计算化学公社

标题: 求助统计体系中分子周围其余分子数目少于4个的分子个数随时间的变化（已解决） [打印本页]

作者
Author: 小桃UpUp 时间: 2021-11-6 11:00
标题: 求助统计体系中分子周围其余分子数目少于4个的分子个数随时间的变化（已解决）
本帖最后由小桃UpUp 于 2021-11-6 17:02 编辑

各位老师好，本人刚接触vmd脚本，想统计2340个水分子体系中水分子周围4埃内其余水分子数目少于4个的水分子个数，并输出此分子个数随时间（共5001帧）的变化。目前，自己尝试编写了脚本，仅能做到统计某一帧的结果，具体代码如下（如统计第1帧），请各位老师帮忙看下是否有问题：

set k 0

set numresid 2340

set myfile [open contact.txt w]

for {set i 1} {$i <=$numresid} {incr i} {

set sel [atomselect top"same residue as {resname SOL and within 4 of resid $i}"]

$sel frame 1

$sel update

if {[expr [$sel num]/3]<=4} {incr k 1}

}

puts $myfile "$k"

close $myfile

在此基础上尝试添加如下的更新帧的语句：

set k 0

set numresid 2340

set myfile [open contact.txt w]

for {set i 1} {$i <= $numresid} {incr i} {

set sel [atomselect top "same residue as {resname SOL and within 4 of resid $i}"]

for {set j 0} {$j < 5001} {incr j} {

$sel frame $j

$sel update

if {[expr [$sel num]/3] <=4} {incr k 1}

}

puts $myfile "$k"

close $myfile

但仅能输出所有帧中水分子周围4埃内其余水分子数目少于4个的水分子个数的加和，我的目的是获得每帧的结果随时间的变化，而非总和值。

请各位老师帮帮忙，谢谢大家~

已解决，原来是重复写入文件覆盖了原先的文件，代码如下就不会存在问题了：

set myfile [open contact.txt w]

for {set j 0} {$j < 5001} {incr j} {

set k 0

set numresid 2340

for {set i 1} {$i <= $numresid} {incr i} {

set sel [atomselect top "same residue as {resname SOL and within 4 of resid $i}"]

$sel frame $j

$sel update

if {[expr [$sel num]/3] <=4} {incr k 1}

}

puts $myfile "$k"

}

close $myfile

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)