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标题: 为什么我用dmol3优化晶面模型后再复制分子过去上层原子会消失 [打印本页]

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Author: y1p1p1 时间: 2021-11-5 20:39
标题: 为什么我用dmol3优化晶面模型后再复制分子过去上层原子会消失
有没有大佬知道，我用没优化的晶面试过，复制过去不会消失，原图是bmp的，不会转jpg

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-5 22:05
模型的display style尽可能从一开始就用original模式试试。暂时的结局方案可以用redefine lattice直接填个单位矩阵进去，这样试试看。

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 15:46

卡开发发发表于 2021-11-5 22:05
模型的display style尽可能从一开始就用original模式试试。暂时的结局方案可以用redefine lattice直接填个 ...

大佬你好，我刚刚都切换成了original，果然原型是一模一样的，可是单位矩阵是啥意思，我不懂呀

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 16:01

卡开发发发表于 2021-11-5 22:05
模型的display style尽可能从一开始就用original模式试试。暂时的结局方案可以用redefine lattice直接填个 ...

我是顺着师兄的论文开始先对晶胞进行优化，切了晶面加了真空层扩胞之后再次优化不收敛，没办法只好加了smearing，一开始勾选optimize cell的时候原子层融合到一起去了，复制过去分子原子层倒是不消失，可是也没法儿进行吸附，后来我就没勾选optimize cell，然后复制过去上层原子就消失了

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 16:42

卡开发发发表于 2021-11-5 22:05
模型的display style尽可能从一开始就用original模式试试。暂时的结局方案可以用redefine lattice直接填个 ...

我主要是想复现一下师兄的论文内容，师兄那上面倒是没有出现原子层消失的现象

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 16:47

卡开发发发表于 2021-11-5 22:05
模型的display style尽可能从一开始就用original模式试试。暂时的结局方案可以用redefine lattice直接填个 ...

大佬这个redifine lattice我刚刚对原晶面和优化后的晶面都试过了，还是不行呀，用了之后上面的原子层就消失了

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-6 17:10

y1p1p1 发表于 2021-11-6 16:47
大佬这个redifine lattice我刚刚对原晶面和优化后的晶面都试过了，还是不行呀，用了之后上面的原子层就消 ...

应该是你复制之后有些原子可能因为显示模式的原因所以不显示了，所以才建议你一开始就用original的模式。redefine lattice里面的选项默认填的就是单位矩阵，也就是((1,0,0),(0,1,0),(0,0,1))。

其他的问题我看不到你前后操作的图片，所以给不了更多帮助。

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 17:18

卡开发发发表于 2021-11-6 17:10
应该是你复制之后有些原子可能因为显示模式的原因所以不显示了，所以才建议你一开始就用original的模式。 ...

这样的嘛，我看看调整显示风格能不能变回来

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-6 17:22

y1p1p1 发表于 2021-11-6 17:18
这样的嘛，我看看调整显示风格能不能变回来

redefine lattice的操作简单说下原理，道理上一般每次做redefine lattice最后一步会将全部的原子的分数坐标对1取余，保证全部的原子全都落在晶格内，当填写单位矩阵进去的时候晶格矢量其实还是保持原样，但是原子就全部按照前面说的方式分数坐标被调整成0～1的范围。

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 17:50

卡开发发发表于 2021-11-6 17:22
redefine lattice的操作简单说下原理，道理上一般每次做redefine lattice最后一步会将全部的原子的分数坐 ...

incell和默认的都试过了，还没优化的晶面复制分子没事，优化之后的原子消失了一层，本来我以为可能是因为没有选上optimize cell，不过我上周真空层加大再优化把分子复制过去准备做吸附外层原子也消失了，并且删除氢气分子也没变回来，对于这点我猜可能是氢气复制过去显示默认变成了Incell。我刚刚先对初始晶面进行了redifine lattice，再对优化后的晶面模型进行redifine lattice的时候外层原子就消失了；又只对优化后的晶面模型进行redifine lattice，结果用完外层原子还是直接消失了，就不明白是为啥了

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 18:21

卡开发发发表于 2021-11-6 17:22
redefine lattice的操作简单说下原理，道理上一般每次做redefine lattice最后一步会将全部的原子的分数坐 ...

就像这样

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-6 18:30

y1p1p1 发表于 2021-11-6 18:21
就像这样

少一层的原因是一开始你用default显示，那么边界上的原子就在两侧重复显示了，但是实际上并没有这一层，这也是为什么一开始强调建议用oirigin模式的原因。

其他的方面，你的层高太薄了，真空层也不够大，dmol3的算法计算量几乎与真空层尺寸无关，所以对表面来说放心地加。

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 19:17

卡开发发发表于 2021-11-6 18:30
少一层的原因是一开始你用default显示，那么边界上的原子就在两侧重复显示了，但是实际上并没有这一层， ...

师兄论文里我看是有这一层的，这是怎么做到的呀

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 19:34

卡开发发发表于 2021-11-6 18:30
少一层的原因是一开始你用default显示，那么边界上的原子就在两侧重复显示了，但是实际上并没有这一层， ...

还有就是他这个吸附模拟是怎么进行的，看起来好像不是直接复制分子过去，我之前按照教程复制分子然后用forcite进行动力学模拟也是只有一个分子的吸附，和我想象中的大量分子的吸附不太一样，还有asorption来进行动力学模拟好像可以通过选项直接把分子添加到晶面上，可是接下来的蒙特卡罗模拟就不知道怎么做了

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-6 20:55

y1p1p1 发表于 2021-11-6 19:17
师兄论文里我看是有这一层的，这是怎么做到的呀

切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模拟按道理是把分子复制过去就行。adsorpition应该是各自存在一个xsd文件，然后adsorption似乎可以指定，但我不做这块不大了解，你可以自己摸索或者问更了解这块的人。

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 21:01

卡开发发发表于 2021-11-6 20:55
切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模 ...

师兄确实是用了1.5的，我之前为了匹配他的切割晶面的高度，厚度应该是变成了1.51，forcite和asorption这两个模块我没找到相应的视频和文献，运行动力学模拟只是一个分子的吸附模拟。我先去试下1.5层厚度有没有作用

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-6 21:03

卡开发发发表于 2021-11-6 20:55
切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模 ...

好像不行呀，我发现我这已经是1.5层了

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-6 21:22

y1p1p1 发表于 2021-11-6 21:03
好像不行呀，我发现我这已经是1.5层了

哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-7 08:57

卡开发发发表于 2021-11-6 21:22
哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

好的，我试一下，我是做了111，110，100三个晶面，好像thickness太厚会切出别的原子来的

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-7 09:27

卡开发发发表于 2021-11-6 21:22
哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

大佬，还得请教您一下，我之前用dmol3优化晶胞的时候总能量和结合能偏差好像有点大，我的Pd111晶面总能量是157938.450Ha，结合能7.323Ha，师兄的分别是157934.994 Ha和3.866Ha，怎么做可以更精确一点呢。还有就是电荷分布和Fukui函数是怎么计算的，我分析之后在结果文献里看不太懂。我的111晶面里电荷分布用mulliken算的不是0就是0.0001，这要怎么计算呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-7 16:14

y1p1p1 发表于 2021-11-7 09:27
大佬，还得请教您一下，我之前用dmol3优化晶胞的时候总能量和结合能偏差好像有点大，我的Pd111晶面总能量 ...

1、你指的结合能是什么？程序里面的结合能可能不是你想的那样，可能只是你的体系能量去扣除自由原子能量，这个能量是个广延量，随着晶格的超晶格扩展会成倍扩展。
2、周期体系没办法很轻易加减电荷，Fukui函数按照传统定义的方式去计算可能行不通。

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-8 09:31

卡开发发发表于 2021-11-6 20:55
切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模 ...

谢谢大佬，还想请教您一下晶面的电荷分布用mulliken布居数是怎么计算的，我在输出文件看到Pd111晶面电荷分布是这样的，0.0003那个，之前还有过0.0000的，和其他晶面的电荷分布相比不太对劲，是不是哪里出了问题，第一层和第二层原子的电荷分布是怎么分别计算的呢，还想请教下Fukui函数是怎么计算的

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-8 11:20

y1p1p1 发表于 2021-11-8 09:31
谢谢大佬，还想请教您一下晶面的电荷分布用mulliken布居数是怎么计算的，我在输出文件看到Pd111晶面电荷 ...

目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-8 14:49

卡开发发发表于 2021-11-8 11:20
目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

好的，谢谢大佬

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-8 15:14

卡开发发发表于 2021-11-8 11:20
目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

我要是用mulliken分析晶面每一层的电荷分布，是要把这些都加起来吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-8 15:33

y1p1p1 发表于 2021-11-8 15:14
我要是用mulliken分析晶面每一层的电荷分布，是要把这些都加起来吗

对。

作者
Author: y1p1p1 时间: 2021-11-8 20:35

卡开发发发表于 2021-11-8 15:33
对。

好的，谢谢大佬

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