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标题: 请问大家关于扩散系数D与MSD的问题 [打印本页]

作者
Author: namd学者 时间: 2021-11-5 16:42
标题: 请问大家关于扩散系数D与MSD的问题
我的体系是一个磷脂膜体系，使用的分子模拟软件是NAMD和VMD。想请问下各位老师：1.最近想求MSD曲线，然后用RMSD Trajectory Tool计算了磷脂分子的RMSD，然后对RMSD进行平方就是MSD曲线了吗？
2.RMSD按理来说到后面是比较平稳的，那么MSD曲线不应该也是平稳的吗，那怎样拟合MSD曲线来扩散系数D呢？
谢谢各位老师。下图是我导出RMSD数据并求平方后得到的MSD线。 (, 下载次数 Times of downloads: 29)

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-11-6 13:58
那啥，磷脂扩散是二维的。

作者
Author: namd学者 时间: 2021-11-6 19:16

k64_cc 发表于 2021-11-6 13:58
那啥，磷脂扩散是二维的。

老师，二维是啥意思啊。是磷脂不需要求MSD的意思吗。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-11-7 21:21

namd学者发表于 2021-11-6 19:16
老师，二维是啥意思啊。是磷脂不需要求MSD的意思吗。

只在膜内扩散吧

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-11-7 22:39

namd学者发表于 2021-11-6 19:16
老师，二维是啥意思啊。是磷脂不需要求MSD的意思吗。

正如楼上所说，只在膜内扩散。

建议看看文献，磷脂扩散的计算研究是一个已经被做到很难有新意的课题，具体咋算文献里有的是。

作者
Author: 丁越 时间: 2021-11-8 09:39
本帖最后由丁越于 2023-1-8 18:46 编辑

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