.4 0.1，那么若15到16号跃迁占50%，14到17号占40%，13到18占10%，分别用gaussview MO做出每个轨道的surface就行了吧，如果有问题请指正[表情]
NTO结果0.5 0.4 0.1，那么若15到16号跃迁占50%，14到17号占40%，13到18占10%，分别用gaussview MO做出每个轨道的surface就行了吧，如果有问题请指正/呲牙
哦，想简单了
A:
是。13-18没必要做
更好的做法是用Multiwfn做电子-空穴分析，靠一张图就说明问题了
----------------------------------------------------
2016.01.12 19:20:53
Q:
老师，现在加入科音还有那些条件吗
A:
不是随便能加入的
----------------------------------------------------
2016.01.12 20:28:00
Q:
做IRC计算的时候，出现如图片[图片]中红色标记的大圆圈中的点，是什么原因？
[图片]这是我做IRC时用的关键词？
A:
如果还没正常结束等算完再说
Q:
IRC 已经非正常结束了[图片]，错误类型为L123.
A:
IRC里写LQA
Q:
明白。能否简单解释一下加LQA的意义？
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.12 20:28:16
Q:
请问做HOMO,LUMO分析时，isovalue一般取多少合适啊？
A:
一般0.02~0.05都可以，酌情选择
有些时候需要更小数值，比如考察里德堡轨道。有时候区分不开时则需要更大数值
----------------------------------------------------
2016.01.12 20:35:47
Q:
老师，自行定义基组经常出错，请指点。
如下是我的输入文件：
%chk=E:\product six for dipole moment\test.chk
# opt m062x/gen nosymm
Title Card Required
0 1
C -0.32500000 0.00000000 0.00000000
H 0.03165442 -1.00881000 0.00000000
H 0.03167284 0.50439819 0.87365150
H 0.03167284 0.50439819 -0.87365150
H -1.39500000 0.00001318 0.00000000
****
H 0
S 3 1.00
3.42525091 0.15432897
0.62391373 0.53532814
0.16885540 0.44463454
****
C 0
S 3 1.00
71.6168370 0.15432897
13.0450960 0.53532814
3.5305122 0.44463454
SP 3 1.00
2.9412494 -0.09996723 0.15591627
0.6834831 0.39951283 0.60768372
0.2222899 0.70011547 0.39195739
****
老师，自行定义基组经常出错，请指点。
如下是我的输入文件：
%chk=E:\product six for dipole moment\test.chk
# opt m062x/gen nosymm
Title Card Required
0 1
C -0.32500000 0.00000000 0.00000000
H 0.03165442 -1.00881000 0.00000000
H 0.03167284 0.50439819 0.87365150
H 0.03167284 0.50439819 -0.87365150
H -1.39500000 0.00001318 0.00000000
****
H 0
S 3 1.00
3.42525091 0.15432897
0.62391373 0.53532814
0.16885540 0.44463454
****
C 0
S 3
1.00
71.6168370 0.15432897
13.0450960 0.53532814
3.5305122 0.44463454
SP 3 1.00
2.9412494 -0.09996723 0.15591627
0.6834831 0.39951283 0.60768372
0.2222899 0.70011547 0.39195739
****
A:
第一处****去掉
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2016.01.12 22:18:16
Q:
能不能提供isostat的源代码？
A:
购买molclus源码才能得到其组件的代码
----------------------------------------------------
2016.01.12 22:26:38
Q:
请问TD（nstate = 10）加不加opt是不是激发态弛豫不弛豫的问题。
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.12 22:51:40
Q:
前两天看到群里有垂直、绝热电离势，亲合势的讲义，想问问大家，这两个东西能说明分子的哪些特性？
A:
电离、获得电子的难易程度
跟氧化、还原势有密切关系
Q:
谢谢，我想全面的学习一下，有资料吗？我发现合成几个分子的电离势和亲合势有些规律
但是总觉得想不到点子上
A:
这哪有什么资料，这么简单的概念
Q:
对一个能形成分子内电荷分离的分子，并且激发后能放出电子的分子
电离势应该越大越好？
那亲合势呢？
A:
你先多google
Q:
好吧，谢谢。
A:
[图片]
Q:
好的，谢谢
A:
用好吧做句子开头一次，违规已记录，扣4分，扣满12分直接踢，详见群共享群规
Q:
等于两次红灯
也要交罚款吗？
A:
群规有细则
----------------------------------------------------
2016.01.12 23:00:08
Q:
哎我刚刚翻聊天记录准备学习一下发现有些错误的说法没有被更正诶
A:
今天忙，懒得管了
Q:
E老师把错误的给咱们更正下
A:
鼓励懂的人一起积极修正错误
----------------------------------------------------
2016.01.12 23:01:27
Q:
[图片] 各位老师请问这个图怎么做我看过MULTIWFN的手册没找到相关教程这个是AIM的分析么
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
手册4.100.1节也有例子
----------------------------------------------------
2016.01.12 23:42:44
Q:
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.5b06025
帮我下载篇文献吧？
A:
[图片]
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规
----------------------------------------------------
2016.01.13 00:06:04
Q:
f极化函数能不能直接删掉？[图片]
A:
什么基组？什么元素？
什么理论方法？
Q:
CASSCF/def2tzvppd Si
单点计算
A:
可以删
Q:
谢谢sob
然而什么情况不能删？
A:
考虑电子动态相关的后HF方法，删了f极化函数会损失不少精度
Q:
那是不是再加个门票
那是不是再加个mp2就不能了
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.01.13 00:59:33
Q:
老师，我用DFT D修正，这样写可以吗？
B3LYP/6-31+G(d,p) opt EmpiricalDispersion=GD3
A:
可
----------------------------------------------------
2016.01.13 07:19:13
A:
经过一番折腾已经让Multiwfn的图形界面能够在Win10下正常运作了，至少在我这里没问题。用win10的Multiwfn用户可到官网下载最新3.3.9(dev)版，如果发现在win10运行还有问题请通知sob
这还是win10的bug所致，反复研究，发现得把堆栈尺寸下降到400MB的时候，进入图形界面时才不会卡住。但愿win10之后能修正这个bug。原本编译时堆栈尺寸都是给1G的，下降到400MB可能算一些很大任务时会overflow。
PS：win10的界面真差劲
之前版本Multiwfn在Win10下也能运行，但是第一次进入图形界面后先得卡个一两分钟，之后就正常了，然后再进任何图形界面也没问题。
----------------------------------------------------
2016.01.13 08:15:53
Q:
http://archive.ambermd.org/200609/0325.html#start325
请问，如何查看到这封信的回信？
A:
这封信没人回
----------------------------------------------------
2016.01.13 16:26:08
Q:
你好，问号图标可以查看键长键角，二面角，怎么查看分子尺寸
A:
量一下跨度最大的原子间距离再加上其范德华半径就完了
----------------------------------------------------
2016.01.13 16:26:08
Q:
在做BSSE之前是否应该加上弥散函数来优化？
A:
应该
----------------------------------------------------
2016.01.13 16:26:08
Q:
请教一下大家，RNH3+与RCOO-的氢键复合物能用什么方法使其以离子形式存在，而不是以分子形式存在。
我用DFT-D3/6-311+G*优化，以分子形式存在[图片]
请问换哪种软件合适？
A:
只能做CDFT，Q-Chem、NWChem支持
谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271
但这么搞并无意义
----------------------------------------------------
2016.01.13 16:26:08
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
两个片段时，counterpoise耗时是复合物计算的三倍左右。gCP校正BSSE问题则是免费的
----------------------------------------------------
2016.01.13 16:34:43
Q:
打扰大家了，体系的原子个数较大，快300个左右，算频率时需要加什么命令才能算出来？谢谢了。
A:
半经验
----------------------------------------------------
2016.01.13 16:47:50
Q:
想请教一下各位老师用高斯进行三维PBC计算时，平移矢量如何输入？
平移矢量如何定义
A:
[图片]
gv里设好格子后保存的输入文件里自动就有
----------------------------------------------------
2016.01.13 16:51:09
Q:
老师，举报有人在论坛里发广告
A:
我把他号删掉
Q:
最好把文章也删掉
删掉啦
A:
[图片]
Q:
/鼓掌
娃娃举报的，要加分……
----------------------------------------------------
2016.01.13 17:07:27
Q:
[图片]请教sob老师，算董涛超极化率时，到这一步按下1之后出现这个情况是怎么回事呢？谢谢
算动态超极化率
A:
你的输入文件有异样
Q:
[图片][图片]输入文件是这样的
A:
你末尾输入的必须是a.u.为单位的电场
Q:
[图片]sob老师，如果要用multiwfn来分析的话，这个对于高斯来说输入文件是不是也是一样这样处理呢？
A:
这是Multiwfn自己的规则，跟高斯没关系
高斯要看高斯手册
Q:
谢谢sob老师，再请问一下如果想用Multiwfn来分析的话，高斯的输入文件末尾的单位必须是a.u.吗？
A:
高斯末尾只能是a.u.
----------------------------------------------------
2016.01.13 17:16:46
Q:
老师，用同样的方法和基组，gaussian03 和gaussian09 优化结构有什么差别吗
A:
一般没有
----------------------------------------------------
2016.01.13 17:19:11
Q:
老师们，弱弱的请教一个问题，BLYP-D3/Aug-cc-pVTZ算是高精度的计算方法吗？
A:
看你算什么问题、算什么体系
反正这个搭配很糟糕
Q:
很糟糕就是说精度不太高咯，我是在一篇文献上看到这个
要是含有金属这个方法可能还有用
A:
不是精度问题，是这种基组给DFT用太浪费时间
6-311+G**优化，BLYP-D3结合ma-TZVP算个单点就足够了。
要aug-cc-pVTZ算单点得双杂化泛函+D3才配得上
----------------------------------------------------
2016.01.13 22:18:40
Q:
CASSCF是HF方法吗
还是DFT
还是都不是
那算电子亲和能准吗
比DFT呢
A:
都不是。CASSCF目的只是对于给静态相关强的体系提供定性正确的描述（此时HF定性正确也难以做到），你要想定量算准诸如亲和能等问题必须在此基础上再考虑动态相关，诸如CASPT2
----------------------------------------------------
2016.01.13 22:18:40
Q:
请问群主，Multiwfn源码里关于 Cook book部分的注册，我发现页码不正确，请问这是不是Cook书的版本的问题？
不是注册，是注释.
/太阳
请问哪位老师有：handbook of computational quantum chemistry. 这本书2005年版的，而非1998年版的？
跪谢，/太阳/太阳/太阳
公社邮箱这本书下载后不能解压，所以才在这里问一下。
跪谢跪谢跪谢.
没关系，我已经找到2005版和1998版的页码的差异。如果找不到就算了，非常谢谢E老师，/太阳/太阳/太阳
跪谢跪谢跪谢.
A:
pdf文档的页数和书里面实际页数不同，你看看是不是这个问题
我看的是amazon上买的实物
----------------------------------------------------
2016.01.13 22:18:40
Q:
[图片]
问下sob老师？在multiwfn，计算RDG过程，中等质量格点过程没有产生完整，自动结束了，咋回事？
A:
格点设定不合理
----------------------------------------------------
2016.01.13 22:18:40
Q:
请问，不考虑对称性的过渡金属配合物可以用Delta-SCF计算发射么？
A:
不能，除非自旋多重度不一样。
----------------------------------------------------
2016.01.13 22:31:12
Q:
向大家问个问题，6-31+G(D)基组对C有多少个GTO，谢谢
A:
用高斯算个C，一看输出就知道了
----------------------------------------------------
2016.01.13 22:32:10
Q:
公社有一个帖子设的权限好高看不了了
A:
给阅读权限降到level 2可读了，也没有什么隐私的，就是个审稿意见
----------------------------------------------------
2016.01.13 22:48:47
Q:
[图片] 想问下sob老师，我在molclus做分子构象筛选的时候做到最后用高斯算的时候出现这个错误，不知道如何解决
A:
你检查下gau.gjf和gau.out
----------------------------------------------------
2016.01.13 22:51:52
Q:
谢谢您的回复您说的自旋多重度不一样指的是什么呢？用delta-scf算磷光是不是您说的自旋多重度不一样呢？下面是我的之前的问题：
请问，不考虑对称性的过渡金属配合物可以用Delta-SCF计算发。麻烦您了
A:
是
Q:
嗯嗯，谢谢sob老师～请问输入文件那的命令应该怎么写呢？
A:
算两个自旋多重度的单点相减就完了
Q:
老师我不太明白您的意思，能不能麻烦您细说一下或者是给推荐点儿资料？之前我一直用TD-DFT做的发射，最近回来的一篇文章审稿人说让用delta-DFT做发射。。
A:
如果deltaSCF算磷光发射能，就是此文4.3节的方法二
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2413
----------------------------------------------------
2016.01.13 23:24:39
Q:
有专门的文献求助群，你可以加入之。去那里求文献。本群是学术群，不可求文献。
A:
偶尔求一下sci-hub下不了是允许的，不扎堆儿、频繁求就行
----------------------------------------------------
2016.01.13 23:44:39
Q:
请问在群里发红包算违纪嘛？
A:
不鼓励
----------------------------------------------------
2016.01.13 23:53:43
Q:
问下：如果模拟短肽由氨基酸脱水缩合，或者DNA序列的生成，是否目前的各种动力学或者量化程序做到？
A:
量化程序可以算脱水过程
----------------------------------------------------
2016.01.13 23:58:16
Q:
可以做的
A:
可
Q:
请教sob老师我现在有2个分子想比较他们的热稳定性该怎么做？
A:
最直接的，AIMD
Q:
好的谢谢sob老师
高斯的bomd能设置温度吗？还是只能以动能的形式设置温度？
A:
这点没仔细琢磨过，你如果用dmol3做AIMD倒是可以设温度，而且速度更快
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:03:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
讲义上明确写着要把/particle去掉，高斯误人子弟的输出
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:03:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不能
----------------------------------------------------
2016.01.11 16:03:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不优化BC
----------------------------------------------------
2016.01.11 18:25:32
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
可
----------------------------------------------------
2016.01.14 06:12:02
Q:
请问tddft得到的激发态的波函数是什么样子的？
我自己猜应该是组态叠加的方式，但对于其具体形式没有一点头绪，哪位老师可以给些建议？
跪谢跪谢跪谢，[表情][表情][表情].
A:
就是跟CIS类似，组态函数的线性组合
Q:
跪谢跪谢跪谢. Sob前辈.
假设某个激发态对应于
19 -> 22 0.26242
20 -> 21 0.12370
20 -> 22 0.65422
激发态的波函数是不是可以写成：
0.26242|A>+0.12370|B>+0.65422|C>
这里的A，B，C行列式分别对应：基态中19轨道被22替代；20被21替代；20被22替代。
不知道这样理解是不是正确？
谢谢谢谢谢谢.
A:
可以
Q:
多谢多谢多谢Sob前辈.
梦老师，你好.
我猜计算出来的激发态的系数已经是归一化的，也就是系数的平方和应该等于1.
对，我猜系数很小的激发态组态没有给出来。
A:
默认只输出绝对值大于0.1的，用IOp(9/40=x)可以让系数绝对值大于10^-x的都输出出来
----------------------------------------------------
2016.01.14 08:15:05
Q:
sob老师，特斯拉计测的金属配合物摩尔磁化率，可以用multiwfn理论模拟吗？
A:
不能
Q:
好的，谢谢
A:
高斯用nmr=Susceptibility可以算
----------------------------------------------------
2016.01.14 08:18:02
Q:
sob老师，请问高斯能算气化过程的机理么？比如液态水如何气化成为气态水？谢谢您！
A:
不能，这要做分子动力学
Q:
sob老师，请问分子动力学能获得这个气化过程的能垒么？
A:
这没有能垒
Q:
谢谢sob老师，请问气化破坏氢键不也是需要翻越能垒的么？
A:
看你算什么问题，而且买没买昂贵的MS
势垒这个概念不是用在这个地方的
何况对于水二聚体这样量化能算的，断氢键这个过程本身是能量单调增加，也没有势垒
----------------------------------------------------
2016.01.14 08:28:27
Q:
老师，我用Multiwfn、100/3求范德华体积，为什么没有出结果呢？
[图片]
A:
用的什么输入文件？
Q:
求老师指点，我是使用的opt结果的fchk文件做的
必须得加volume关键词么？
A:
你用高斯算才需要volume关键词，multiwfn算当然不需要
建议用主功能12来算，更准
Q:
好，我试试去，谢谢老师
A:
载入文件后输入
12
2
-1
0
之后就能看到体积
Q:
闪退
A:
那肯定是你输入文件有问题，发给我
----------------------------------------------------
2016.01.14 08:35:19
Q:
[图片]老师，这个后两项早就YES了前两项一直没YES，该怎么办啊
A:
看看优化轨迹判断
算得动的话尝试calcall
----------------------------------------------------
2016.01.14 08:57:08
Q:
请问，优化一系列分子的结构，其中一个分子一直不收敛用了opt=loose后收敛了，无虚频，那么这个结构的能量和其余分子有可比性吗，还是说需要再严格优化一次？谢谢
A:
只要不是精确比较，这可以接受
----------------------------------------------------
2016.01.14 09:04:54
Q:
老师，算一个溶液相的反应（水分子不直接参与反应），加了多个水分子后，过渡态怎么也优化不出来。这种情况在气相优化，单点加隐式溶剂模型，而不加显示水算可以吗@Sobereva
A:
可
Q:
好的。但是，既然显式水会对过渡态和极小点的会产生很明显的影响，那为什么气相优化+隐式水模型这种近似还是可以接受的呢？
A:
隐式溶剂模型好处是体现了平均效应
你要考虑显式水得考虑一大堆排布
Q:
哦，也就是说显式水分子如果用不好，说不定反倒离实际情况更远？
A:
完全正确
----------------------------------------------------
2016.01.14 21:38:34
Q:
请教一下文献中MLCT是怎么计算出来的？
恩恩，我用Multiwfn程序打开fchk文件，分析HOMO和LUMO的轨道成分，得出Pt的成分分别为50%和20%，是不是MLCT就是30%？@猫王谢谢！
A:
你得先看电子激发牵扯到哪些轨道
最直接的方法是看激发态和基态的原子电荷的变化
Q:
我是先看轨道激发的，主要是S1态的谐振强度最大，然后看S1态里占最大比例的就是HOMO到LUMO
A:
最直观的分析是用Multiwfn做电子-空穴分析
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
NTO适用的情况也可以用NTO
----------------------------------------------------
2016.01.14 21:46:02
Q:
gaussian view 是否可把自己想要的物价保存在其中，下次用是，直接点就可以？
sorry, 打错字了
物质
gaussian view 是否可把自己想要的物质保存在其中，下次用是，直接点就可以？
[图片]就像高斯view中已有的分子构型一样
A:
可以保存在自定义的片段库里
----------------------------------------------------
2016.01.14 21:46:02
Q:
求助文献：http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0093775415001116
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规
----------------------------------------------------
2016.01.14 21:46:02
Q:
[图片][图片][图片]各位老师这是我的输出文件和输入文件，之前我没有强制对
称性，同样的基组同样的方法优化出来的为C4，但是我想要得到D4的结构，限制了对称性之后就优化不出来了我想问问这需要怎样来修改输入文件
[图片][图片][图片]各位老师这是我的输出文件和输入文件，之前我没有强制对称性，同样的基组同样的方法优化出来的为C4，但是我想要得到D4的结构，限制了对称性之后就优化不出来了我想问问这需要怎样来修改输入文件
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
maxcyc完全没用。dsymm多余
gediis本身就是默认的
----------------------------------------------------
2016.01.14 21:46:02
Q:
在Multiwfn手册里有一篇群主未发表的文章，请问群主可不可以发一份手稿，因为对这篇文章很感兴趣。
I and my collaborator Cheng Zhong have shown (to be published) that the density distribution of hole and electron can be gracefully defined as
应该是和钟老师合作的文章.
因为现在想看，就冒昧地问一下群主可不可以将手稿发一份.
自己绝无剽窃之意.
说的是! 我倒是没想到这一点。
多谢多谢多谢E老师.
A:
手稿没有写，主要思路其实都在手册里了
----------------------------------------------------
2016.01.14 21:46:02
Q:
我还想请教一下，计算含有Pt金属的分子的轨道，HF和B3LYP方法哪个算的轨道跟好？我用两种方法计算，HOMO和LUMO的轨道形状居然不一样，轨道成分也不一样
不是
我只想看看轨道
A:
B3LYP
----------------------------------------------------
2016.01.14 21:46:02
Q:
哪位有dft方法与能隙gap关系的文献，谢谢了。有说b3lyp中hf成份高，其gap值大
A:
B3LYP的HF成分跟本不高，gap值在合理范围。|J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 212–217横测表明B3LYP works well
----------------------------------------------------
2016.01.14 21:46:02
Q:
各位老师，我在自定义基组运算时出现如下问题，求教是哪里错了，谢谢/抱拳
Linear equations converged to 9.351D-10 9.351D-09 after 10 iterations.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- try reversing direction.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- switch to scaled steepest descent.
Search did not lower the energy significantly.
Scaled steepest descent with Shift=0.000 failed.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Scaled steepest descent w
ith Shift=0.025 failed.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Scaled steepest descent with Shift=0.050 failed.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Scaled steepest descent with Shift=0.075 failed.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- switch to steepest descent.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- run abort
各位老师，我在自定义基组运算时出现如下问题，求教是哪里错了，谢谢[表情]
Linear equations converged to 9.351D-10 9.351D-09 after 10 iterations.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- try reversing direction.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- switch to scaled steepest descent.
Search did not lower the energy significantly.
Scaled steepest descent with Shift=0.000 failed.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Scaled steepest descent with Shift=0.025 failed.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Scaled steepest descent with Shift=0.050 failed.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Scaled steepest descent with Shift=0.075 failed.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- switch to steepest descent.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- run aborted.
Error termination via Lnk1e in C:\Program Files\quantam chemistry\G09W\l508.exe at Thu Jan 14 10:14:37 2016.
Job cpu time: 1 days 12 hours 55 minutes 38.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 177 Int= 0 D2E= 0 Chk= 17 Scr= 1
ed.
Error termination via Lnk1e in C:\Program Files\quantam chemistry\G09W\l508.exe at Thu Jan 14 10:14:37 2016.
Job cpu time: 1 days 12 hours 55 minutes 38.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 177 Int= 0 D2E= 0 Chk= 17 Scr= 1
我的输入文件是
%chk=D:\computation\6\SMZ2.chk
# opt b3lyp/gen scrf=(cpcm,solvent=methanol) nosymm maxdisk=2GB
int=grid=ultrafine scf=xqc
报错是
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- run aborted.
请问如何解决呢？
求指点/抱拳
我的输入文件是
%chk=D:\computation\6\SMZ2.chk
# opt b3lyp/gen scrf=(cpcm,solvent=methanol) nosymm maxdisk=2GB
int=grid=ultrafine scf=xqc
报错是
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
Restarting incremental Fock formation.
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- run aborted.
请问如何解决呢？
求指点[表情]
A:
@宝杰
根本不是自定义基组的事。用其它解决不收敛的方法解决，别光依赖xqc
根本不是自定义基组的事。用其它解决不收敛的方法解决，别光依赖xqc
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2016.01.14 21:47:13
Q:
多谢多谢Sob前辈.
再请问一个问题。
在Multiwfn中计算跃迁偶极矩部分的源码，有没有用到Cook书中的公式？
A:
没有
跃迁偶极矩展开了就是<GTF_i|r|GTF_j>这样的积分，把r合并到GTF表达式里的xyz部分相当于把其角动量改一下，所以就是两个GTF的重叠积分。这种积分很简单，在陈飞武的书里有明确的公式
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2016.01.14 21:50:55
Q:
sob老师，我想请教下。我在计算A,B两个有机分子之间的相互作用氢键。我准备使用B3LYP/6-31+G**优化结构，因为只有gaussian09B版本的软件无法进行加上D3矫正，看了sob博文之后打算使用M062X/6-311+G(2df,2p)计算单点能，之后使用单点能的文件导入multiwfn分析RDG 体系30个原子左右 12核不知道我的想法是否可行
A:
优化用M062X/6-311G**，单点用6-311+G**，或者更好的ma-TZVP或may-cc-pVTZ。
Multiwfn可以轻松分析
Q:
您的意思是优化用M062X/6-311G**，单点用M062X/6-311+G**或者M062X/ma-TZVP，M062X/may-cc-pVTZ 就不要用B3lYP了么
A:
当然不用B3LYP，有明显更好的M062X为何不用？
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2016.01.14 22:05:57
Q:
碘分子也可以用M062x吗用来优化好不好@Sobereva
A:
可以
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2016.01.14 22:07:20
Q:
sob老师，我忘记说了，我的体系是带电荷的M062X可以用么？
A:
可
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2016.01.14 22:08:19
Q:
sob老师我想问下，用orca优化分子二聚体，我主要能量和结构，不加freq行不
A:
可
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2016.01.14 22:22:40
Q:
含I的赝视的wfn，AIM2000时常会识别不了，大家有碰到过么？
A:
用Multiwfn啊
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
速度比AIM2000快一个数量级，还免费
Q:
有道理！醍醐灌顶~谢谢sob老师
A:
还支持专门给赝势下AIM分析考虑的wfx格式
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2016.01.14 22:28:46
Q:
DOI: 10.1021/acs.jctc.5b01144
最近出了一个对键长benchmark的工作，对象是一些有机小分子，对59个泛函做测试，最后最好的是xDH-PBE0，M06-L等几个～
A:
前几天夜里我也贴了一下这个文章的结果，M11再一次丢人
XYG3也给双杂化丢人了
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2016.01.14 22:58:23
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
在dlnpo-ccsd(t)面前，各种双杂化还有多长的生命力呢？
A:
不要把DLPNO想得太美好
Q:
问题有哪些？
A:
ORCA跑RI-双杂化/def2QZVP是几十个原子单点的王道
Q:
问题有哪些？
A:
速度和精度永远有杠杆关系
DLPNO要加速CCSD(T)到达到RI-双杂化泛函的速度，精度应该还不如RI-双杂化呢
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2016.01.14 23:01:33
Q:
老师，培训班具体细节出来了吗
A:
没，早着呢
Q:
[表情]过年之后有戏吗
A:
5月
定下来自然就会统一通知了
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2016.01.14 23:03:18
Q:
J. Chem. Phys. 144, 024109 (2016); " In fact, the computational requirements for DLPNO-MP2 and DLPNO-CCSD(T) are not grossly different. Hence, for any system for which a DLPNO-MP2 calculation can be performed, DLPNO-CCSD(T) should also be possibl"
体系大线性标度就比较有效了，据neese在文章说计算效率和mp2已经差不多了
A:
永远不要信开发者的说辞
如果都跟开发者说得一样，乱七八糟的片段加速技术早就popular了
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2016.01.15 01:17:41
Q:
卤键的最重要的驱动力一般还是库伦作用吧？
顺便问一下，这篇文章的结论是否有什么特别的。
[图片]
[图片]
[图片]
A:
不是stone的话也上不了JACS
Q:
即使在2013年也算不上新颖吗？
A:
驱动力是库仑作用，但是交换互斥可以影响朝向
Q:
大牛的结论比较容易被接受
我在他之前说卤键有部分共价性
都是胆儿颤着投出去的[表情]
A:
卤键在两千零几年那会儿就已经被politzer他们研究烂了
Q:
Houk现在的文章去掉他的名字没几个能发JACS的
啧这是篇jacs...
A:
politzer、murray值得夸奖的是不爱冲IF，但这一点也不影响他们文章被引用次数
一直怀疑这俩人是不是一家子
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2016.01.15 07:21:17
Q:
老师，HOMO和LUMO的gap多大就算静态相关强的体系，有一个参考值吗？还是依体系而定
A:
没有确切标准
一些人认为T1诊断数值大于0.02算静态相关强，但这也不是绝对的
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2016.01.15 07:40:24
Q:
哦，知道了。一直不知道“静态相关”和“动态相关”名字的由来，老师能否解释一下
A:
在计算化学公社搜索
[图片]
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2016.01.15 09:04:21
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
老师您好。我想请问一下，用qst2寻找过渡态的时候，出现103模块出错，这应该怎么解决啊@Sobereva
A:
轨道能级是已知的，复合物轨道中各个片段轨道的贡献百分比也能直接输出，用这些数据自行在origin里作图就完了
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2016.01.15 09:04:36
Q:
[图片]用Multiwfn制作CDA图的时候感觉图片不清楚，怎么把数据提取出来重新作图啊？
A:
图很清楚嘛
稍微ps效果就能很好
[图片]
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2016.01.15 09:44:26
Q:
[图片]
sob老师，这个图这个设置是啥意思？
[图片]
我选择用2选项时候，什么都没有了
A:
只有被连线的能级才显示横杠，不显示其它的
Q:
连线的是贡献了我所设定的比例的轨道才会显示是么
A:
对
Q:
晓得了，我再试试
[图片]
老师，我的体系是开壳体系，这里的设置是指什么处理呢？
A:
复合物一般不用翻转自旋
开壳层为什么要翻转自旋，此文已经提了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
群共享里广义化的电荷分解分析(GCDA)方法也提了
Q:
翻转自旋是为了α电子和β电子相符合吧
我记起来了
A:
恩
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2016.01.15 09:57:11
Q:
请问大侠， EDF2 是个啥泛函？属于什么级别？
A:
杂化泛函。参数化的目的是让算出的谐振频率与实验谐振频率尽可能一致
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2016.01.15 10:05:12
Q:
老师，Multiwfn无法显示单双键吗
A:
y
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2016.01.15 10:09:25
Q:
一篇文章中有必要同时用ELF和拉普拉斯分析吗，sob老师。我算的一个问题用这两种方法给出的结论是一致的
A:
就给出ELF就行了，通常比拉普拉斯函数图像上更容易考察
可以把一个放到补充材料
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2016.01.15 10:39:08
Q:
轨道作用CDA分析，为什么金属用lanl2dz S用的6-31G*，有问题呢，那该怎么用
A:
不是基组的事
Q:
[图片]
老师，像我这样的体系Ag13S团簇，金属的贡献达到好几百，是不是就不对了？
A:
什么基组？
Q:
金属用lanl2dz S用的6-31G*
A:
那是有问题
Q:
那我试试ELF 谢谢老师！
我是用其他软件做的relax，然后用高斯做单点能，我觉得是这个原因··
A:
操作过程问题，关键词不对、步骤不对之类
Q:
[图片]老师，轨道图里面，实线和虚线的区别是什么
那分析的时候，这俩有啥区别呢
我想做CDA分析，画出了轨道相互作用图，片段对复合物的贡献分占据和未占据？
虚轨道对复合物的贡献跟占据轨道对复合物的贡献有什么区别呢？
A:
没有区别啊，都是对轨道成份的贡献。
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2016.01.15 20:03:45
Q:
同学们，1000点见！
不可能了
三年后再说解套的事情
只有购买amber软件的用户才能给amber团队写信是吗？
A:
不是。在mailing list邮件列表里可以随意讨论，是公开的。何况amber现在相当于80%已经都免费了
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2016.01.15 20:06:54
Q:
g09可以直接向gausian公司购买吗？
网站上没说不行啊
A:
国内购买必须通过代理
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2016.01.15 20:06:54
Q:
请教大家一个问题，我在走IRC的时候输入的关键字如下[图片]结果只走了54个点就显示正常结束，IRC是这样[图片]为什么右侧不走了呢？我分开两侧走，但都是只走两三个点就正常结束了，根本达不到我想要验证前后中间体的目的
向前或向后跑的时候我加了forward和reverse，我是说整体跑的时候
A:
增加过渡态定位精度，加大IRC步长
Q:
sob老师，怎么增加过渡态定位精度呢
A:
tight收敛限，int=ultrafine，乃至耗时的calcall
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2016.01.15 20:06:54
Q:
请问大家，用multiwfn在windows下可以打开多大的fchk文件啊？我有个文件大概500M，打开后，界面一闪而过~
谢谢~
A:
如果是32bit windows系统换成64bit的
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2016.01.15 20:13:22
Q:
Delta值震荡了，还有老师Delta值的收敛限是多少啊？老师您说QCISD(T)不如CCSD(T）的意思是CCSD(T）更容易收敛还是说CCSD(T）这个更精确啊？
A:
你的看QCISD收敛趋势（delta值是否一致在下降），如果有下降的余地你才能加大maxcyc。QCISD(T)不如CCSD(T)，改成CCSD(T)再试。还不行就换基组。
收敛限在输出文件中都写明了
CCSD(T)本身比QCISD(T)更稳健，精度略高一点
如今不要用QCISD(T)，打算用它的时候一律用CCSD(T)，耗时是基本相同的
Q:
二次收敛迭代的时候[图片]Delta已经到了到达了收敛限10-5，但是为什么还在迭代呢？
老师，那个二次收敛迭代的，您能在指点一下吗？
A:
列出关键词
Q:
#p ccsd(t)/def2tzvp scf=(novaracc,noincfock,xqc)
单点能计算
A:
写这个没用
scf=(novaracc,noincfock,xqc)
def2TZVP对CCSD(T)还是略小，建议用cc-pVTZ
对照这个
[图片]
Q:
scf=(novaracc,noincfock,xqc）这个是因为scf不收敛才加上去的，但是加上去二次收敛迭代超过最大步数了
老师PPT里面的迭代是不是不是二次收敛的迭代啊？
A:
这是CCSD迭代，跟SCF根本没关系
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2016.01.15 20:14:05
Q:
[图片]老师：您好！您帖子里说“Cl的两个孤对电子，F的孤对电子组成了环形等值面“请问标红的这个地方也是属于Cl的孤对电子吗？还是？
A:
这个属于Cl-F成键区域
Q:
那么这个是不是可以表示是SbSb之间是故对电子成键呢？[图片]
孤对电子成键？
A:
当然不是
典型共价键
Q:
恩，好的，谢谢老师，就相当于这里的红色去域，也是共价键，[图片]，那么向这里的蓝色区域，没有电子，这个表示的是键是什么键呢？或者是什么相互作用呢？[图片]，谢谢老师
A:
绝非没有电子，这是对ELF理解的错误，这是指电子在这里定域性低，不代表密度低
Q:
电子在这里的定域性底是否可以说明离域性强呢？
A:
说明的是：如果把电子放在这个位置，电子会很容易离域到别处去
Q:
那老师：您看想这样的情况[图片]：是否可以说明红色原子上的孤对电子也组成了环形的等值面，蓝色和红色之间的定域性低，可能存在较大的离域性呢？
这样说合理吗？
A:
那不叫环形等值面，那是球形
孤对电子绝非必须是环形等值面，只有诸如-Cl那样三对孤对电子以sp3杂化时候才是环形
此例可以说两原子间定域性很低，共价性很不显著（但图像取决于你设的等值面数值，设得不合理可能结论也不对）
Q:
恩，好的，谢谢老师！，请问，这个等值面的阈值，我们在设定的时候是根据什么来设置的呢？比如：Sb和Au之间
A:
直觉，调到最能表现函数分布特征的情况。
或者作平面图考察，就没等值面设定的问题
Q:
老师：您说只有Sp3杂化的才形成环形的等值面，那么球形的等值面，是否也有对应一定的杂化形式：例如Sp2杂化，如果是这样那么Sp杂化的孤对电子的的形状又是什么样的呢？抱歉，老师，可能我的问的问题有些不好(常识性错误）？我正努力的补充，还请谅解[表情]谢谢
A:
先看看结构化学书吧
水的孤对电子就是sp2杂化，作图看看就知道了
Q:
老师：您看这个是我做的填色图，您看，会会不会是色彩刻度调的的太小了？导致中间的白色区域？
[图片]
A:
刻度多少啊
ELF一般就设从0到1
Q:
我这里设置的是0.5
[图片]这个是我调到0.75后的图像，您觉得这样有问题吗?
A:
可以
Q:
老师：请问这个色彩刻度设置有没有什么要求呢？以下是我分别色彩刻度设置分别为0.75，和0.9. 和0.65的结果[图片][图片]
A:
第一个效果略好，原子之间这个部位看得清楚
[图片]
你也可以同时显示等值线，把这部分勾勒出来
Q:
恩，好的谢谢老师，明白了
那个是键径吗？
A:
八竿子打不着
Q:
那
那老师请问这个中间的表示什么呢？[图片]
A:
定域性稍微比别的地方高一点的区域，说明有轻微共价性
Q:
老师：您刚刚说[图片]这个略好，请问，在您看来满足哪些条件才是最好呢？其中您说了原子之间这个部位看得清楚
[图片]，请问还有其他吗？
A:
没有其它的。
色彩刻度的选择就是让所有化学上有意义的区域都尽量能表现出来
Q:
老师：可以冒昧的问一句这个刻度条的颜色同表示的含义吗？[图片]
我明白了。不同的颜色代表不同的刻度，请问，刻度值表示什么呢？[图片]
A:
不同颜色对应不同数值啊
Q:
那么数值呢？[表情]
A:
[图片]
坐标轴不都标着呢么
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2016.01.15 20:14:47
Q:
Alternative aluminum-based cocatalysts for the iron-catalyzed oligomerization of ethylene DOI: 10.1039/C5DT01367D 求篇文献，谷歌学术下不了，谢谢
@Sobereva不好意思[图片]
A:
dog 求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规
[图片]
Q:
@Sobereva我确实下不了
A:
dog 仔细对照我的网址
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2016.01.15 20:32:44
Q:
对了sob。。amber的maillist怎么回复啊？
[图片]
A:
收到邮件直接回就行
Q:
比如想回复这个消息？
自己输入标题，并手动引用回复的信息？
A:
就和普通回邮件一样
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2016.01.15 21:00:44
Q:
请问，跃迁偶极矩是负值表示什么意思？
A:
根据公式去理解
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2016.01.15 21:01:03
Q:
中微子的运动也遵循薛定谔方程吗？
A:
遵循
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2016.01.15 21:08:15
Q:
我想问一下有没有人知道Xa方法具体原理是什么？
A:
就是把HF方法的交换项改成slater泛函，以避免计算交换积分的耗时而已，极简单
[图片]
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2016.01.15 21:15:51
Q:
老师：您好，这里是算仅由pi或仅由sigma电子贡献的多中心键级，输出结果，[图片]设置的是Pi轨道占据数为零，红色的区域是分子的坐标，那么请问蓝色和黄色区域分别表示什么呢？
A:
这哪是键级输出结果
[图片]
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2016.01.15 22:08:31
Q:
请问各位老师我通过CDA计算得到主要起到电子转移的分子轨道但不是前线轨道导师总说不对让我用 AOmix重算可又只有这一个轨道有电子转移换了软件会有不同吗
A:
AOMix没有存在价值了
又收费又难用，被multiwfn完爆
功能还很少
Q:
那我这个点子转移发生在内轨道没有问题吧
不是前线轨道老板老说应该是HOMO转移到LUMO才对
A:
Multiwfn的CDA结果是绝对正确的，换其它程序也一样，而且其它一些做CDA的程序用的公式还是错的
本来就没必要必须是这么转移，这属于人为臆测
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2016.01.15 22:22:54
Q:
win10不是自带虚拟机吗？怎么没有[图片]
A:
微软的virtual PC是单独下载的
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2016.01.15 22:58:30
Q:
老师，做电荷位移曲线时，z轴正方向加电场和z轴负方向加电场有区别吗
A:
有啊，得到的图相当于水平方向翻转了
Q:
从x轴负方向加电场能写field=-x+300吗
A:
x前面不能写符号
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2016.01.15 23:18:39
Q:
用M06-2X时是否必须加int=ultrafine?
A:
否
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2016.01.15 23:21:06
Q:
我记得老师上次说~如果有M06-2x虚频的话要tight和int=ultrafine一起，不然效果不好且难收敛
A:
优化也不是必须加
仅当要求精度高，或者碰见不收敛，或者愿意以提高一些计算量为代价更省心的时候才加
不管什么泛函优化完有虚频，都得tight和int=ultrafine一起加
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2016.01.15 23:22:19
Q:
做酶催化机理研究，活性区没有水分子，原理推测上，也没有水分子的参与，采用QM-MM模型时，可不可以用GB隐式溶剂模型？
A:
可以
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2016.01.15 23:30:14
Q:
一般是否倾向于以可能的最高对称性优化，只要没有虚频就承认此结果？
不过高对称性下优化，出现虚频的概率可能更大……
A:
这就看经验和直觉了
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2016.01.15 23:30:41
Q:
老师，对于有机小分子基团，6-31G与6-311G，那个基组会更准确一些
A:
不加极化没法用
Q:
6-31（d）与6-311G（d）呢
A:
显然后者
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2016.01.16 00:24:27
Q:
请问一个问题.
我想生成一个分子的三维grid，每个原子周围2500个点，空间限制在距原子的0-8埃以内.
请问有没有软件来生成这些坐标？
多谢多谢多谢。/太阳
A:
8埃的球面内随机分布2500个点？还是要求有规则地分布？
Q:
不是球面，是三维空间中，随机的点.
因为拟合静电势的时候，为了消除取向的问题，所以用这种方法.
原文是这样的：
The optimized coordinates are used by the program CHELP-BOW32 to create a 3-D grid around the molecule. The grid is calculated for 2500 points per atom, sampled randomly from 0 to a maximum distance of 8 Å from any atom.
多谢Sob前辈.
那个CHELP-BOW32程序，和作者要过，但一直没收到回复.
CHELP-BOW，32是参考文献.
多谢多谢多谢 - * / 老师.
A:
球面内就是指三维空间啊，球面“上”才是指面
就在8*8*8的空间里用随机数不断生成点，发现在球面以内就记录下来，直到2500个
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2016.01.16 11:08:44
Q:
请问有哪位做反应机理研究的老师可以出来讲课吗？
讲课费准备好了吗？
如果有可以私聊，费用可以商量
请找这里的群主
群主太忙，估计一天3000也不一定有时间去
3000报车马住宿费，群主可能会考虑
个人以为5000比较合适
给多少钱啊
你先问问群主，但比较麻烦的是不许在群里面私聊
A:
不用找洒家
Q:
看，就知道没价！呵呵
A:
Reasons:
1 忙
2 懒
3 准备幻灯片上的完美主义强迫症
----------------------------------------------------
2016.01.16 11:24:15
Q:
Sob您好，请教：用VMD作静电势图时，在Selected Atoms里输入原子的名称并回车时，总是报错说：The atom selection you typed could not be understood.
怎么解决呢，谢谢
A:
前面加上name
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2016.01.16 11:28:04
Q:
Sob老师您好，用高斯能计算荧光量子产率和荧光寿命吗？如果没能的话该从哪些数据计算？
A:
寿命这里说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
量子产率牵扯因素很多，你在计算化学公社的google搜索框里搜能搜到相关讨论
简单来说，没法直接准确计算
----------------------------------------------------
2016.01.16 21:57:54
Q:
计算相互作用的时候[图片] 这个里面的E_A和E-B的能量应该取[图片] 里面的那个一个？？还是都不是？
好的！谢谢！~~
A:
都不是。取单点能
Q:
/晕果真都不是了！！
A:
counterpoise校正的是电子能量
Q:
是这个[图片] 吧？
A:
看你用的什么理论方法。对于HF/DFT是这个
Q:
那要是没做counterpoise那，是不是相互作用能就去单点能
A:
单点能=电子能量
Q:
orca的输出结果[图片]
是不是就去能 total thermal energy ，sob老师
A:
electronic energy
Q:
那就是去这个了[图片]，谢谢老师了
A:
错
[图片]
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2016.01.16 22:18:07
Q:
老师，做电荷位移曲线时，需要添加弥散函数吗
A:
看你考察什么问题
不在于作这个图用不用，而在于针对你的问题计算密度差格点数据的时候有无必要加弥散函数
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2016.01.16 23:21:55
Q:
ugbs和sdd精度对Eu这样的元素有没有什么比较
A:
UGBS要是计算时考虑标量相对论效应，不会比SDD差，但是计算耗时极高，原子数稍多都很难承受
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2016.01.16 23:22:18
Q:
[表情]你们谁统计过离子速度
A:
写脚本统计就完了
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2016.01.17 04:41:33
Q:
http://dx.doi.org/10.1063/1.4939030
Frank Neese又搞了个大新闻，[图片]，1000原子，20000多基函数的CCSD(T)计算
A:
嗬
Q:
烧钱……
也不知道这东西有多大准确度
机器牛啊
A:
有水分
Q:
?
A:
[图片]
又是用线性烷烃当测试例子
碰到实际体系蛋白质，效果差远了
crambin在def2TZVP下跑了两个礼拜，耗掉700GB硬盘
机子还是256GB内存
Q:
就算能算鬼知道有多少准确度
A:
恩
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2016.01.17 07:13:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
广告有点意思
[图片]
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2016.01.17 09:59:45
Q:
请问群主，跃迁密度矩阵的积分部分是在Gaussian中计算的，而非在Multiwfn中计算的，请问是这样吗？
多谢多谢多谢．/太阳
A:
跃迁密度矩阵牵扯不到积分啊，有了组态系数、MO系数就能算。高斯和Multiwfn都能给出
Q:
先让我想会儿，不然又要出大丑了.
多谢多谢多谢Sob前辈.
假如我想计算某个单粒子算符，或者双粒子算符，这需要计算激发态轨道和基态轨道之间的积分. 比如：
[图片]
这里n是基态轨道。分子由p轨道跃迁到m轨道。
这个积分和静电势公式类似，不过涉及到激发态轨道。
wfn中不能够输出虚轨道的信息，请问Sob从哪里可以得到虚轨道的信息？（我原以为TDM的计算涉及到激发态-基态轨道积分，查代码，无果。Sob刚才的回到才知道原来TDM计算不涉及到积分形式）
非常不好意思，稍稍有点长.
A:
fch里有虚轨道信息
Q:
老师，请问在使用Landl2dz基组计算过渡金属时，如何看出未劈裂的(n-1)s和(n-1)p轨道所对应的波函数是分别哪个？@Sobereva
A:
什么叫对应的波函数？
问题问得不对
Q:
轨道不是由波函数来表示的吗？
A:
那叫轨道波函数
在Multiwfn里把相对应的基函数设为片段，考察对一批MO的贡献，找到贡献较大的
Q:
无法直接判断出来轨道波函数所对应的基函数吗？
A:
表述完全不严谨
轨道波函数是由基函数线性组合描述的，组合系数程序直接就输出了
判断what？
Q:
就比如说(n-1)s轨道波函数是由哪些基函数线性组合而成的，这样说对吗？
很多东西还没学透，所以老师多包涵[表情]
[表情]，自学很多东西没法系统的学，所以还是很多漏洞的[表情]
A:
不对。你计算单个原子才有原子轨道的概念。每个内层原子轨道直接就是由基组定义的单个基函数描述。
Q:
老师，您上面说的单个基函数是指STO吗？STO和GTO间有什么相互的联系吗
A:
不是。
说明基组基础知识不足，看群共享里基组入门资料小合集
Q:
好的，我先好好参悟吧，谢谢老师
A:
比如Fe的lanl2DZ定义，红框就是着重描述3s、3p的收缩的高斯基函数
[图片]
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2016.01.17 10:36:37
Q:
请问老师，费米能级和HOMO、LUMO的关系以及CB、VB的关系到底是怎么样的呢？
A:
HOMO、LUMO是对于分子体系说的，此时不提费米能级这个概念
Q:
那CB、VB呢？
A:
我只有个未必正确的说法，为避免误人子弟，先让第一性原理的内行来讲
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2016.01.17 11:12:28
Q:
老师：您好！对于同一种构型，用不同的方法但采用相同的基组，例如、；B3LYP和PBE1PBE 基组是def2TZVP ,发现B3LYP优化的没有虚频，但是PBE1PBE有虚频，而且怎么也消不了。这个该怎样解释呢？但是PBE1PBE 和实验的结构数据更加的接近一些，这个可以怎样说呢？对于接下来的NBO计算或者是CDA分析，ELF分析，采用B3LYP的结果呢？还是PBE1PBE的结果好了？谢谢老师！好纠结！/流泪，还请老师指点迷津，谢谢！
A:
优化不到位嘛
用B3LYP的结构作为初猜再用PBE1PBE优化，有虚频则按此文解决
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
既然PBE1PBE接近实验，能把虚频消掉还是用PBE1PBE的结果为宜
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2016.01.17 11:20:28
Q:
这个帖子之前，看过，加上CalcaLL,还是会出现虚频(加入了GDiis)，不加gdiis又会出现挣震荡，都不知道该怎么办了,
A:
不用加gdiis啊
又不是不收敛加它干嘛
先tight int=ultrafine，不灵再加上calcall
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2016.01.17 11:23:29
Q:
sob老师，我想问下我用M062x/6-311+G(d,p)优化的结构和频率计算 M062x/may-cc-pvtz计算单点能，在零点能矫正上，不知道我是用M062x/6-311+G(d,p)给出的零点能矫正好还是必须要再用M062x/may-cc-pvtz计算的零点能矫正才行
A:
优化在M062x/6-311+G(d,p)下做的当然这个级别计算ZPE
Q:
那用 M062x/may-cc-pvtz计算的单点能减去M062x/6-311+G(d,p)的ZPE 就可以吧，谢谢sob老师
A:
相加啊
Q:
[图片]因为看到这个帖子，我以为是需要扣除ZPE
应该是说单点能的绝对值减去zpe的绝对值吧
A:
直接代数和
帖子表述不好
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2016.01.17 11:35:10
Q:
[图片]老师，我算过渡态的时候，发现IM2和TS3的能量很接近，2Kj/mol的差距，这个合理吗？
A:
你的计算级别合理就合理
Q:
TS和OPT是b3lyp/6-31g(d) 能量是ccsd(t)/def2tzvp
这个计算级别算是合理吗？
量是ccsd(t)/def2tzvpp 计算的是小分子
A:
基本算
但CCSD(T)/cc-pVTZ//B3LYP/6-311G**对于这么小的能量差更放心一些
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2016.01.17 12:17:37
Q:
win版的multiwfn 的可执行文件是不是可以弄个logo美化一下[图片]
A:
没意义
Q:
老师：如果能把这种界面弄成可以鼠标翻转的，感觉可以方便很多，感觉点击那个up,left,有些麻烦，
A:
没法弄
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2016.01.17 12:49:25
Q:
老师，我在 td任务里加入了 density 但使用multiwfn里 ADCH 查看，和没加 density 为什么电荷一模一样呢？
我想获得基态和垂直激发态的原子电荷分布
A:
用的什么输入文件？
wfn还是fch？
Q:
fchk
A:
要用.wfn
用.fch需要多做一步把激发态自然轨道转存到fch，手册第四章开头有说明
Q:
sob老师，如果在linux下让高斯保存wfn，是不是在分子坐标行后空一行，再写 ./ 就行了
A:
写out=wfn
末尾空一行，输出文件的路径想写哪就写哪，不熟悉linux的路径就google
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2016.01.17 23:55:02
Q:
请问电子云密度分布图怎么做啊，老师
想看苯丙咪唑上的电子云密度
做EIF电子云图吗，老师
A:
ELF跟电子云根本没直接关系
用Multiwfn主功能4或5作，取决于你要作平面图还是等值面图
手册4.4、4.5节有一堆例子
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2016.01.17 23:55:02
Q:
各位好，请教一个如何在高斯里看四级矩的问题，
因为高斯里偶极有xyz方向，并且会给出total值，但是四级矩有各个方向的，我如何读取他的total值，是各个方向平方然后再开根号么？其次，四级矩是否只能针对对称的体系做？
/流泪
A:
[图片]
Q:
请问sob老师，能给我这个计算公的原文献么？
A:
Multiwfn手册3.18.3节
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2016.01.18 00:01:37
Q:
各位老师，我想做苯分子间的扫描以分子间的距离为变量，这个怎么做啊？
A:
参考
[图片]
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2016.01.18 00:15:30
Q:
老师，怎么通过计算比较同分异构的自由基的稳定性呢？
A:
稳定性这是含糊的概念
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
先明确具体指什么
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2016.01.18 00:03:45
Q:
请问在NBO的输出中价层电子的在轨道的分布和占据情况怎么看？谢谢！
老师:可以请问您关于NBO输出的分析吗？说实话，我看看老师说的NBO资料那些，可是我还是不是很清楚，例如：价层电子的在轨道的分布和占据情况怎么看？轨道杂化的形式，这些，不知可否
A:
这不是几句话说得完得，得打几百字。计算化学公社上有NBO合集，NBO官网上也有例子，仔细领会
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2016.01.18 00:04:49
Q:
S老师，用PM6研究氢键，靠谱吗？
A:
不
要用PM6-D3H4
Q:
嗯
A:
但是半经验的精度终究和DFT还有差距，无论一些benchmark里表现得多好，甚至某些体系赶上DFT
Q:
但是，DFT计算量确实不能接受
A:
是的，跑200原子以上优化我都用半经验，>150原子我也往往没耐心跑DFT，尤其是优化本身需要步数很多的弱相互作用体系
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2016.01.18 00:10:29
Q:
有什么处理第一过渡系金属有机化合物较好的力场？
A:
没有成体系的，只有针对个别金属和化合物的这样的力场
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