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标题: 用DFTB+做单胞优化时出现error：processor grid too big是什么原... [打印本页]

作者
Author: snowislands 时间: 2021-11-6 14:46
标题: 用DFTB+做单胞优化时出现error：processor grid too big是什么原...
本帖最后由 snowislands 于 2021-11-8 15:46 编辑

请问大家用DFTB+做单胞优化时出现Error：Processor grid (6 x 8) too big (> 5 x 5)是什么原因啊？
输入文件是这样的：
Geometry = GenFormat {
  96  F
  C N O H
1       1       0.863200061       0.042700002       0.394200016
2       1       0.136800002       0.957300038       0.605800082
3       1       0.136799989       0.042700002       0.105800007
4       1       0.863200013       0.957300038       0.894199961
5       1       0.363199960       0.542700011       0.394200016
6       1       0.636800002       0.457299989       0.605800082
7       1       0.636800014       0.542700011       0.105800007
...
  0.0000000000       0.0000000000       0.0000000000
14.1990003586       0.0000000000       0.0000000000
  0.0000000000       4.8439998627       0.0000000000
-3.9252539048       0.0000000000       13.7070403969
}

Driver = ConjugateGradient {
  MovedAtoms = 1:-1
  MaxForceComponent = 1E-5
  MaxSteps = 5000
  AppendGeometries = Yes
  LatticeOpt = Yes
  OutputPrefix = "1a_JOWWIB_3ob31_opt.out"
}

Hamiltonian = DFTB {
  SCC = Yes
  SCCTolerance = 1.0E-08
  MaxSCCIterations = 1000
  SlaterKosterFiles = Type2FileNames {
   Prefix = "/DFTB+/scc/"
   Separator = "-"
   Suffix = ".spl"
  }
  MaxAngularMomentum = {
N = "p"
O = "p"
C = "p"
H = "s"
  }
KPointsAndWeights = SupercellFolding {
         1 0 0
         0 1 0
         0 0 1
         0.0 0.0 0.0
}
Dispersion = LennardJones {
   Parameters = UFFParameters {}
}
}

作者
Author: snowislands 时间: 2021-11-9 19:22
请问有没有人会啊。。。

作者
Author: akakcolin 时间: 2021-11-10 12:57
计算输入命令是啥，设置mpi了？

作者
Author: akakcolin 时间: 2021-11-10 13:05
看不到你调用的哪个特征值求解器，你底层用scalapack啥的，比如求解器调用blacs的时候有个默认值的。这个从字面上猜测，最大的问题是你结构太小了，计要调用更多的处理器触发错误。可能的解决方式：换个求解器，用单核跑

作者
Author: snowislands 时间: 2021-11-11 19:45
本帖最后由 snowislands 于 2021-11-11 19:59 编辑

akakcolin 发表于 2021-11-10 13:05
看不到你调用的哪个特征值求解器，你底层用scalapack啥的，比如求解器调用blacs的时候有个默认值的。这个从 ...

嗯，果然就是你说的结构太小了。。
输入信息全部贴出来了(除了坐标没显示完全)，其他的都是默认的设置。是小白一枚，还没仔细了解特征值求解器这些。。
提交到广州超算天河2号上算的，yhbatch -N 2 -n 48。。。

作者
Author: snowislands 时间: 2021-11-11 19:46

akakcolin 发表于 2021-11-10 13:05
看不到你调用的哪个特征值求解器，你底层用scalapack啥的，比如求解器调用blacs的时候有个默认值的。这个从 ...

谢谢谢谢啦~

作者
Author: akakcolin 时间: 2021-11-12 11:45

snowislands 发表于 2021-11-11 19:45
嗯，果然就是你说的结构太小了。。
输入信息全部贴出来了(除了坐标没显示完全)，其他的都是默认的设置。 ...

你这也太浪费机器资源了，就您的问题，一个cpu跑就完事了，最多用4核，越多越浪费

作者
Author: snowislands 时间: 2021-11-13 11:22

akakcolin 发表于 2021-11-12 11:45
你这也太浪费机器资源了，就您的问题，一个cpu跑就完事了，最多用4核，越多越浪费

噢噢。。后面扩胞跑动力学这样提交可行吧。。？扩胞后三四百原子

作者
Author: Aridea 时间: 2021-11-15 08:23

akakcolin 发表于 2021-11-12 11:45
你这也太浪费机器资源了，就您的问题，一个cpu跑就完事了，最多用4核，越多越浪费

我记得社长还是哪位大佬帖子里说，dftb和xtb都是12核效率最高

作者
Author: snowislands 时间: 2021-11-15 14:48

Aridea 发表于 2021-11-15 08:23
我记得社长还是哪位大佬帖子里说，dftb和xtb都是12核效率最高

噢噢，谢谢啦

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